Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4401-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4401-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 1241421 A-G HET
SBS Chr1 26816134 G-A HET OsKitaake01g260800
SBS Chr1 27302369 C-T HET
SBS Chr2 27182305 G-T HET
SBS Chr2 35788732 A-T HET
SBS Chr3 1622450 G-A HET
SBS Chr3 5759643 A-C HET
SBS Chr4 2904598 G-A HOMO
SBS Chr4 9648270 C-T HET
SBS Chr4 10990118 C-T HET
SBS Chr4 23185367 G-A HOMO
SBS Chr4 34728712 A-G HET
SBS Chr5 16913070 C-T HET
SBS Chr5 28755903 T-A HET
SBS Chr6 17564083 C-T HOMO
SBS Chr6 20794069 C-A HOMO
SBS Chr6 28918086 T-C HOMO
SBS Chr7 3262225 A-T HET
SBS Chr7 8499473 C-A HOMO
SBS Chr7 17345965 T-C HOMO
SBS Chr8 1594972 T-A HOMO
SBS Chr8 16848710 G-T HET
SBS Chr9 9934450 C-A HET
SBS Chr10 8602322 A-T HET
SBS Chr10 11676350 A-C HET
SBS Chr10 12941568 G-A HOMO
SBS Chr11 16252561 T-C HET
SBS Chr11 21530504 C-G HET
SBS Chr11 27621387 T-A HET
SBS Chr12 1681806 C-T HET
SBS Chr12 5306430 G-A HET
SBS Chr12 9073139 C-T HET
SBS Chr12 11510914 C-T HET
SBS Chr12 19043488 G-A HET
SBS Chr12 23609058 C-T HET

Deletions: 21

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr9 6150147 6150147 1
Deletion Chr11 12467299 12467350 52
Deletion Chr9 13377910 13377910 1
Deletion Chr12 13881602 13881619 18
Deletion Chr2 13931004 13931005 2
Deletion Chr3 14304002 14304002 1
Deletion Chr9 15121259 15121260 2
Deletion Chr11 15390236 15390236 1
Deletion Chr1 15720384 15720384 1
Deletion Chr11 17607253 17607253 1
Deletion Chr4 20644597 20644597 1
Deletion Chr6 20794894 20794899 6
Deletion Chr2 22590549 22590567 19
Deletion Chr2 22993574 22993575 2
Deletion Chr3 23497227 23497229 3
Deletion Chr1 25904897 25904897 1
Deletion Chr1 26619831 26619831 1
Deletion Chr6 27025899 27025907 9
Deletion Chr3 27239068 27239068 1
Deletion Chr5 28189303 28189303 1
Deletion Chr3 31992019 31992030 12

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 2772071 2772074 2
Insertion Chr1 27376626 27376628 1
Insertion Chr6 6947346 6947348 1
Insertion Chr7 16475975 16475977 1
Insertion Chr8 869886 869888 1
Insertion Chr8 9161423 9161425 1
Insertion Chr7 26480022 26480025 2

Inversions: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr11 1159544 1159779
Inversion Chr2 1759425 1759622 OsKitaake02g027600
Inversion Chr4 22702720 22702924 OsKitaake04g135000
Inversion Chr1 39854150 39854237

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1241421	A-G	HET
SBS	Chr1	26816134	G-A	HET		OsKitaake01g260800
SBS	Chr1	27302369	C-T	HET
SBS	Chr2	27182305	G-T	HET
SBS	Chr2	35788732	A-T	HET
SBS	Chr3	1622450	G-A	HET
SBS	Chr3	5759643	A-C	HET
SBS	Chr4	2904598	G-A	HOMO
SBS	Chr4	9648270	C-T	HET
SBS	Chr4	10990118	C-T	HET
SBS	Chr4	23185367	G-A	HOMO
SBS	Chr4	34728712	A-G	HET
SBS	Chr5	16913070	C-T	HET
SBS	Chr5	28755903	T-A	HET
SBS	Chr6	17564083	C-T	HOMO
SBS	Chr6	20794069	C-A	HOMO
SBS	Chr6	28918086	T-C	HOMO
SBS	Chr7	3262225	A-T	HET
SBS	Chr7	8499473	C-A	HOMO
SBS	Chr7	17345965	T-C	HOMO
SBS	Chr8	1594972	T-A	HOMO
SBS	Chr8	16848710	G-T	HET
SBS	Chr9	9934450	C-A	HET
SBS	Chr10	8602322	A-T	HET
SBS	Chr10	11676350	A-C	HET
SBS	Chr10	12941568	G-A	HOMO
SBS	Chr11	16252561	T-C	HET
SBS	Chr11	21530504	C-G	HET
SBS	Chr11	27621387	T-A	HET
SBS	Chr12	1681806	C-T	HET
SBS	Chr12	5306430	G-A	HET
SBS	Chr12	9073139	C-T	HET
SBS	Chr12	11510914	C-T	HET
SBS	Chr12	19043488	G-A	HET
SBS	Chr12	23609058	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	6150147	6150147	1
Deletion	Chr11	12467299	12467350	52
Deletion	Chr9	13377910	13377910	1
Deletion	Chr12	13881602	13881619	18
Deletion	Chr2	13931004	13931005	2
Deletion	Chr3	14304002	14304002	1
Deletion	Chr9	15121259	15121260	2
Deletion	Chr11	15390236	15390236	1
Deletion	Chr1	15720384	15720384	1
Deletion	Chr11	17607253	17607253	1
Deletion	Chr4	20644597	20644597	1
Deletion	Chr6	20794894	20794899	6
Deletion	Chr2	22590549	22590567	19
Deletion	Chr2	22993574	22993575	2
Deletion	Chr3	23497227	23497229	3
Deletion	Chr1	25904897	25904897	1
Deletion	Chr1	26619831	26619831	1
Deletion	Chr6	27025899	27025907	9
Deletion	Chr3	27239068	27239068	1
Deletion	Chr5	28189303	28189303	1
Deletion	Chr3	31992019	31992030	12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	1159544	1159779
Inversion	Chr2	1759425	1759622	OsKitaake02g027600
Inversion	Chr4	22702720	22702924	OsKitaake04g135000
Inversion	Chr1	39854150	39854237

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes