Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4387-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4387-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5477927 T-C HET
SBS Chr1 20599841 A-G HET
SBS Chr1 23518533 G-A HOMO
SBS Chr1 25005922 A-G HOMO
SBS Chr1 26638881 C-T HET
SBS Chr2 7181614 T-C HOMO
SBS Chr2 12196205 C-T HET
SBS Chr2 14784487 C-A HET
SBS Chr2 19729301 C-T HET
SBS Chr2 37107799 C-T HET
SBS Chr3 11619271 A-G HET
SBS Chr3 14988131 C-A HET
SBS Chr3 30209701 A-T HOMO
SBS Chr3 31041559 C-T HOMO
SBS Chr3 32345523 C-T HOMO
SBS Chr4 6925481 G-A HET
SBS Chr4 10400043 C-T HET
SBS Chr4 10922350 T-C HET
SBS Chr4 18859060 C-T HET
SBS Chr4 24650100 A-G HET
SBS Chr4 30633015 C-T HET
SBS Chr5 8019536 G-A HET OsKitaake05g079100
SBS Chr5 11498566 G-A HET
SBS Chr5 20247208 G-A HET
SBS Chr5 21397005 G-C HET
SBS Chr5 26246370 T-C HET
SBS Chr5 29060650 T-C HET
SBS Chr6 192664 C-T HET
SBS Chr6 4335760 A-C HET
SBS Chr6 6234496 G-A HET
SBS Chr6 7469163 C-T HET
SBS Chr6 17822477 G-C HET
SBS Chr6 22016330 G-A HET
SBS Chr6 23330948 G-A HET
SBS Chr7 5388799 T-C HET
SBS Chr7 18379358 T-C HET
SBS Chr7 28899980 T-C HET
SBS Chr8 3576525 C-T HOMO OsKitaake08g040000
SBS Chr8 7316654 G-A HET
SBS Chr8 16257990 A-G HET OsKitaake08g125000
SBS Chr8 19935454 T-A HET
SBS Chr8 23032211 T-C HOMO
SBS Chr9 15421293 C-A HOMO
SBS Chr9 20362020 A-T HOMO
SBS Chr10 3204310 A-G HET
SBS Chr10 13116783 T-C HET
SBS Chr10 13116794 C-T HET
SBS Chr11 21847590 A-T HET
SBS Chr11 28750673 C-T HET
SBS Chr12 4095471 C-G HET
SBS Chr12 19948799 A-G HET
SBS Chr12 24493532 T-C HET

Deletions: 18

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr2 188332 188348 17
Deletion Chr3 1069545 1069553 9
Deletion Chr3 2343638 2343641 4
Deletion Chr3 4771635 4771637 3
Deletion Chr3 12167511 12167514 4
Deletion Chr9 13251648 13251648 1
Deletion Chr9 13447126 13447126 1
Deletion Chr2 13839618 13839619 2
Deletion Chr9 17616388 17616391 4
Deletion Chr9 17911396 17911396 1 OsKitaake09g136600
Deletion Chr6 18372171 18372173 3
Deletion Chr2 21166747 21166747 1
Deletion Chr1 21260776 21260807 32 OsKitaake01g207200
Deletion Chr3 21359984 21359984 1
Deletion Chr7 27370803 27370803 1 2
Deletion Chr3 32129725 32129726 2 OsKitaake03g340600
Deletion Chr1 39881508 39881516 9
Deletion Chr1 42794369 42794370 2

Insertions: 5

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 43167423 43167426 2
Insertion Chr2 14377552 14377554 1 OsKitaake02g155500
Insertion Chr1 7642572 7642575 2
Insertion Chr1 43985611 43985614 2
Insertion Chr5 22781053 22781057 3

Inversions: 8

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr3 2832900 3809882
Inversion Chr3 2832914 3809888
Inversion Chr4 13645546 13645747
Inversion Chr9 15623397 15965940 OsKitaake09g110500
Inversion Chr9 15623400 15966079 2
Inversion Chr9 19521404 19521585
Inversion Chr6 19923916 19924087
Inversion Chr5 22902871 23326839 OsKitaake05g195000

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5477927	T-C	HET
SBS	Chr1	20599841	A-G	HET
SBS	Chr1	23518533	G-A	HOMO
SBS	Chr1	25005922	A-G	HOMO
SBS	Chr1	26638881	C-T	HET
SBS	Chr2	7181614	T-C	HOMO
SBS	Chr2	12196205	C-T	HET
SBS	Chr2	14784487	C-A	HET
SBS	Chr2	19729301	C-T	HET
SBS	Chr2	37107799	C-T	HET
SBS	Chr3	11619271	A-G	HET
SBS	Chr3	14988131	C-A	HET
SBS	Chr3	30209701	A-T	HOMO
SBS	Chr3	31041559	C-T	HOMO
SBS	Chr3	32345523	C-T	HOMO
SBS	Chr4	6925481	G-A	HET
SBS	Chr4	10400043	C-T	HET
SBS	Chr4	10922350	T-C	HET
SBS	Chr4	18859060	C-T	HET
SBS	Chr4	24650100	A-G	HET
SBS	Chr4	30633015	C-T	HET
SBS	Chr5	8019536	G-A	HET		OsKitaake05g079100
SBS	Chr5	11498566	G-A	HET
SBS	Chr5	20247208	G-A	HET
SBS	Chr5	21397005	G-C	HET
SBS	Chr5	26246370	T-C	HET
SBS	Chr5	29060650	T-C	HET
SBS	Chr6	192664	C-T	HET
SBS	Chr6	4335760	A-C	HET
SBS	Chr6	6234496	G-A	HET
SBS	Chr6	7469163	C-T	HET
SBS	Chr6	17822477	G-C	HET
SBS	Chr6	22016330	G-A	HET
SBS	Chr6	23330948	G-A	HET
SBS	Chr7	5388799	T-C	HET
SBS	Chr7	18379358	T-C	HET
SBS	Chr7	28899980	T-C	HET
SBS	Chr8	3576525	C-T	HOMO		OsKitaake08g040000
SBS	Chr8	7316654	G-A	HET
SBS	Chr8	16257990	A-G	HET		OsKitaake08g125000
SBS	Chr8	19935454	T-A	HET
SBS	Chr8	23032211	T-C	HOMO
SBS	Chr9	15421293	C-A	HOMO
SBS	Chr9	20362020	A-T	HOMO
SBS	Chr10	3204310	A-G	HET
SBS	Chr10	13116783	T-C	HET
SBS	Chr10	13116794	C-T	HET
SBS	Chr11	21847590	A-T	HET
SBS	Chr11	28750673	C-T	HET
SBS	Chr12	4095471	C-G	HET
SBS	Chr12	19948799	A-G	HET
SBS	Chr12	24493532	T-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	188332	188348	17
Deletion	Chr3	1069545	1069553	9
Deletion	Chr3	2343638	2343641	4
Deletion	Chr3	4771635	4771637	3
Deletion	Chr3	12167511	12167514	4
Deletion	Chr9	13251648	13251648	1
Deletion	Chr9	13447126	13447126	1
Deletion	Chr2	13839618	13839619	2
Deletion	Chr9	17616388	17616391	4
Deletion	Chr9	17911396	17911396	1	OsKitaake09g136600
Deletion	Chr6	18372171	18372173	3
Deletion	Chr2	21166747	21166747	1
Deletion	Chr1	21260776	21260807	32	OsKitaake01g207200
Deletion	Chr3	21359984	21359984	1
Deletion	Chr7	27370803	27370803	1	2
Deletion	Chr3	32129725	32129726	2	OsKitaake03g340600
Deletion	Chr1	39881508	39881516	9
Deletion	Chr1	42794369	42794370	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	2832900	3809882
Inversion	Chr3	2832914	3809888
Inversion	Chr4	13645546	13645747
Inversion	Chr9	15623397	15965940	OsKitaake09g110500
Inversion	Chr9	15623400	15966079	2
Inversion	Chr9	19521404	19521585
Inversion	Chr6	19923916	19924087
Inversion	Chr5	22902871	23326839	OsKitaake05g195000

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes