Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4381-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4381-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 2948839 C-T HET
SBS Chr1 6089604 C-T HET
SBS Chr1 23915471 G-A HET
SBS Chr2 17521902 A-G HET
SBS Chr2 20648847 G-A HOMO
SBS Chr2 27110222 C-T HOMO
SBS Chr2 31432908 T-A HET
SBS Chr3 20588367 C-T HET
SBS Chr3 27895465 C-T HET
SBS Chr3 28082822 T-C HET OsKitaake03g290600
SBS Chr4 4654029 T-C HET
SBS Chr4 16548041 G-C HOMO
SBS Chr5 5919394 A-C HET
SBS Chr5 10053507 C-T HET
SBS Chr6 5382867 A-G HET
SBS Chr6 13573640 T-C HET
SBS Chr6 18465835 C-T HET
SBS Chr6 20700901 G-A HOMO
SBS Chr6 20954861 C-T HET
SBS Chr7 7386814 G-T HET
SBS Chr7 18106203 G-A HOMO
SBS Chr7 25550622 T-A HOMO
SBS Chr7 29367879 C-T HET
SBS Chr8 13417697 G-A HET
SBS Chr8 17120614 G-A HET
SBS Chr9 62565 G-T HET
SBS Chr9 8311378 G-A HOMO
SBS Chr9 13083253 G-A HOMO
SBS Chr9 13861065 G-A HET
SBS Chr9 18865072 C-G HOMO
SBS Chr10 18348043 G-T HOMO
SBS Chr10 21438015 C-T HET
SBS Chr10 23630549 G-T HET
SBS Chr11 113685 A-C HET
SBS Chr11 11503379 G-A HOMO
SBS Chr11 12082927 C-T HET
SBS Chr11 18731022 G-A HET
SBS Chr11 18731023 C-A HET OsKitaake11g145401
SBS Chr11 25292635 A-G HET
SBS Chr11 29561000 A-G HET OsKitaake11g243400
SBS Chr12 7720398 C-T HET
SBS Chr12 10404323 C-T HET
SBS Chr12 12639124 C-T HET
SBS Chr12 13895940 T-C HET
SBS Chr12 19964909 G-T HOMO
SBS Chr12 26858197 T-C HET

Deletions: 26

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr8 1847473 1847474 2
Deletion Chr3 2523001 2546000 23000 4
Deletion Chr9 2586001 2600000 14000 OsKitaake09g014300
Deletion Chr6 2882355 2882366 12
Deletion Chr7 9154413 9154413 1
Deletion Chr9 9757469 9757469 1
Deletion Chr12 11656310 11657080 771
Deletion Chr9 15261375 15261378 4 OsKitaake09g106700
Deletion Chr9 15715358 15715366 9
Deletion Chr3 17563147 17563155 9
Deletion Chr10 17758001 17791000 33000 6
Deletion Chr8 17928001 18316000 388000 30
Deletion Chr10 18187001 18484000 297000 25
Deletion Chr4 19434001 19449000 15000 OsKitaake04g099601
Deletion Chr3 20034154 20034606 453
Deletion Chr6 20186178 20186220 43
Deletion Chr8 20686737 20686740 4
Deletion Chr11 21931641 21931643 3 OsKitaake11g173600
Deletion Chr12 22101895 22101896 2
Deletion Chr1 24121454 24121463 10
Deletion Chr8 25678001 25685000 7000 2
Deletion Chr8 25756032 25756037 6
Deletion Chr2 26640001 26695000 55000 7
Deletion Chr4 29832118 29832118 1
Deletion Chr3 33217036 33217036 1
Deletion Chr2 33561938 33561943 6

Insertions: 5

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr11 2891949 2891951 1
Insertion Chr1 39239639 39239644 4
Insertion Chr2 23251040 23251042 1
Insertion Chr9 15875411 15875413 1
Insertion Chr12 25653180 25653182 1

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr4 1483211 1483472
Inversion Chr9 15752603 15752784 OsKitaake09g112100
Inversion Chr7 22909527 22909651 OsKitaake07g197300
Inversion Chr1 26077531 26362964
Inversion Chr4 34199623 34199755
Inversion Chr1 40429076 40429285

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr9 14494420 Chr1 26385576
Translocation Chr9 14494792 Chr8 17927243
Translocation Chr5 27896958 Chr1 26078762 OsKitaake01g253900
Translocation Chr5 27896969 Chr1 26077576

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2948839	C-T	HET
SBS	Chr1	6089604	C-T	HET
SBS	Chr1	23915471	G-A	HET
SBS	Chr2	17521902	A-G	HET
SBS	Chr2	20648847	G-A	HOMO
SBS	Chr2	27110222	C-T	HOMO
SBS	Chr2	31432908	T-A	HET
SBS	Chr3	20588367	C-T	HET
SBS	Chr3	27895465	C-T	HET
SBS	Chr3	28082822	T-C	HET		OsKitaake03g290600
SBS	Chr4	4654029	T-C	HET
SBS	Chr4	16548041	G-C	HOMO
SBS	Chr5	5919394	A-C	HET
SBS	Chr5	10053507	C-T	HET
SBS	Chr6	5382867	A-G	HET
SBS	Chr6	13573640	T-C	HET
SBS	Chr6	18465835	C-T	HET
SBS	Chr6	20700901	G-A	HOMO
SBS	Chr6	20954861	C-T	HET
SBS	Chr7	7386814	G-T	HET
SBS	Chr7	18106203	G-A	HOMO
SBS	Chr7	25550622	T-A	HOMO
SBS	Chr7	29367879	C-T	HET
SBS	Chr8	13417697	G-A	HET
SBS	Chr8	17120614	G-A	HET
SBS	Chr9	62565	G-T	HET
SBS	Chr9	8311378	G-A	HOMO
SBS	Chr9	13083253	G-A	HOMO
SBS	Chr9	13861065	G-A	HET
SBS	Chr9	18865072	C-G	HOMO
SBS	Chr10	18348043	G-T	HOMO
SBS	Chr10	21438015	C-T	HET
SBS	Chr10	23630549	G-T	HET
SBS	Chr11	113685	A-C	HET
SBS	Chr11	11503379	G-A	HOMO
SBS	Chr11	12082927	C-T	HET
SBS	Chr11	18731022	G-A	HET
SBS	Chr11	18731023	C-A	HET		OsKitaake11g145401
SBS	Chr11	25292635	A-G	HET
SBS	Chr11	29561000	A-G	HET		OsKitaake11g243400
SBS	Chr12	7720398	C-T	HET
SBS	Chr12	10404323	C-T	HET
SBS	Chr12	12639124	C-T	HET
SBS	Chr12	13895940	T-C	HET
SBS	Chr12	19964909	G-T	HOMO
SBS	Chr12	26858197	T-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1847473	1847474	2
Deletion	Chr3	2523001	2546000	23000	4
Deletion	Chr9	2586001	2600000	14000	OsKitaake09g014300
Deletion	Chr6	2882355	2882366	12
Deletion	Chr7	9154413	9154413	1
Deletion	Chr9	9757469	9757469	1
Deletion	Chr12	11656310	11657080	771
Deletion	Chr9	15261375	15261378	4	OsKitaake09g106700
Deletion	Chr9	15715358	15715366	9
Deletion	Chr3	17563147	17563155	9
Deletion	Chr10	17758001	17791000	33000	6
Deletion	Chr8	17928001	18316000	388000	30
Deletion	Chr10	18187001	18484000	297000	25
Deletion	Chr4	19434001	19449000	15000	OsKitaake04g099601
Deletion	Chr3	20034154	20034606	453
Deletion	Chr6	20186178	20186220	43
Deletion	Chr8	20686737	20686740	4
Deletion	Chr11	21931641	21931643	3	OsKitaake11g173600
Deletion	Chr12	22101895	22101896	2
Deletion	Chr1	24121454	24121463	10
Deletion	Chr8	25678001	25685000	7000	2
Deletion	Chr8	25756032	25756037	6
Deletion	Chr2	26640001	26695000	55000	7
Deletion	Chr4	29832118	29832118	1
Deletion	Chr3	33217036	33217036	1
Deletion	Chr2	33561938	33561943	6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	1483211	1483472
Inversion	Chr9	15752603	15752784	OsKitaake09g112100
Inversion	Chr7	22909527	22909651	OsKitaake07g197300
Inversion	Chr1	26077531	26362964
Inversion	Chr4	34199623	34199755
Inversion	Chr1	40429076	40429285

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes