Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4411-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4411-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5326659 T-A HET
SBS Chr1 25066287 T-C HET
SBS Chr1 29335378 G-T HET
SBS Chr1 31332637 C-A HET
SBS Chr2 1822766 G-T HET
SBS Chr2 4201571 G-A HET
SBS Chr2 10739346 G-A HET
SBS Chr2 21416260 G-C HOMO
SBS Chr2 22561611 C-T HET
SBS Chr2 33020048 T-C HET
SBS Chr3 8299890 G-C HOMO
SBS Chr3 12668379 G-A HET
SBS Chr3 17623232 G-A HET
SBS Chr3 19241403 C-T HET
SBS Chr4 3111268 C-A HOMO
SBS Chr4 22966337 C-A HET
SBS Chr4 23339009 C-A HOMO
SBS Chr4 23467395 G-A HOMO
SBS Chr5 2578789 A-G HET
SBS Chr5 3515523 A-T HET
SBS Chr5 8414465 A-T HET
SBS Chr5 10537399 G-A HET
SBS Chr5 27650936 C-T HET
SBS Chr6 11006442 C-T HET
SBS Chr6 16663682 G-A HOMO
SBS Chr6 17793077 G-A HOMO
SBS Chr6 26676663 C-A HET
SBS Chr7 18554638 G-T HET
SBS Chr7 24731344 T-A HET
SBS Chr8 7071363 C-T HET
SBS Chr8 10884517 G-A HET
SBS Chr8 21177705 G-A HET
SBS Chr9 1777442 G-A HOMO
SBS Chr9 6458057 G-A HET
SBS Chr9 8282924 T-A HET
SBS Chr9 11130834 C-T HET
SBS Chr9 15013720 G-T HET OsKitaake09g103700
SBS Chr9 16444129 C-T HET
SBS Chr10 1358789 A-T HET
SBS Chr10 4984973 C-A HET
SBS Chr10 12048152 C-T HET
SBS Chr10 12063071 C-A HET
SBS Chr11 4206934 G-C HET
SBS Chr11 8711355 C-T HET
SBS Chr11 15591350 C-A HET
SBS Chr11 19092186 A-T HET
SBS Chr11 19579620 C-T HET
SBS Chr11 20344566 A-G HET
SBS Chr11 20594095 A-G HET
SBS Chr11 21046489 G-A HET OsKitaake11g166900
SBS Chr12 3704975 C-T HET
SBS Chr12 21306392 G-C HET

Deletions: 18

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr10 1106232 1106236 5
Deletion Chr8 4267738 4267738 1
Deletion Chr6 6108668 6108668 1 2
Deletion Chr12 6352973 6352978 6
Deletion Chr7 6393637 6393637 1
Deletion Chr3 10464540 10464540 1
Deletion Chr3 12398968 12398975 8
Deletion Chr2 16916976 16916976 1
Deletion Chr11 19588850 19588853 4
Deletion Chr6 21378938 21378938 1
Deletion Chr7 25081865 25081866 2
Deletion Chr1 25299999 25299999 1
Deletion Chr2 29521705 29521725 21
Deletion Chr6 30465739 30465739 1
Deletion Chr1 34324626 34324626 1
Deletion Chr4 35553871 35553883 13
Deletion Chr2 37043998 37043998 1
Deletion Chr3 37581605 37581605 1

Insertions: 3

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr9 7980870 7980873 2
Insertion Chr1 21954320 21954322 1
Insertion Chr1 28403559 28403561 1

Inversions: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr1 15505109 15505265
Inversion Chr5 21043730 21857115

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5326659	T-A	HET
SBS	Chr1	25066287	T-C	HET
SBS	Chr1	29335378	G-T	HET
SBS	Chr1	31332637	C-A	HET
SBS	Chr2	1822766	G-T	HET
SBS	Chr2	4201571	G-A	HET
SBS	Chr2	10739346	G-A	HET
SBS	Chr2	21416260	G-C	HOMO
SBS	Chr2	22561611	C-T	HET
SBS	Chr2	33020048	T-C	HET
SBS	Chr3	8299890	G-C	HOMO
SBS	Chr3	12668379	G-A	HET
SBS	Chr3	17623232	G-A	HET
SBS	Chr3	19241403	C-T	HET
SBS	Chr4	3111268	C-A	HOMO
SBS	Chr4	22966337	C-A	HET
SBS	Chr4	23339009	C-A	HOMO
SBS	Chr4	23467395	G-A	HOMO
SBS	Chr5	2578789	A-G	HET
SBS	Chr5	3515523	A-T	HET
SBS	Chr5	8414465	A-T	HET
SBS	Chr5	10537399	G-A	HET
SBS	Chr5	27650936	C-T	HET
SBS	Chr6	11006442	C-T	HET
SBS	Chr6	16663682	G-A	HOMO
SBS	Chr6	17793077	G-A	HOMO
SBS	Chr6	26676663	C-A	HET
SBS	Chr7	18554638	G-T	HET
SBS	Chr7	24731344	T-A	HET
SBS	Chr8	7071363	C-T	HET
SBS	Chr8	10884517	G-A	HET
SBS	Chr8	21177705	G-A	HET
SBS	Chr9	1777442	G-A	HOMO
SBS	Chr9	6458057	G-A	HET
SBS	Chr9	8282924	T-A	HET
SBS	Chr9	11130834	C-T	HET
SBS	Chr9	15013720	G-T	HET		OsKitaake09g103700
SBS	Chr9	16444129	C-T	HET
SBS	Chr10	1358789	A-T	HET
SBS	Chr10	4984973	C-A	HET
SBS	Chr10	12048152	C-T	HET
SBS	Chr10	12063071	C-A	HET
SBS	Chr11	4206934	G-C	HET
SBS	Chr11	8711355	C-T	HET
SBS	Chr11	15591350	C-A	HET
SBS	Chr11	19092186	A-T	HET
SBS	Chr11	19579620	C-T	HET
SBS	Chr11	20344566	A-G	HET
SBS	Chr11	20594095	A-G	HET
SBS	Chr11	21046489	G-A	HET		OsKitaake11g166900
SBS	Chr12	3704975	C-T	HET
SBS	Chr12	21306392	G-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1106232	1106236	5
Deletion	Chr8	4267738	4267738	1
Deletion	Chr6	6108668	6108668	1	2
Deletion	Chr12	6352973	6352978	6
Deletion	Chr7	6393637	6393637	1
Deletion	Chr3	10464540	10464540	1
Deletion	Chr3	12398968	12398975	8
Deletion	Chr2	16916976	16916976	1
Deletion	Chr11	19588850	19588853	4
Deletion	Chr6	21378938	21378938	1
Deletion	Chr7	25081865	25081866	2
Deletion	Chr1	25299999	25299999	1
Deletion	Chr2	29521705	29521725	21
Deletion	Chr6	30465739	30465739	1
Deletion	Chr1	34324626	34324626	1
Deletion	Chr4	35553871	35553883	13
Deletion	Chr2	37043998	37043998	1
Deletion	Chr3	37581605	37581605	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	15505109	15505265
Inversion	Chr5	21043730	21857115

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes