Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4399-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4399-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 1643113 T-A HET
SBS Chr1 23220196 T-A HOMO
SBS Chr1 23220197 G-A HOMO
SBS Chr2 3996600 A-T HET
SBS Chr2 13932514 G-A HET
SBS Chr2 14198045 G-T HET
SBS Chr2 27641092 C-T HOMO
SBS Chr2 33096474 C-A HOMO
SBS Chr2 35096934 T-C HOMO
SBS Chr3 5048283 C-A HET
SBS Chr3 6089540 G-A HET
SBS Chr3 19668845 C-T HOMO
SBS Chr3 33238577 C-A HET
SBS Chr3 36434229 G-A HET
SBS Chr4 24623203 T-A HET
SBS Chr4 27345187 C-T HET
SBS Chr4 33651093 C-T HET
SBS Chr4 36506471 G-A HET
SBS Chr4 36704794 T-C HET
SBS Chr5 10325322 G-C HET
SBS Chr6 4856127 A-C HET
SBS Chr6 29637243 T-A HOMO
SBS Chr7 2616389 T-A HET
SBS Chr7 29080529 A-C HET
SBS Chr7 29098522 A-T HET
SBS Chr8 10531516 G-A HOMO
SBS Chr8 17212980 G-A HET
SBS Chr8 24272864 G-A HET OsKitaake08g187700
SBS Chr9 12559101 A-T HET
SBS Chr10 8064510 T-A HET
SBS Chr11 11297971 T-A HET
SBS Chr11 16635709 G-A HET
SBS Chr11 18519516 C-A HET
SBS Chr12 7024474 G-A HET
SBS Chr12 10673533 A-G HET
SBS Chr12 14780505 T-A HET
SBS Chr12 17628559 G-A HET
SBS Chr12 17952304 A-G HET
SBS Chr12 20166992 G-A HET

Deletions: 27

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr5 459940 459940 1
Deletion Chr9 7882001 7930000 48000 2
Deletion Chr10 8668627 8668791 165
Deletion Chr9 8950001 9026000 76000 8
Deletion Chr9 9234001 9936000 702000 44
Deletion Chr9 10019432 10019432 1
Deletion Chr5 12811465 12811465 1
Deletion Chr6 12857378 12857378 1
Deletion Chr10 13664989 13664989 1 2
Deletion Chr11 14006645 14006645 1
Deletion Chr6 15643001 15733000 90000 4
Deletion Chr12 16872525 16872525 1
Deletion Chr7 17228863 17228863 1
Deletion Chr10 17792621 17792630 10 OsKitaake10g123200
Deletion Chr10 18716236 18716236 1
Deletion Chr9 18772157 18772170 14
Deletion Chr7 22113118 22113118 1
Deletion Chr3 22553753 22553753 1
Deletion Chr6 24702948 24702948 1
Deletion Chr5 25772973 25772980 8 OsKitaake05g226500
Deletion Chr11 26442001 26570000 128000 7
Deletion Chr7 27832774 27832777 4
Deletion Chr1 28563175 28563185 11
Deletion Chr3 29152554 29152554 1
Deletion Chr5 29778929 29778929 1
Deletion Chr1 31274724 31274725 2
Deletion Chr3 37525707 37525708 2

Insertions: 13

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 10694831 10694833 1
Insertion Chr2 13071038 13071040 1
Insertion Chr3 30004500 30004502 1
Insertion Chr4 17944410 17944412 1
Insertion Chr6 28899277 28899279 1
Insertion Chr7 11994714 11994716 1
Insertion Chr9 7001850 7001852 1
Insertion Chr9 12488849 12488851 1
Insertion Chr10 14658813 14658815 1
Insertion Chr1 32301819 32301822 2
Insertion Chr2 10917980 10917982 1
Insertion Chr5 5089313 5089315 1
Insertion Chr12 2901528 2901533 4

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr2 1722329 1722521
Inversion Chr7 25997161 26164066
Inversion Chr7 25997164 26164073
Inversion Chr5 26698082 26698156 OsKitaake05g238200
Inversion Chr2 33510230 33886008 2
Inversion Chr2 33510275 33886009 2

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1643113	T-A	HET
SBS	Chr1	23220196	T-A	HOMO
SBS	Chr1	23220197	G-A	HOMO
SBS	Chr2	3996600	A-T	HET
SBS	Chr2	13932514	G-A	HET
SBS	Chr2	14198045	G-T	HET
SBS	Chr2	27641092	C-T	HOMO
SBS	Chr2	33096474	C-A	HOMO
SBS	Chr2	35096934	T-C	HOMO
SBS	Chr3	5048283	C-A	HET
SBS	Chr3	6089540	G-A	HET
SBS	Chr3	19668845	C-T	HOMO
SBS	Chr3	33238577	C-A	HET
SBS	Chr3	36434229	G-A	HET
SBS	Chr4	24623203	T-A	HET
SBS	Chr4	27345187	C-T	HET
SBS	Chr4	33651093	C-T	HET
SBS	Chr4	36506471	G-A	HET
SBS	Chr4	36704794	T-C	HET
SBS	Chr5	10325322	G-C	HET
SBS	Chr6	4856127	A-C	HET
SBS	Chr6	29637243	T-A	HOMO
SBS	Chr7	2616389	T-A	HET
SBS	Chr7	29080529	A-C	HET
SBS	Chr7	29098522	A-T	HET
SBS	Chr8	10531516	G-A	HOMO
SBS	Chr8	17212980	G-A	HET
SBS	Chr8	24272864	G-A	HET		OsKitaake08g187700
SBS	Chr9	12559101	A-T	HET
SBS	Chr10	8064510	T-A	HET
SBS	Chr11	11297971	T-A	HET
SBS	Chr11	16635709	G-A	HET
SBS	Chr11	18519516	C-A	HET
SBS	Chr12	7024474	G-A	HET
SBS	Chr12	10673533	A-G	HET
SBS	Chr12	14780505	T-A	HET
SBS	Chr12	17628559	G-A	HET
SBS	Chr12	17952304	A-G	HET
SBS	Chr12	20166992	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	459940	459940	1
Deletion	Chr9	7882001	7930000	48000	2
Deletion	Chr10	8668627	8668791	165
Deletion	Chr9	8950001	9026000	76000	8
Deletion	Chr9	9234001	9936000	702000	44
Deletion	Chr9	10019432	10019432	1
Deletion	Chr5	12811465	12811465	1
Deletion	Chr6	12857378	12857378	1
Deletion	Chr10	13664989	13664989	1	2
Deletion	Chr11	14006645	14006645	1
Deletion	Chr6	15643001	15733000	90000	4
Deletion	Chr12	16872525	16872525	1
Deletion	Chr7	17228863	17228863	1
Deletion	Chr10	17792621	17792630	10	OsKitaake10g123200
Deletion	Chr10	18716236	18716236	1
Deletion	Chr9	18772157	18772170	14
Deletion	Chr7	22113118	22113118	1
Deletion	Chr3	22553753	22553753	1
Deletion	Chr6	24702948	24702948	1
Deletion	Chr5	25772973	25772980	8	OsKitaake05g226500
Deletion	Chr11	26442001	26570000	128000	7
Deletion	Chr7	27832774	27832777	4
Deletion	Chr1	28563175	28563185	11
Deletion	Chr3	29152554	29152554	1
Deletion	Chr5	29778929	29778929	1
Deletion	Chr1	31274724	31274725	2
Deletion	Chr3	37525707	37525708	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	1722329	1722521
Inversion	Chr7	25997161	26164066
Inversion	Chr7	25997164	26164073
Inversion	Chr5	26698082	26698156	OsKitaake05g238200
Inversion	Chr2	33510230	33886008	2
Inversion	Chr2	33510275	33886009	2

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes