Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4393-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4393-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 69

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 10849390 C-T HET
SBS Chr1 11110885 A-C HET
SBS Chr1 13542817 G-A HET
SBS Chr1 16758766 A-G HET
SBS Chr1 17401648 G-T HET
SBS Chr1 33284036 T-A HET
SBS Chr1 35317112 A-T HET OsKitaake01g372500
SBS Chr1 40077050 T-C HET
SBS Chr2 44294 T-C HET
SBS Chr2 8085097 G-A HET
SBS Chr2 12385064 C-A HET
SBS Chr2 13930619 A-G HET
SBS Chr2 16167469 C-A HET
SBS Chr2 16956909 C-T HET
SBS Chr2 17076892 A-T HET
SBS Chr2 31928448 G-A HET
SBS Chr2 33670732 C-T HET OsKitaake02g348250
SBS Chr2 35480629 C-A HET
SBS Chr2 35990355 G-C HOMO
SBS Chr3 5878251 A-T HOMO
SBS Chr3 5887911 G-A HOMO
SBS Chr3 10436498 T-A HOMO
SBS Chr3 28488028 A-T HET
SBS Chr3 28623066 A-G HET
SBS Chr3 33175781 T-G HET
SBS Chr4 728196 G-A HET
SBS Chr4 10974860 C-A HET
SBS Chr4 14307325 G-A HET
SBS Chr4 17519407 C-T HET
SBS Chr4 17870088 T-C HET
SBS Chr4 20193183 G-T HET
SBS Chr4 34305911 G-T HET
SBS Chr5 7006618 T-A HOMO
SBS Chr5 14587788 G-C HET
SBS Chr5 22790119 A-G HET
SBS Chr5 28596486 G-A HET
SBS Chr6 7975932 C-G HET
SBS Chr6 7981531 C-T HET
SBS Chr6 14261138 C-T HOMO
SBS Chr6 14932117 G-T HOMO
SBS Chr6 16999377 C-T HET
SBS Chr6 18885903 G-A HET
SBS Chr6 19274833 T-G HOMO
SBS Chr6 25225405 T-A HET
SBS Chr7 13900306 C-A HET
SBS Chr7 22327169 G-A HET
SBS Chr7 24654902 C-G HET
SBS Chr8 6011321 G-T HET
SBS Chr8 13835727 T-C HOMO
SBS Chr8 16576984 C-T HET
SBS Chr9 2499782 T-A HET
SBS Chr9 8212311 C-T HET
SBS Chr9 8339334 C-T HET
SBS Chr10 3326224 G-C HET
SBS Chr10 5153786 C-T HET
SBS Chr10 12419673 A-T HOMO
SBS Chr11 3508150 G-T HET
SBS Chr11 3532285 C-T HET
SBS Chr11 3532286 G-T HET
SBS Chr11 6929397 G-A HET
SBS Chr11 10606342 G-A HET
SBS Chr11 12330703 C-T HET
SBS Chr11 12448523 G-C HET
SBS Chr11 13497799 C-T HET
SBS Chr11 24197800 A-G HET
SBS Chr12 4244691 C-G HET
SBS Chr12 4621305 A-G HET
SBS Chr12 9105164 A-G HET
SBS Chr12 17437891 G-A HOMO

Deletions: 43

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr5 79014 79015 2
Deletion Chr12 404845 404847 3
Deletion Chr10 668935 668935 1
Deletion Chr6 1436745 1436745 1
Deletion Chr12 1725347 1725352 6
Deletion Chr12 2010057 2010059 3 OsKitaake12g031500
Deletion Chr5 3388269 3388269 1
Deletion Chr5 3499721 3499732 12
Deletion Chr6 3818123 3818123 1
Deletion Chr7 4163197 4163202 6
Deletion Chr7 5207950 5207950 1
Deletion Chr12 5394542 5394542 1
Deletion Chr5 7040019 7040022 4
Deletion Chr2 8048878 8048878 1
Deletion Chr10 8195493 8195505 13 OsKitaake10g052000
Deletion Chr6 8202600 8202600 1
Deletion Chr2 10354410 10354415 6
Deletion Chr11 10453206 10453208 3
Deletion Chr6 10641007 10641010 4
Deletion Chr2 10885359 10885359 1
Deletion Chr2 10945549 10945552 4
Deletion Chr1 12872007 12872018 12
Deletion Chr6 12978001 12998000 20000 OsKitaake06g137900
Deletion Chr6 12999001 13019000 20000 4
Deletion Chr4 13171382 13171382 1
Deletion Chr5 13637437 13637442 6
Deletion Chr2 17074727 17074733 7
Deletion Chr2 17076874 17076879 6
Deletion Chr8 18880881 18880881 1
Deletion Chr10 20090959 20090967 9
Deletion Chr4 20192559 20192565 7
Deletion Chr2 20288385 20288387 3
Deletion Chr7 20531135 20531147 13
Deletion Chr1 23419791 23419791 1
Deletion Chr2 25463152 25463152 1
Deletion Chr1 26941768 26941768 1
Deletion Chr1 27398511 27398517 7
Deletion Chr2 28511063 28511064 2
Deletion Chr4 28858688 28858688 1
Deletion Chr4 29718754 29718755 2
Deletion Chr1 30643835 30643872 38
Deletion Chr3 36116663 36116678 16
Deletion Chr1 41729222 41729229 8

Insertions: 13

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 18315273 18315276 2
Insertion Chr3 18817361 18817363 1
Insertion Chr4 9680694 9680697 2
Insertion Chr5 23527231 23527234 2
Insertion Chr6 26863721 26863723 1
Insertion Chr7 12618021 12618023 1
Insertion Chr8 6363122 6363126 3
Insertion Chr2 21530175 21530178 2
Insertion Chr3 14096421 14096423 1
Insertion Chr4 29695595 29695598 2 OsKitaake04g228150
Insertion Chr7 766375 766377 1
Insertion Chr11 9651758 9651760 1
Insertion Chr11 13282798 13282801 2

Inversions: 8

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr1 7701572 8590053 OsKitaake01g096500
Inversion Chr1 7701580 8590060 OsKitaake01g096500
Inversion Chr6 13624333 13841232 OsKitaake06g144300
Inversion Chr6 13624378 13841233 OsKitaake06g144300
Inversion Chr4 14306064 14323312
Inversion Chr4 14306074 14323316
Inversion Chr2 19031726 19117203 OsKitaake02g186200
Inversion Chr2 19031747 19117220 OsKitaake02g186200

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10849390	C-T	HET
SBS	Chr1	11110885	A-C	HET
SBS	Chr1	13542817	G-A	HET
SBS	Chr1	16758766	A-G	HET
SBS	Chr1	17401648	G-T	HET
SBS	Chr1	33284036	T-A	HET
SBS	Chr1	35317112	A-T	HET		OsKitaake01g372500
SBS	Chr1	40077050	T-C	HET
SBS	Chr2	44294	T-C	HET
SBS	Chr2	8085097	G-A	HET
SBS	Chr2	12385064	C-A	HET
SBS	Chr2	13930619	A-G	HET
SBS	Chr2	16167469	C-A	HET
SBS	Chr2	16956909	C-T	HET
SBS	Chr2	17076892	A-T	HET
SBS	Chr2	31928448	G-A	HET
SBS	Chr2	33670732	C-T	HET		OsKitaake02g348250
SBS	Chr2	35480629	C-A	HET
SBS	Chr2	35990355	G-C	HOMO
SBS	Chr3	5878251	A-T	HOMO
SBS	Chr3	5887911	G-A	HOMO
SBS	Chr3	10436498	T-A	HOMO
SBS	Chr3	28488028	A-T	HET
SBS	Chr3	28623066	A-G	HET
SBS	Chr3	33175781	T-G	HET
SBS	Chr4	728196	G-A	HET
SBS	Chr4	10974860	C-A	HET
SBS	Chr4	14307325	G-A	HET
SBS	Chr4	17519407	C-T	HET
SBS	Chr4	17870088	T-C	HET
SBS	Chr4	20193183	G-T	HET
SBS	Chr4	34305911	G-T	HET
SBS	Chr5	7006618	T-A	HOMO
SBS	Chr5	14587788	G-C	HET
SBS	Chr5	22790119	A-G	HET
SBS	Chr5	28596486	G-A	HET
SBS	Chr6	7975932	C-G	HET
SBS	Chr6	7981531	C-T	HET
SBS	Chr6	14261138	C-T	HOMO
SBS	Chr6	14932117	G-T	HOMO
SBS	Chr6	16999377	C-T	HET
SBS	Chr6	18885903	G-A	HET
SBS	Chr6	19274833	T-G	HOMO
SBS	Chr6	25225405	T-A	HET
SBS	Chr7	13900306	C-A	HET
SBS	Chr7	22327169	G-A	HET
SBS	Chr7	24654902	C-G	HET
SBS	Chr8	6011321	G-T	HET
SBS	Chr8	13835727	T-C	HOMO
SBS	Chr8	16576984	C-T	HET
SBS	Chr9	2499782	T-A	HET
SBS	Chr9	8212311	C-T	HET
SBS	Chr9	8339334	C-T	HET
SBS	Chr10	3326224	G-C	HET
SBS	Chr10	5153786	C-T	HET
SBS	Chr10	12419673	A-T	HOMO
SBS	Chr11	3508150	G-T	HET
SBS	Chr11	3532285	C-T	HET
SBS	Chr11	3532286	G-T	HET
SBS	Chr11	6929397	G-A	HET
SBS	Chr11	10606342	G-A	HET
SBS	Chr11	12330703	C-T	HET
SBS	Chr11	12448523	G-C	HET
SBS	Chr11	13497799	C-T	HET
SBS	Chr11	24197800	A-G	HET
SBS	Chr12	4244691	C-G	HET
SBS	Chr12	4621305	A-G	HET
SBS	Chr12	9105164	A-G	HET
SBS	Chr12	17437891	G-A	HOMO

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	79014	79015	2
Deletion	Chr12	404845	404847	3
Deletion	Chr10	668935	668935	1
Deletion	Chr6	1436745	1436745	1
Deletion	Chr12	1725347	1725352	6
Deletion	Chr12	2010057	2010059	3	OsKitaake12g031500
Deletion	Chr5	3388269	3388269	1
Deletion	Chr5	3499721	3499732	12
Deletion	Chr6	3818123	3818123	1
Deletion	Chr7	4163197	4163202	6
Deletion	Chr7	5207950	5207950	1
Deletion	Chr12	5394542	5394542	1
Deletion	Chr5	7040019	7040022	4
Deletion	Chr2	8048878	8048878	1
Deletion	Chr10	8195493	8195505	13	OsKitaake10g052000
Deletion	Chr6	8202600	8202600	1
Deletion	Chr2	10354410	10354415	6
Deletion	Chr11	10453206	10453208	3
Deletion	Chr6	10641007	10641010	4
Deletion	Chr2	10885359	10885359	1
Deletion	Chr2	10945549	10945552	4
Deletion	Chr1	12872007	12872018	12
Deletion	Chr6	12978001	12998000	20000	OsKitaake06g137900
Deletion	Chr6	12999001	13019000	20000	4
Deletion	Chr4	13171382	13171382	1
Deletion	Chr5	13637437	13637442	6
Deletion	Chr2	17074727	17074733	7
Deletion	Chr2	17076874	17076879	6
Deletion	Chr8	18880881	18880881	1
Deletion	Chr10	20090959	20090967	9
Deletion	Chr4	20192559	20192565	7
Deletion	Chr2	20288385	20288387	3
Deletion	Chr7	20531135	20531147	13
Deletion	Chr1	23419791	23419791	1
Deletion	Chr2	25463152	25463152	1
Deletion	Chr1	26941768	26941768	1
Deletion	Chr1	27398511	27398517	7
Deletion	Chr2	28511063	28511064	2
Deletion	Chr4	28858688	28858688	1
Deletion	Chr4	29718754	29718755	2
Deletion	Chr1	30643835	30643872	38
Deletion	Chr3	36116663	36116678	16
Deletion	Chr1	41729222	41729229	8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	7701572	8590053	OsKitaake01g096500
Inversion	Chr1	7701580	8590060	OsKitaake01g096500
Inversion	Chr6	13624333	13841232	OsKitaake06g144300
Inversion	Chr6	13624378	13841233	OsKitaake06g144300
Inversion	Chr4	14306064	14323312
Inversion	Chr4	14306074	14323316
Inversion	Chr2	19031726	19117203	OsKitaake02g186200
Inversion	Chr2	19031747	19117220	OsKitaake02g186200

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes