Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4388-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4388-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 12334637 A-G HOMO
SBS Chr1 29912302 T-A HOMO
SBS Chr2 4103350 G-T HOMO
SBS Chr2 15307188 C-T HET
SBS Chr3 20243860 A-G HET
SBS Chr3 23291748 C-T HOMO
SBS Chr4 1152931 T-C HOMO
SBS Chr4 2608404 G-A HET
SBS Chr4 14123723 G-C HET
SBS Chr4 14946851 G-A HET
SBS Chr4 16555341 A-G HET
SBS Chr4 16715474 A-T HET
SBS Chr4 33849508 G-A HOMO
SBS Chr4 35850839 G-T HET
SBS Chr5 25292777 G-A HET
SBS Chr6 5408673 A-G HET
SBS Chr6 8689973 G-A HET
SBS Chr6 21171420 G-C HET
SBS Chr7 2566724 T-A HOMO
SBS Chr7 21223319 C-T HET OsKitaake07g175800
SBS Chr7 23184679 A-G HET
SBS Chr7 26718303 G-A HET
SBS Chr8 76497 C-T HET
SBS Chr8 1039623 A-T HET
SBS Chr8 3863188 C-G HET
SBS Chr8 9496604 C-A HET
SBS Chr8 24850972 G-C HOMO
SBS Chr9 2528639 G-A HET
SBS Chr9 13017890 G-A HET
SBS Chr9 17496105 G-A HOMO
SBS Chr10 5218912 C-A HET
SBS Chr10 7481375 A-G HET
SBS Chr10 15432866 A-G HET
SBS Chr10 23733870 G-T HET
SBS Chr11 2092700 G-T HET
SBS Chr11 7038254 T-A HET
SBS Chr11 9369284 G-T HET
SBS Chr11 15729315 A-G HET
SBS Chr11 20827498 T-C HET
SBS Chr12 16941547 G-A HET
SBS Chr12 19487084 G-A HET

Deletions: 15

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr2 1347710 1347711 2
Deletion Chr5 2606976 2606987 12 OsKitaake05g029700
Deletion Chr12 4505438 4505438 1
Deletion Chr3 4899864 4899864 1
Deletion Chr1 6387826 6387831 6
Deletion Chr8 9694166 9694166 1 OsKitaake08g091200
Deletion Chr12 10255274 10255274 1
Deletion Chr5 12711196 12711205 10
Deletion Chr1 13235543 13235544 2
Deletion Chr9 13727672 13727672 1
Deletion Chr2 13862845 13863474 630
Deletion Chr4 16162462 16162462 1
Deletion Chr7 23231682 23231683 2
Deletion Chr1 25444292 25444292 1
Deletion Chr1 28773445 28773447 3

Insertions: 18

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 8579300 8579305 4
Insertion Chr1 12867904 12867906 1
Insertion Chr4 8233430 8233432 1
Insertion Chr4 10702008 10702010 1
Insertion Chr4 17936921 17936923 1
Insertion Chr6 26372427 26372429 1
Insertion Chr7 2986950 2986952 1
Insertion Chr8 1542031 1542034 2
Insertion Chr8 9064804 9064806 1
Insertion Chr9 8423351 8423353 1
Insertion Chr9 17731156 17731158 1
Insertion Chr10 10552864 10552866 1
Insertion Chr10 21656700 21656702 1
Insertion Chr11 12462679 12462733 53
Insertion Chr11 15777255 15777259 3
Insertion Chr12 4673530 4673532 1
Insertion Chr12 12607224 12607226 1
Insertion Chr9 3960552 3960554 1

Inversions: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr6 756948 1528508 OsKitaake06g017900
Inversion Chr6 840088 1528531 OsKitaake06g017900

Translocations: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr4 15282999 Chr1 31137962

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12334637	A-G	HOMO
SBS	Chr1	29912302	T-A	HOMO
SBS	Chr2	4103350	G-T	HOMO
SBS	Chr2	15307188	C-T	HET
SBS	Chr3	20243860	A-G	HET
SBS	Chr3	23291748	C-T	HOMO
SBS	Chr4	1152931	T-C	HOMO
SBS	Chr4	2608404	G-A	HET
SBS	Chr4	14123723	G-C	HET
SBS	Chr4	14946851	G-A	HET
SBS	Chr4	16555341	A-G	HET
SBS	Chr4	16715474	A-T	HET
SBS	Chr4	33849508	G-A	HOMO
SBS	Chr4	35850839	G-T	HET
SBS	Chr5	25292777	G-A	HET
SBS	Chr6	5408673	A-G	HET
SBS	Chr6	8689973	G-A	HET
SBS	Chr6	21171420	G-C	HET
SBS	Chr7	2566724	T-A	HOMO
SBS	Chr7	21223319	C-T	HET		OsKitaake07g175800
SBS	Chr7	23184679	A-G	HET
SBS	Chr7	26718303	G-A	HET
SBS	Chr8	76497	C-T	HET
SBS	Chr8	1039623	A-T	HET
SBS	Chr8	3863188	C-G	HET
SBS	Chr8	9496604	C-A	HET
SBS	Chr8	24850972	G-C	HOMO
SBS	Chr9	2528639	G-A	HET
SBS	Chr9	13017890	G-A	HET
SBS	Chr9	17496105	G-A	HOMO
SBS	Chr10	5218912	C-A	HET
SBS	Chr10	7481375	A-G	HET
SBS	Chr10	15432866	A-G	HET
SBS	Chr10	23733870	G-T	HET
SBS	Chr11	2092700	G-T	HET
SBS	Chr11	7038254	T-A	HET
SBS	Chr11	9369284	G-T	HET
SBS	Chr11	15729315	A-G	HET
SBS	Chr11	20827498	T-C	HET
SBS	Chr12	16941547	G-A	HET
SBS	Chr12	19487084	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1347710	1347711	2
Deletion	Chr5	2606976	2606987	12	OsKitaake05g029700
Deletion	Chr12	4505438	4505438	1
Deletion	Chr3	4899864	4899864	1
Deletion	Chr1	6387826	6387831	6
Deletion	Chr8	9694166	9694166	1	OsKitaake08g091200
Deletion	Chr12	10255274	10255274	1
Deletion	Chr5	12711196	12711205	10
Deletion	Chr1	13235543	13235544	2
Deletion	Chr9	13727672	13727672	1
Deletion	Chr2	13862845	13863474	630
Deletion	Chr4	16162462	16162462	1
Deletion	Chr7	23231682	23231683	2
Deletion	Chr1	25444292	25444292	1
Deletion	Chr1	28773445	28773447	3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	756948	1528508	OsKitaake06g017900
Inversion	Chr6	840088	1528531	OsKitaake06g017900

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes