Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4379-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4379-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 3515455 T-C HET OsKitaake01g046800
SBS Chr1 4911994 G-A HET
SBS Chr1 12043063 T-C HET
SBS Chr1 15273283 C-T HET
SBS Chr1 21227584 G-A HET
SBS Chr1 21745605 G-A HET
SBS Chr1 24482480 T-A HOMO
SBS Chr1 24995804 C-T HOMO
SBS Chr1 25055984 C-T HOMO
SBS Chr1 30641711 T-G HET
SBS Chr2 4794634 T-A HOMO
SBS Chr2 7693395 C-T HOMO
SBS Chr2 8981132 G-A HOMO
SBS Chr2 12501404 G-A HET
SBS Chr2 13583632 A-G HOMO
SBS Chr2 27065255 C-A HET
SBS Chr2 32529601 C-T HOMO
SBS Chr3 8198907 A-G HET
SBS Chr3 14517901 G-A HET
SBS Chr3 16157892 G-A HET
SBS Chr3 27761311 C-T HET
SBS Chr3 29871800 T-A HET
SBS Chr3 31666411 G-A HOMO
SBS Chr3 33689393 C-A HOMO
SBS Chr4 5959189 G-T HET
SBS Chr4 8942693 C-T HET
SBS Chr4 21490976 G-A HET OsKitaake04g120800
SBS Chr4 29410936 A-G HET OsKitaake04g224800
SBS Chr5 1546840 C-A HET
SBS Chr5 10501723 A-C HOMO
SBS Chr5 20103454 G-A HET
SBS Chr5 22280645 C-G HET
SBS Chr5 27372941 A-T HET
SBS Chr5 29221480 T-C HET
SBS Chr6 7030809 A-G HET
SBS Chr6 28934603 C-T HET
SBS Chr7 1230208 A-T HET
SBS Chr7 7280079 T-A HOMO
SBS Chr7 10320058 A-G HET
SBS Chr7 12963789 A-G HOMO
SBS Chr7 12963799 G-C HOMO
SBS Chr7 12963800 C-A HOMO
SBS Chr7 24130503 C-T HET
SBS Chr8 2500428 G-T HET
SBS Chr9 12746069 C-T HET
SBS Chr9 13992575 G-A HET
SBS Chr9 14761261 G-A HET
SBS Chr9 21413121 A-G HET
SBS Chr10 18407979 G-A HET
SBS Chr11 1705703 T-C HOMO
SBS Chr11 6170112 G-A HOMO
SBS Chr11 23663685 G-C HET
SBS Chr11 27281085 A-G HET
SBS Chr12 5442770 C-G HET
SBS Chr12 8456117 G-C HET
SBS Chr12 9359521 C-T HET

Deletions: 25

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr3 443787 443793 7
Deletion Chr7 667001 950000 283000 43
Deletion Chr7 958001 1118000 160000 22
Deletion Chr11 1363696 1363696 1 OsKitaake11g017400
Deletion Chr9 1581641 1581646 6
Deletion Chr9 1925136 1925136 1
Deletion Chr8 6019101 6019101 1
Deletion Chr11 6574909 6574913 5 OsKitaake11g078000
Deletion Chr3 7947968 7947968 1
Deletion Chr7 8301454 8301455 2
Deletion Chr9 9572544 9572546 3
Deletion Chr4 10435310 10435310 1
Deletion Chr10 13103897 13103897 1
Deletion Chr8 14433975 14433989 15
Deletion Chr8 15229609 15229609 1
Deletion Chr9 15289001 15394000 105000 9
Deletion Chr6 16676659 16676666 8 OsKitaake06g157600
Deletion Chr11 17058362 17058424 63
Deletion Chr10 17203392 17203394 3
Deletion Chr9 17456502 17456503 2
Deletion Chr2 19108001 19938000 830000 80
Deletion Chr1 25765803 25765814 12
Deletion Chr11 28305616 28305622 7 OsKitaake11g232400
Deletion Chr4 29803703 29803707 5
Deletion Chr2 31750098 31750100 3 OsKitaake02g323400

Insertions: 6

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 37812795 37812797 1
Insertion Chr2 35718754 35718832 77
Insertion Chr6 2138565 2138567 1
Insertion Chr1 37794930 37794932 1
Insertion Chr8 11898015 11898017 1
Insertion Chr11 2488294 2488296 1

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr9 14567056 15289191
Inversion Chr1 15285641 15405618
Inversion Chr12 16413947 16415134
Inversion Chr2 20889170 20889318
Inversion Chr4 23971032 23971254
Inversion Chr11 28981297 28981439

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr12 19751008 Chr4 59907
Translocation Chr5 28094547 Chr2 3641340 OsKitaake05g259900
Translocation Chr5 28094553 Chr2 3641803 OsKitaake05g259900

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3515455	T-C	HET		OsKitaake01g046800
SBS	Chr1	4911994	G-A	HET
SBS	Chr1	12043063	T-C	HET
SBS	Chr1	15273283	C-T	HET
SBS	Chr1	21227584	G-A	HET
SBS	Chr1	21745605	G-A	HET
SBS	Chr1	24482480	T-A	HOMO
SBS	Chr1	24995804	C-T	HOMO
SBS	Chr1	25055984	C-T	HOMO
SBS	Chr1	30641711	T-G	HET
SBS	Chr2	4794634	T-A	HOMO
SBS	Chr2	7693395	C-T	HOMO
SBS	Chr2	8981132	G-A	HOMO
SBS	Chr2	12501404	G-A	HET
SBS	Chr2	13583632	A-G	HOMO
SBS	Chr2	27065255	C-A	HET
SBS	Chr2	32529601	C-T	HOMO
SBS	Chr3	8198907	A-G	HET
SBS	Chr3	14517901	G-A	HET
SBS	Chr3	16157892	G-A	HET
SBS	Chr3	27761311	C-T	HET
SBS	Chr3	29871800	T-A	HET
SBS	Chr3	31666411	G-A	HOMO
SBS	Chr3	33689393	C-A	HOMO
SBS	Chr4	5959189	G-T	HET
SBS	Chr4	8942693	C-T	HET
SBS	Chr4	21490976	G-A	HET		OsKitaake04g120800
SBS	Chr4	29410936	A-G	HET		OsKitaake04g224800
SBS	Chr5	1546840	C-A	HET
SBS	Chr5	10501723	A-C	HOMO
SBS	Chr5	20103454	G-A	HET
SBS	Chr5	22280645	C-G	HET
SBS	Chr5	27372941	A-T	HET
SBS	Chr5	29221480	T-C	HET
SBS	Chr6	7030809	A-G	HET
SBS	Chr6	28934603	C-T	HET
SBS	Chr7	1230208	A-T	HET
SBS	Chr7	7280079	T-A	HOMO
SBS	Chr7	10320058	A-G	HET
SBS	Chr7	12963789	A-G	HOMO
SBS	Chr7	12963799	G-C	HOMO
SBS	Chr7	12963800	C-A	HOMO
SBS	Chr7	24130503	C-T	HET
SBS	Chr8	2500428	G-T	HET
SBS	Chr9	12746069	C-T	HET
SBS	Chr9	13992575	G-A	HET
SBS	Chr9	14761261	G-A	HET
SBS	Chr9	21413121	A-G	HET
SBS	Chr10	18407979	G-A	HET
SBS	Chr11	1705703	T-C	HOMO
SBS	Chr11	6170112	G-A	HOMO
SBS	Chr11	23663685	G-C	HET
SBS	Chr11	27281085	A-G	HET
SBS	Chr12	5442770	C-G	HET
SBS	Chr12	8456117	G-C	HET
SBS	Chr12	9359521	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	443787	443793	7
Deletion	Chr7	667001	950000	283000	43
Deletion	Chr7	958001	1118000	160000	22
Deletion	Chr11	1363696	1363696	1	OsKitaake11g017400
Deletion	Chr9	1581641	1581646	6
Deletion	Chr9	1925136	1925136	1
Deletion	Chr8	6019101	6019101	1
Deletion	Chr11	6574909	6574913	5	OsKitaake11g078000
Deletion	Chr3	7947968	7947968	1
Deletion	Chr7	8301454	8301455	2
Deletion	Chr9	9572544	9572546	3
Deletion	Chr4	10435310	10435310	1
Deletion	Chr10	13103897	13103897	1
Deletion	Chr8	14433975	14433989	15
Deletion	Chr8	15229609	15229609	1
Deletion	Chr9	15289001	15394000	105000	9
Deletion	Chr6	16676659	16676666	8	OsKitaake06g157600
Deletion	Chr11	17058362	17058424	63
Deletion	Chr10	17203392	17203394	3
Deletion	Chr9	17456502	17456503	2
Deletion	Chr2	19108001	19938000	830000	80
Deletion	Chr1	25765803	25765814	12
Deletion	Chr11	28305616	28305622	7	OsKitaake11g232400
Deletion	Chr4	29803703	29803707	5
Deletion	Chr2	31750098	31750100	3	OsKitaake02g323400

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	14567056	15289191
Inversion	Chr1	15285641	15405618
Inversion	Chr12	16413947	16415134
Inversion	Chr2	20889170	20889318
Inversion	Chr4	23971032	23971254
Inversion	Chr11	28981297	28981439

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes