Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4383-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4383-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 1305607 C-T HET
SBS Chr1 8405656 A-T HET
SBS Chr1 13281350 C-T HET
SBS Chr1 20208388 C-G HET
SBS Chr1 21536619 C-T HOMO
SBS Chr1 22754295 C-G HOMO
SBS Chr1 41868559 G-A HET
SBS Chr2 6813089 C-T HOMO
SBS Chr2 6864849 C-A HOMO
SBS Chr2 7364625 A-G HOMO
SBS Chr2 19185000 C-T HET
SBS Chr3 3281045 G-T HET
SBS Chr3 3281046 C-T HET
SBS Chr3 8744316 C-T HET
SBS Chr3 9812589 A-G HET
SBS Chr3 15119355 C-T HET
SBS Chr3 16409549 G-A HET
SBS Chr3 17974378 G-A HET
SBS Chr3 17974379 T-A HET OsKitaake03g219700
SBS Chr3 21811721 G-T HET
SBS Chr3 37587652 C-G HET
SBS Chr4 1722957 A-G HET
SBS Chr4 4044619 G-A HET
SBS Chr4 4330883 G-T HET OsKitaake04g021401
SBS Chr4 9849494 T-A HET
SBS Chr4 9849497 G-A HET
SBS Chr5 6637004 T-C HET
SBS Chr5 9038057 T-C HET
SBS Chr7 3571724 T-A HET
SBS Chr8 17095102 G-A HOMO
SBS Chr8 28713239 G-A HET
SBS Chr9 7921290 G-A HET
SBS Chr9 8112320 G-A HET
SBS Chr10 12165879 G-C HOMO
SBS Chr10 20909964 G-A HET OsKitaake10g161100
SBS Chr11 9996763 C-A HET
SBS Chr11 21621407 G-A HET
SBS Chr12 2267064 C-T HOMO
SBS Chr12 11257354 G-A HET
SBS Chr12 12630894 C-T HET
SBS Chr12 14718475 A-G HET
SBS Chr12 20047497 C-T HOMO
SBS Chr12 22558659 T-C HET

Deletions: 19

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr6 380924 380924 1
Deletion Chr3 3413001 3473000 60000 8
Deletion Chr4 13880001 13994000 114000 6
Deletion Chr4 13995001 14081000 86000 4
Deletion Chr8 15768692 15768692 1
Deletion Chr10 15830239 15830249 11
Deletion Chr7 16077364 16077369 6
Deletion Chr12 16264439 16264440 2
Deletion Chr9 17447609 17447610 2
Deletion Chr5 19023180 19023207 28
Deletion Chr3 20058968 20059122 155
Deletion Chr3 24349878 24349886 9
Deletion Chr11 26971036 26971044 9
Deletion Chr6 28875639 28875645 7
Deletion Chr6 28901218 28901223 6
Deletion Chr4 30301137 30301137 1
Deletion Chr4 32050801 32050801 1
Deletion Chr3 35068519 35068519 1
Deletion Chr1 41030613 41030614 2

Insertions: 6

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 36046028 36046030 1
Insertion Chr6 1154951 1154953 1
Insertion Chr6 27616095 27616097 1
Insertion Chr9 6822342 6822344 1
Insertion Chr12 12443245 12443247 1
Insertion Chr3 7909817 7909819 1

Inversions: 8

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr6 3897562 3897658
Inversion Chr4 9222103 9222259 OsKitaake04g047400
Inversion Chr11 9234206 9234307 OsKitaake11g097033
Inversion Chr5 10001107 10001234 OsKitaake05g089602
Inversion Chr11 11306297 11306401
Inversion Chr10 14467145 14467289
Inversion Chr1 16840689 16840998
Inversion Chr1 31010314 31010743

Translocations: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr12 4536111 Chr8 15246226
Translocation Chr12 4540154 Chr4 28341193
Translocation Chr4 10301626 Chr3 3411347
Translocation Chr5 16341300 Chr3 3410508
Translocation Chr4 28341188 Chr2 34783257

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1305607	C-T	HET
SBS	Chr1	8405656	A-T	HET
SBS	Chr1	13281350	C-T	HET
SBS	Chr1	20208388	C-G	HET
SBS	Chr1	21536619	C-T	HOMO
SBS	Chr1	22754295	C-G	HOMO
SBS	Chr1	41868559	G-A	HET
SBS	Chr2	6813089	C-T	HOMO
SBS	Chr2	6864849	C-A	HOMO
SBS	Chr2	7364625	A-G	HOMO
SBS	Chr2	19185000	C-T	HET
SBS	Chr3	3281045	G-T	HET
SBS	Chr3	3281046	C-T	HET
SBS	Chr3	8744316	C-T	HET
SBS	Chr3	9812589	A-G	HET
SBS	Chr3	15119355	C-T	HET
SBS	Chr3	16409549	G-A	HET
SBS	Chr3	17974378	G-A	HET
SBS	Chr3	17974379	T-A	HET		OsKitaake03g219700
SBS	Chr3	21811721	G-T	HET
SBS	Chr3	37587652	C-G	HET
SBS	Chr4	1722957	A-G	HET
SBS	Chr4	4044619	G-A	HET
SBS	Chr4	4330883	G-T	HET		OsKitaake04g021401
SBS	Chr4	9849494	T-A	HET
SBS	Chr4	9849497	G-A	HET
SBS	Chr5	6637004	T-C	HET
SBS	Chr5	9038057	T-C	HET
SBS	Chr7	3571724	T-A	HET
SBS	Chr8	17095102	G-A	HOMO
SBS	Chr8	28713239	G-A	HET
SBS	Chr9	7921290	G-A	HET
SBS	Chr9	8112320	G-A	HET
SBS	Chr10	12165879	G-C	HOMO
SBS	Chr10	20909964	G-A	HET		OsKitaake10g161100
SBS	Chr11	9996763	C-A	HET
SBS	Chr11	21621407	G-A	HET
SBS	Chr12	2267064	C-T	HOMO
SBS	Chr12	11257354	G-A	HET
SBS	Chr12	12630894	C-T	HET
SBS	Chr12	14718475	A-G	HET
SBS	Chr12	20047497	C-T	HOMO
SBS	Chr12	22558659	T-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	380924	380924	1
Deletion	Chr3	3413001	3473000	60000	8
Deletion	Chr4	13880001	13994000	114000	6
Deletion	Chr4	13995001	14081000	86000	4
Deletion	Chr8	15768692	15768692	1
Deletion	Chr10	15830239	15830249	11
Deletion	Chr7	16077364	16077369	6
Deletion	Chr12	16264439	16264440	2
Deletion	Chr9	17447609	17447610	2
Deletion	Chr5	19023180	19023207	28
Deletion	Chr3	20058968	20059122	155
Deletion	Chr3	24349878	24349886	9
Deletion	Chr11	26971036	26971044	9
Deletion	Chr6	28875639	28875645	7
Deletion	Chr6	28901218	28901223	6
Deletion	Chr4	30301137	30301137	1
Deletion	Chr4	32050801	32050801	1
Deletion	Chr3	35068519	35068519	1
Deletion	Chr1	41030613	41030614	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	3897562	3897658
Inversion	Chr4	9222103	9222259	OsKitaake04g047400
Inversion	Chr11	9234206	9234307	OsKitaake11g097033
Inversion	Chr5	10001107	10001234	OsKitaake05g089602
Inversion	Chr11	11306297	11306401
Inversion	Chr10	14467145	14467289
Inversion	Chr1	16840689	16840998
Inversion	Chr1	31010314	31010743

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes