Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4377-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4377-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 8561172 C-T HET
SBS Chr1 11003960 C-T HET
SBS Chr1 22316604 G-A HET
SBS Chr1 22702970 G-A HET
SBS Chr2 3805001 G-C HET
SBS Chr2 23416359 G-A HET
SBS Chr2 23984619 C-T HOMO
SBS Chr2 24275601 G-C HOMO
SBS Chr2 25699638 A-T HET
SBS Chr2 27257440 C-A HET
SBS Chr2 29352966 G-A HET
SBS Chr2 32776179 A-G HET
SBS Chr3 4223454 A-T HET
SBS Chr4 6242070 T-C HOMO
SBS Chr4 11536491 C-T HET
SBS Chr4 18503537 C-T HOMO
SBS Chr4 24827161 G-A HET
SBS Chr4 30582927 T-G HOMO
SBS Chr5 23617907 C-T HET
SBS Chr5 27118666 T-G HET
SBS Chr5 27339561 G-A HET
SBS Chr6 5466189 G-T HOMO
SBS Chr6 5466190 A-T HOMO
SBS Chr6 6425099 C-T HOMO
SBS Chr6 6425101 G-A HOMO
SBS Chr6 12090088 G-A HET
SBS Chr7 5923710 T-A HET
SBS Chr7 7468360 T-G HET
SBS Chr8 111468 C-A HET OsKitaake08g001600
SBS Chr8 4364264 G-A HET
SBS Chr8 4867007 A-G HET
SBS Chr8 5859374 G-A HET
SBS Chr9 10786454 C-A HET OsKitaake09g066900
SBS Chr9 11305226 C-G HOMO
SBS Chr9 14334565 T-G HOMO OsKitaake09g096900
SBS Chr11 1757589 G-A HET
SBS Chr11 1928626 C-A HET
SBS Chr11 8246583 G-A HOMO
SBS Chr11 13116068 C-T HET
SBS Chr11 19012401 A-G HOMO
SBS Chr12 14395634 T-C HOMO

Deletions: 16

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr7 168281 168282 2
Deletion Chr11 735784 735790 7
Deletion Chr2 1970449 1970449 1
Deletion Chr11 3415379 3415379 1
Deletion Chr8 4367447 4367447 1
Deletion Chr8 8346487 8346487 1
Deletion Chr11 10400589 10400593 5
Deletion Chr11 13011260 13011261 2
Deletion Chr12 13578316 13578316 1
Deletion Chr2 15709007 15709007 1
Deletion Chr11 18451989 18451989 1
Deletion Chr11 20340841 20340846 6
Deletion Chr2 25008541 25008541 1
Deletion Chr8 28224333 28224333 1
Deletion Chr5 30212669 30212669 1
Deletion Chr6 30275415 30275415 1

Insertions: 9

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 16256124 16256126 1
Insertion Chr4 32159647 32159649 1
Insertion Chr6 30086779 30086781 1
Insertion Chr10 18794464 18794466 1
Insertion Chr12 11678371 11678373 1
Insertion Chr4 3275070 3275073 2
Insertion Chr6 9818072 9818074 1
Insertion Chr6 14273803 14273805 1
Insertion Chr12 6699501 6699503 1

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr12 9439735 9651752
Inversion Chr8 10795000 11726343
Inversion Chr8 10795001 11726344
Inversion Chr4 18691792 18691951
Inversion Chr1 29916213 29916345 OsKitaake01g293701

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr9 2238282 Chr4 1074236
Translocation Chr9 8094891 Chr3 22047792
Translocation Chr9 8120279 Chr3 22047810
Translocation Chr12 22399478 Chr1 16201635

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	8561172	C-T	HET
SBS	Chr1	11003960	C-T	HET
SBS	Chr1	22316604	G-A	HET
SBS	Chr1	22702970	G-A	HET
SBS	Chr2	3805001	G-C	HET
SBS	Chr2	23416359	G-A	HET
SBS	Chr2	23984619	C-T	HOMO
SBS	Chr2	24275601	G-C	HOMO
SBS	Chr2	25699638	A-T	HET
SBS	Chr2	27257440	C-A	HET
SBS	Chr2	29352966	G-A	HET
SBS	Chr2	32776179	A-G	HET
SBS	Chr3	4223454	A-T	HET
SBS	Chr4	6242070	T-C	HOMO
SBS	Chr4	11536491	C-T	HET
SBS	Chr4	18503537	C-T	HOMO
SBS	Chr4	24827161	G-A	HET
SBS	Chr4	30582927	T-G	HOMO
SBS	Chr5	23617907	C-T	HET
SBS	Chr5	27118666	T-G	HET
SBS	Chr5	27339561	G-A	HET
SBS	Chr6	5466189	G-T	HOMO
SBS	Chr6	5466190	A-T	HOMO
SBS	Chr6	6425099	C-T	HOMO
SBS	Chr6	6425101	G-A	HOMO
SBS	Chr6	12090088	G-A	HET
SBS	Chr7	5923710	T-A	HET
SBS	Chr7	7468360	T-G	HET
SBS	Chr8	111468	C-A	HET		OsKitaake08g001600
SBS	Chr8	4364264	G-A	HET
SBS	Chr8	4867007	A-G	HET
SBS	Chr8	5859374	G-A	HET
SBS	Chr9	10786454	C-A	HET		OsKitaake09g066900
SBS	Chr9	11305226	C-G	HOMO
SBS	Chr9	14334565	T-G	HOMO		OsKitaake09g096900
SBS	Chr11	1757589	G-A	HET
SBS	Chr11	1928626	C-A	HET
SBS	Chr11	8246583	G-A	HOMO
SBS	Chr11	13116068	C-T	HET
SBS	Chr11	19012401	A-G	HOMO
SBS	Chr12	14395634	T-C	HOMO

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	168281	168282	2
Deletion	Chr11	735784	735790	7
Deletion	Chr2	1970449	1970449	1
Deletion	Chr11	3415379	3415379	1
Deletion	Chr8	4367447	4367447	1
Deletion	Chr8	8346487	8346487	1
Deletion	Chr11	10400589	10400593	5
Deletion	Chr11	13011260	13011261	2
Deletion	Chr12	13578316	13578316	1
Deletion	Chr2	15709007	15709007	1
Deletion	Chr11	18451989	18451989	1
Deletion	Chr11	20340841	20340846	6
Deletion	Chr2	25008541	25008541	1
Deletion	Chr8	28224333	28224333	1
Deletion	Chr5	30212669	30212669	1
Deletion	Chr6	30275415	30275415	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	9439735	9651752
Inversion	Chr8	10795000	11726343
Inversion	Chr8	10795001	11726344
Inversion	Chr4	18691792	18691951
Inversion	Chr1	29916213	29916345	OsKitaake01g293701

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes