Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4353-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4353-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 74

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 17560689 G-C HET
SBS Chr1 36111578 C-T HET
SBS Chr1 36509228 T-A HET
SBS Chr1 39378667 C-T HET
SBS Chr1 40927192 T-C HET
SBS Chr1 43103351 A-T HET
SBS Chr2 15249345 G-A HOMO
SBS Chr2 29489002 T-C HET
SBS Chr2 33107461 C-T HOMO
SBS Chr2 33107462 C-A HOMO
SBS Chr3 1799032 G-T HET
SBS Chr3 10240938 C-T HET
SBS Chr3 13362754 T-C HET OsKitaake03g178500
SBS Chr3 20453837 C-T HET
SBS Chr3 22668081 G-T HET
SBS Chr3 27827710 C-A HET
SBS Chr3 30465061 G-A HET
SBS Chr4 864122 A-G HOMO
SBS Chr4 3750945 G-C HET
SBS Chr4 6408643 T-C HET
SBS Chr4 8004736 G-A HOMO
SBS Chr4 8751747 A-G HOMO
SBS Chr4 13086302 C-T HOMO
SBS Chr4 13891039 C-T HET
SBS Chr4 22272381 G-A HET
SBS Chr4 25001405 A-T HOMO
SBS Chr4 26938757 C-T HET
SBS Chr4 27324658 G-A HET
SBS Chr4 31909320 C-A HET
SBS Chr4 34903762 A-C HET
SBS Chr4 35227394 C-G HET
SBS Chr5 15463178 A-T HOMO
SBS Chr5 15693792 A-G HOMO
SBS Chr5 29640652 A-G HOMO
SBS Chr6 5413730 G-A HET
SBS Chr6 9135736 G-T HET OsKitaake06g109600
SBS Chr6 15017048 A-G HET
SBS Chr6 15922783 G-A HET
SBS Chr6 16738842 A-C HET
SBS Chr6 27243305 G-A HOMO
SBS Chr7 7738141 A-G HET
SBS Chr7 8058264 G-A HET
SBS Chr7 10484528 T-G HET
SBS Chr7 14958742 T-C HET
SBS Chr7 18500818 C-T HET
SBS Chr7 21845079 T-C HET
SBS Chr8 5283065 G-A HET
SBS Chr8 16336265 T-A HET
SBS Chr8 17077085 T-A HET
SBS Chr8 18332657 C-A HET
SBS Chr8 18333364 G-T HET
SBS Chr8 18562742 A-T HET
SBS Chr8 21112545 C-T HET
SBS Chr8 26003620 A-G HET
SBS Chr8 26590969 A-T HET
SBS Chr8 26934808 G-T HET
SBS Chr8 28633072 A-G HET
SBS Chr8 28746431 C-T HET OsKitaake08g246900
SBS Chr9 1941610 C-A HET
SBS Chr9 4014942 T-C HET
SBS Chr9 4713717 G-A HET
SBS Chr9 4714680 T-C HET
SBS Chr9 4780603 C-A HET
SBS Chr9 19864331 T-G HET
SBS Chr9 20914660 G-A HET
SBS Chr9 22236919 C-T HET
SBS Chr10 664905 T-G HET
SBS Chr10 3349647 C-T HET
SBS Chr10 11345963 C-T HET
SBS Chr11 8172889 A-T HET
SBS Chr11 9054056 T-C HET
SBS Chr11 9968773 T-C HET
SBS Chr12 5143329 G-A HET OsKitaake12g065100
SBS Chr12 23152613 G-A HET

Deletions: 33

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr3 1724678 1724678 1
Deletion Chr1 1811073 1811092 20
Deletion Chr3 3823131 3823131 1 OsKitaake03g054100
Deletion Chr5 4103556 4103556 1
Deletion Chr1 4235934 4235937 4
Deletion Chr5 6785620 6785621 2
Deletion Chr6 6786146 6786147 2
Deletion Chr9 7894775 7894784 10
Deletion Chr7 9010613 9010619 7
Deletion Chr12 9830409 9830409 1
Deletion Chr5 10162104 10162104 1
Deletion Chr3 10921131 10921131 1
Deletion Chr7 11595129 11595139 11
Deletion Chr11 11659957 11659967 11
Deletion Chr12 11936512 11936520 9
Deletion Chr10 12878508 12878517 10
Deletion Chr1 13981494 13981548 55
Deletion Chr10 14020823 14020823 1
Deletion Chr1 16619888 16619888 1
Deletion Chr4 17320254 17320255 2
Deletion Chr10 18271101 18271101 1
Deletion Chr11 18494884 18494891 8
Deletion Chr7 21056001 21078000 22000 4
Deletion Chr9 21434586 21434587 2
Deletion Chr11 21865258 21865262 5
Deletion Chr11 21869999 21870010 12
Deletion Chr12 23565179 23565180 2 2
Deletion Chr2 23910087 23910087 1
Deletion Chr11 24246136 24246136 1
Deletion Chr7 24628001 24665000 37000 4
Deletion Chr4 27225099 27225108 10
Deletion Chr1 30271034 30271036 3
Deletion Chr1 41252446 41252446 1 OsKitaake01g450600

Insertions: 9

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr4 9744891 9744893 1
Insertion Chr6 1057973 1057975 1
Insertion Chr9 12635637 12635640 2
Insertion Chr11 14261831 14261834 2
Insertion Chr1 37994345 37994347 1
Insertion Chr3 14518836 14518838 1
Insertion Chr4 17361019 17361021 1
Insertion Chr8 13690897 13690900 2
Insertion Chr11 25903944 25903946 1

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr3 1777021 1777187
Inversion Chr10 2967627 2967761
Inversion Chr2 20728647 21281225
Inversion Chr2 20728651 21281244
Inversion Chr3 29748825 29749082

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr12 17659860 Chr1 16906970
Translocation Chr6 23801414 Chr4 19785128
Translocation Chr6 23801645 Chr4 19785118 OsKitaake06g209500

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17560689	G-C	HET
SBS	Chr1	36111578	C-T	HET
SBS	Chr1	36509228	T-A	HET
SBS	Chr1	39378667	C-T	HET
SBS	Chr1	40927192	T-C	HET
SBS	Chr1	43103351	A-T	HET
SBS	Chr2	15249345	G-A	HOMO
SBS	Chr2	29489002	T-C	HET
SBS	Chr2	33107461	C-T	HOMO
SBS	Chr2	33107462	C-A	HOMO
SBS	Chr3	1799032	G-T	HET
SBS	Chr3	10240938	C-T	HET
SBS	Chr3	13362754	T-C	HET		OsKitaake03g178500
SBS	Chr3	20453837	C-T	HET
SBS	Chr3	22668081	G-T	HET
SBS	Chr3	27827710	C-A	HET
SBS	Chr3	30465061	G-A	HET
SBS	Chr4	864122	A-G	HOMO
SBS	Chr4	3750945	G-C	HET
SBS	Chr4	6408643	T-C	HET
SBS	Chr4	8004736	G-A	HOMO
SBS	Chr4	8751747	A-G	HOMO
SBS	Chr4	13086302	C-T	HOMO
SBS	Chr4	13891039	C-T	HET
SBS	Chr4	22272381	G-A	HET
SBS	Chr4	25001405	A-T	HOMO
SBS	Chr4	26938757	C-T	HET
SBS	Chr4	27324658	G-A	HET
SBS	Chr4	31909320	C-A	HET
SBS	Chr4	34903762	A-C	HET
SBS	Chr4	35227394	C-G	HET
SBS	Chr5	15463178	A-T	HOMO
SBS	Chr5	15693792	A-G	HOMO
SBS	Chr5	29640652	A-G	HOMO
SBS	Chr6	5413730	G-A	HET
SBS	Chr6	9135736	G-T	HET		OsKitaake06g109600
SBS	Chr6	15017048	A-G	HET
SBS	Chr6	15922783	G-A	HET
SBS	Chr6	16738842	A-C	HET
SBS	Chr6	27243305	G-A	HOMO
SBS	Chr7	7738141	A-G	HET
SBS	Chr7	8058264	G-A	HET
SBS	Chr7	10484528	T-G	HET
SBS	Chr7	14958742	T-C	HET
SBS	Chr7	18500818	C-T	HET
SBS	Chr7	21845079	T-C	HET
SBS	Chr8	5283065	G-A	HET
SBS	Chr8	16336265	T-A	HET
SBS	Chr8	17077085	T-A	HET
SBS	Chr8	18332657	C-A	HET
SBS	Chr8	18333364	G-T	HET
SBS	Chr8	18562742	A-T	HET
SBS	Chr8	21112545	C-T	HET
SBS	Chr8	26003620	A-G	HET
SBS	Chr8	26590969	A-T	HET
SBS	Chr8	26934808	G-T	HET
SBS	Chr8	28633072	A-G	HET
SBS	Chr8	28746431	C-T	HET		OsKitaake08g246900
SBS	Chr9	1941610	C-A	HET
SBS	Chr9	4014942	T-C	HET
SBS	Chr9	4713717	G-A	HET
SBS	Chr9	4714680	T-C	HET
SBS	Chr9	4780603	C-A	HET
SBS	Chr9	19864331	T-G	HET
SBS	Chr9	20914660	G-A	HET
SBS	Chr9	22236919	C-T	HET
SBS	Chr10	664905	T-G	HET
SBS	Chr10	3349647	C-T	HET
SBS	Chr10	11345963	C-T	HET
SBS	Chr11	8172889	A-T	HET
SBS	Chr11	9054056	T-C	HET
SBS	Chr11	9968773	T-C	HET
SBS	Chr12	5143329	G-A	HET		OsKitaake12g065100
SBS	Chr12	23152613	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1724678	1724678	1
Deletion	Chr1	1811073	1811092	20
Deletion	Chr3	3823131	3823131	1	OsKitaake03g054100
Deletion	Chr5	4103556	4103556	1
Deletion	Chr1	4235934	4235937	4
Deletion	Chr5	6785620	6785621	2
Deletion	Chr6	6786146	6786147	2
Deletion	Chr9	7894775	7894784	10
Deletion	Chr7	9010613	9010619	7
Deletion	Chr12	9830409	9830409	1
Deletion	Chr5	10162104	10162104	1
Deletion	Chr3	10921131	10921131	1
Deletion	Chr7	11595129	11595139	11
Deletion	Chr11	11659957	11659967	11
Deletion	Chr12	11936512	11936520	9
Deletion	Chr10	12878508	12878517	10
Deletion	Chr1	13981494	13981548	55
Deletion	Chr10	14020823	14020823	1
Deletion	Chr1	16619888	16619888	1
Deletion	Chr4	17320254	17320255	2
Deletion	Chr10	18271101	18271101	1
Deletion	Chr11	18494884	18494891	8
Deletion	Chr7	21056001	21078000	22000	4
Deletion	Chr9	21434586	21434587	2
Deletion	Chr11	21865258	21865262	5
Deletion	Chr11	21869999	21870010	12
Deletion	Chr12	23565179	23565180	2	2
Deletion	Chr2	23910087	23910087	1
Deletion	Chr11	24246136	24246136	1
Deletion	Chr7	24628001	24665000	37000	4
Deletion	Chr4	27225099	27225108	10
Deletion	Chr1	30271034	30271036	3
Deletion	Chr1	41252446	41252446	1	OsKitaake01g450600

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	1777021	1777187
Inversion	Chr10	2967627	2967761
Inversion	Chr2	20728647	21281225
Inversion	Chr2	20728651	21281244
Inversion	Chr3	29748825	29749082

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes