Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4402-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4402-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 11004700 A-T HET
SBS Chr1 20120161 C-T HET
SBS Chr1 22248356 C-T HET
SBS Chr1 27876019 A-T HET
SBS Chr1 28328310 C-G HET
SBS Chr1 43524012 G-A HET
SBS Chr2 1261343 G-A HET
SBS Chr2 15864282 C-T HET
SBS Chr2 17062734 C-T HET
SBS Chr2 17789802 C-T HET
SBS Chr3 14450479 G-A HOMO
SBS Chr3 20231385 T-C HOMO
SBS Chr3 29108925 C-A HOMO
SBS Chr3 31379579 C-A HET
SBS Chr3 33592475 G-A HET
SBS Chr4 1259098 C-T HET OsKitaake04g009700
SBS Chr4 2401963 T-C HET
SBS Chr4 8104087 T-C HET
SBS Chr4 9270238 C-T HOMO
SBS Chr4 16204957 C-G HET OsKitaake04g079400
SBS Chr4 16204959 C-G HET
SBS Chr4 21003567 T-A HET
SBS Chr4 34736290 C-T HET
SBS Chr5 29109620 G-A HET
SBS Chr6 15670395 A-T HOMO
SBS Chr6 16287184 G-A HET
SBS Chr6 17417860 G-A HOMO
SBS Chr6 19710894 C-T HOMO
SBS Chr6 24259113 C-T HET
SBS Chr7 4397808 G-A HET
SBS Chr7 7411550 G-A HET
SBS Chr7 11431302 T-C HET OsKitaake07g106500
SBS Chr7 16916497 C-G HET
SBS Chr7 22292536 A-T HET
SBS Chr7 28112525 G-A HET
SBS Chr8 9091979 C-A HOMO
SBS Chr8 11196050 A-G HOMO
SBS Chr8 24810168 G-T HET
SBS Chr10 949693 G-A HET
SBS Chr10 2355404 A-T HET
SBS Chr10 10863761 C-T HOMO
SBS Chr10 12678043 A-T HOMO
SBS Chr10 17683660 C-T HET
SBS Chr10 18993608 C-A HET
SBS Chr11 13238509 G-T HET
SBS Chr12 522245 A-C HOMO
SBS Chr12 7076931 C-T HET
SBS Chr12 23851750 C-A HET

Deletions: 24

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr4 5054526 5054552 27
Deletion Chr6 5529842 5529852 11
Deletion Chr6 5624959 5624959 1
Deletion Chr3 5917397 5917401 5
Deletion Chr8 6264309 6264309 1
Deletion Chr11 8645093 8645093 1
Deletion Chr5 9759143 9759161 19
Deletion Chr2 12356001 12586000 230000 18
Deletion Chr4 12777264 12777264 1
Deletion Chr9 14046857 14046867 11
Deletion Chr3 15795714 15795733 20
Deletion Chr1 15957445 15957448 4
Deletion Chr8 15986844 15986844 1
Deletion Chr10 16300398 16300400 3
Deletion Chr10 18326991 18326992 2
Deletion Chr7 20292909 20292909 1
Deletion Chr10 21410121 21410121 1
Deletion Chr1 21828484 21828490 7
Deletion Chr12 22604263 22604265 3
Deletion Chr6 22811366 22811366 1
Deletion Chr8 23670469 23670471 3
Deletion Chr2 33299069 33299069 1
Deletion Chr1 35763136 35763136 1
Deletion Chr1 38793763 38793763 1 2

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr8 18121142 18121144 1
Insertion Chr12 2588479 2588481 1
Insertion Chr1 7642341 7642343 1
Insertion Chr4 26194303 26194305 1
Insertion Chr5 10605087 10605092 4
Insertion Chr5 25622972 25622975 2
Insertion Chr6 18588479 18588481 1

Inversions: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr8 3679297 3679449
Inversion Chr12 7958641 7958865
Inversion Chr8 24858206 24858794

Translocations: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr11 14083538 Chr2 10956470
Translocation Chr11 14083539 Chr2 10956470

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11004700	A-T	HET
SBS	Chr1	20120161	C-T	HET
SBS	Chr1	22248356	C-T	HET
SBS	Chr1	27876019	A-T	HET
SBS	Chr1	28328310	C-G	HET
SBS	Chr1	43524012	G-A	HET
SBS	Chr2	1261343	G-A	HET
SBS	Chr2	15864282	C-T	HET
SBS	Chr2	17062734	C-T	HET
SBS	Chr2	17789802	C-T	HET
SBS	Chr3	14450479	G-A	HOMO
SBS	Chr3	20231385	T-C	HOMO
SBS	Chr3	29108925	C-A	HOMO
SBS	Chr3	31379579	C-A	HET
SBS	Chr3	33592475	G-A	HET
SBS	Chr4	1259098	C-T	HET		OsKitaake04g009700
SBS	Chr4	2401963	T-C	HET
SBS	Chr4	8104087	T-C	HET
SBS	Chr4	9270238	C-T	HOMO
SBS	Chr4	16204957	C-G	HET		OsKitaake04g079400
SBS	Chr4	16204959	C-G	HET
SBS	Chr4	21003567	T-A	HET
SBS	Chr4	34736290	C-T	HET
SBS	Chr5	29109620	G-A	HET
SBS	Chr6	15670395	A-T	HOMO
SBS	Chr6	16287184	G-A	HET
SBS	Chr6	17417860	G-A	HOMO
SBS	Chr6	19710894	C-T	HOMO
SBS	Chr6	24259113	C-T	HET
SBS	Chr7	4397808	G-A	HET
SBS	Chr7	7411550	G-A	HET
SBS	Chr7	11431302	T-C	HET		OsKitaake07g106500
SBS	Chr7	16916497	C-G	HET
SBS	Chr7	22292536	A-T	HET
SBS	Chr7	28112525	G-A	HET
SBS	Chr8	9091979	C-A	HOMO
SBS	Chr8	11196050	A-G	HOMO
SBS	Chr8	24810168	G-T	HET
SBS	Chr10	949693	G-A	HET
SBS	Chr10	2355404	A-T	HET
SBS	Chr10	10863761	C-T	HOMO
SBS	Chr10	12678043	A-T	HOMO
SBS	Chr10	17683660	C-T	HET
SBS	Chr10	18993608	C-A	HET
SBS	Chr11	13238509	G-T	HET
SBS	Chr12	522245	A-C	HOMO
SBS	Chr12	7076931	C-T	HET
SBS	Chr12	23851750	C-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	5054526	5054552	27
Deletion	Chr6	5529842	5529852	11
Deletion	Chr6	5624959	5624959	1
Deletion	Chr3	5917397	5917401	5
Deletion	Chr8	6264309	6264309	1
Deletion	Chr11	8645093	8645093	1
Deletion	Chr5	9759143	9759161	19
Deletion	Chr2	12356001	12586000	230000	18
Deletion	Chr4	12777264	12777264	1
Deletion	Chr9	14046857	14046867	11
Deletion	Chr3	15795714	15795733	20
Deletion	Chr1	15957445	15957448	4
Deletion	Chr8	15986844	15986844	1
Deletion	Chr10	16300398	16300400	3
Deletion	Chr10	18326991	18326992	2
Deletion	Chr7	20292909	20292909	1
Deletion	Chr10	21410121	21410121	1
Deletion	Chr1	21828484	21828490	7
Deletion	Chr12	22604263	22604265	3
Deletion	Chr6	22811366	22811366	1
Deletion	Chr8	23670469	23670471	3
Deletion	Chr2	33299069	33299069	1
Deletion	Chr1	35763136	35763136	1
Deletion	Chr1	38793763	38793763	1	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	3679297	3679449
Inversion	Chr12	7958641	7958865
Inversion	Chr8	24858206	24858794

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes