Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4394-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4394-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 2595679 T-A HET
SBS Chr1 6691310 A-G HET
SBS Chr1 9047436 A-G HET
SBS Chr1 11789229 C-A HET
SBS Chr1 17591370 A-C HOMO OsKitaake01g179700
SBS Chr1 25829080 C-T HET
SBS Chr2 14925609 G-A HET
SBS Chr2 19915450 C-T HET
SBS Chr2 24816253 G-A HET
SBS Chr2 25160151 C-T HET
SBS Chr3 1034513 G-C HOMO
SBS Chr3 1959490 G-C HOMO
SBS Chr3 20950625 T-C HOMO
SBS Chr3 27005709 T-C HET
SBS Chr3 27034952 C-T HET
SBS Chr3 30995144 T-C HET
SBS Chr3 33605104 C-T HET
SBS Chr4 1064710 G-T HET
SBS Chr4 1395846 G-T HET
SBS Chr4 3634442 C-T HET
SBS Chr4 14750894 C-G HOMO
SBS Chr4 18753308 G-A HET OsKitaake04g094000
SBS Chr4 31241285 T-C HET
SBS Chr4 36720574 A-G HOMO
SBS Chr5 805782 G-C HET
SBS Chr5 6555989 C-T HET
SBS Chr5 8361646 G-A HET
SBS Chr5 9752632 G-A HOMO
SBS Chr5 13722545 T-A HET
SBS Chr5 24626359 G-T HET
SBS Chr5 24978514 G-A HOMO
SBS Chr6 13191487 G-C HET
SBS Chr7 8366689 T-C HOMO
SBS Chr7 9244593 T-G HOMO
SBS Chr7 13692447 T-C HET
SBS Chr7 23343243 C-T HET
SBS Chr8 7051011 G-T HET
SBS Chr8 10687251 G-T HET
SBS Chr8 11542236 G-T HET
SBS Chr8 23721379 C-T HOMO
SBS Chr10 1943123 A-G HET
SBS Chr10 21069290 C-A HET
SBS Chr11 4527479 C-T HET
SBS Chr11 9673778 C-T HET
SBS Chr11 22344247 G-A HET
SBS Chr11 25166850 C-T HET
SBS Chr11 26811873 T-C HOMO
SBS Chr11 28347589 C-T HET
SBS Chr12 21245050 A-G HOMO
SBS Chr12 21245051 G-A HOMO
SBS Chr12 26279111 G-T HET OsKitaake12g218300

Deletions: 26

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr8 865686 865687 2
Deletion Chr6 1253867 1253884 18 OsKitaake06g014800
Deletion Chr11 1472295 1472295 1
Deletion Chr2 1521497 1521497 1
Deletion Chr3 5409960 5409961 2
Deletion Chr9 6266943 6266944 2
Deletion Chr3 7124540 7124544 5 OsKitaake03g099300
Deletion Chr1 9158800 9158801 2
Deletion Chr7 9293354 9293356 3
Deletion Chr8 14704021 14704070 50
Deletion Chr2 15811796 15811796 1
Deletion Chr6 16641368 16641368 1
Deletion Chr9 17943036 17943036 1
Deletion Chr3 19010389 19010397 9 OsKitaake03g227800
Deletion Chr3 19176756 19176756 1
Deletion Chr2 19202901 19202901 1
Deletion Chr6 19693887 19693912 26
Deletion Chr2 21197580 21197581 2
Deletion Chr8 21224022 21224022 1
Deletion Chr11 21254081 21254081 1
Deletion Chr4 22459570 22459570 1 OsKitaake04g132100
Deletion Chr6 27432067 27432091 25
Deletion Chr1 28386744 28386756 13 OsKitaake01g274800
Deletion Chr3 30054550 30054554 5
Deletion Chr2 30405509 30405509 1
Deletion Chr4 31744818 31744818 1

Insertions: 11

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 15814451 15814453 1
Insertion Chr4 33096933 33096935 1
Insertion Chr5 17062229 17062231 1
Insertion Chr7 17623716 17623719 2
Insertion Chr8 608198 608200 1
Insertion Chr10 13528086 13528090 3
Insertion Chr10 17820124 17820126 1
Insertion Chr11 27494177 27494179 1
Insertion Chr12 4943415 4943417 1
Insertion Chr12 10318143 10318175 31
Insertion Chr1 10975182 10975185 2

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr6 4826297 4826463
Inversion Chr4 5100660 5100785
Inversion Chr7 10850718 10850811
Inversion Chr6 11622241 11622402
Inversion Chr11 27188102 27188311
Inversion Chr4 35819806 35819990 OsKitaake04g306700

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr5 4475558 Chr2 12523785
Translocation Chr5 4475563 Chr2 12525724
Translocation Chr4 33731975 Chr1 34646101

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2595679	T-A	HET
SBS	Chr1	6691310	A-G	HET
SBS	Chr1	9047436	A-G	HET
SBS	Chr1	11789229	C-A	HET
SBS	Chr1	17591370	A-C	HOMO		OsKitaake01g179700
SBS	Chr1	25829080	C-T	HET
SBS	Chr2	14925609	G-A	HET
SBS	Chr2	19915450	C-T	HET
SBS	Chr2	24816253	G-A	HET
SBS	Chr2	25160151	C-T	HET
SBS	Chr3	1034513	G-C	HOMO
SBS	Chr3	1959490	G-C	HOMO
SBS	Chr3	20950625	T-C	HOMO
SBS	Chr3	27005709	T-C	HET
SBS	Chr3	27034952	C-T	HET
SBS	Chr3	30995144	T-C	HET
SBS	Chr3	33605104	C-T	HET
SBS	Chr4	1064710	G-T	HET
SBS	Chr4	1395846	G-T	HET
SBS	Chr4	3634442	C-T	HET
SBS	Chr4	14750894	C-G	HOMO
SBS	Chr4	18753308	G-A	HET		OsKitaake04g094000
SBS	Chr4	31241285	T-C	HET
SBS	Chr4	36720574	A-G	HOMO
SBS	Chr5	805782	G-C	HET
SBS	Chr5	6555989	C-T	HET
SBS	Chr5	8361646	G-A	HET
SBS	Chr5	9752632	G-A	HOMO
SBS	Chr5	13722545	T-A	HET
SBS	Chr5	24626359	G-T	HET
SBS	Chr5	24978514	G-A	HOMO
SBS	Chr6	13191487	G-C	HET
SBS	Chr7	8366689	T-C	HOMO
SBS	Chr7	9244593	T-G	HOMO
SBS	Chr7	13692447	T-C	HET
SBS	Chr7	23343243	C-T	HET
SBS	Chr8	7051011	G-T	HET
SBS	Chr8	10687251	G-T	HET
SBS	Chr8	11542236	G-T	HET
SBS	Chr8	23721379	C-T	HOMO
SBS	Chr10	1943123	A-G	HET
SBS	Chr10	21069290	C-A	HET
SBS	Chr11	4527479	C-T	HET
SBS	Chr11	9673778	C-T	HET
SBS	Chr11	22344247	G-A	HET
SBS	Chr11	25166850	C-T	HET
SBS	Chr11	26811873	T-C	HOMO
SBS	Chr11	28347589	C-T	HET
SBS	Chr12	21245050	A-G	HOMO
SBS	Chr12	21245051	G-A	HOMO
SBS	Chr12	26279111	G-T	HET		OsKitaake12g218300

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	865686	865687	2
Deletion	Chr6	1253867	1253884	18	OsKitaake06g014800
Deletion	Chr11	1472295	1472295	1
Deletion	Chr2	1521497	1521497	1
Deletion	Chr3	5409960	5409961	2
Deletion	Chr9	6266943	6266944	2
Deletion	Chr3	7124540	7124544	5	OsKitaake03g099300
Deletion	Chr1	9158800	9158801	2
Deletion	Chr7	9293354	9293356	3
Deletion	Chr8	14704021	14704070	50
Deletion	Chr2	15811796	15811796	1
Deletion	Chr6	16641368	16641368	1
Deletion	Chr9	17943036	17943036	1
Deletion	Chr3	19010389	19010397	9	OsKitaake03g227800
Deletion	Chr3	19176756	19176756	1
Deletion	Chr2	19202901	19202901	1
Deletion	Chr6	19693887	19693912	26
Deletion	Chr2	21197580	21197581	2
Deletion	Chr8	21224022	21224022	1
Deletion	Chr11	21254081	21254081	1
Deletion	Chr4	22459570	22459570	1	OsKitaake04g132100
Deletion	Chr6	27432067	27432091	25
Deletion	Chr1	28386744	28386756	13	OsKitaake01g274800
Deletion	Chr3	30054550	30054554	5
Deletion	Chr2	30405509	30405509	1
Deletion	Chr4	31744818	31744818	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	4826297	4826463
Inversion	Chr4	5100660	5100785
Inversion	Chr7	10850718	10850811
Inversion	Chr6	11622241	11622402
Inversion	Chr11	27188102	27188311
Inversion	Chr4	35819806	35819990	OsKitaake04g306700

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes