Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4412-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4412-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 2547246 C-T HOMO
SBS Chr1 35701506 T-A HOMO
SBS Chr1 35941646 G-A HET
SBS Chr2 532823 A-G HET
SBS Chr2 16942462 T-C HET
SBS Chr2 18870235 G-A HOMO
SBS Chr3 1217853 C-T HET
SBS Chr3 8650174 C-A HET
SBS Chr3 18959273 G-C HET
SBS Chr3 20625158 G-T HOMO
SBS Chr3 36246405 A-G HOMO
SBS Chr4 4675766 G-A HET
SBS Chr5 2904944 G-A HET
SBS Chr5 12139142 C-T HET
SBS Chr5 13286279 C-T HET
SBS Chr6 14569918 C-T HET
SBS Chr6 18260687 G-A HET
SBS Chr6 19097565 T-A HET
SBS Chr6 19731758 A-G HET
SBS Chr6 20057191 A-G HET
SBS Chr6 27450652 T-C HOMO
SBS Chr7 10731551 T-C HET
SBS Chr7 14402955 G-A HET
SBS Chr8 4629136 G-A HET
SBS Chr8 11875266 C-A HOMO
SBS Chr8 27348621 G-A HET
SBS Chr9 11742641 G-T HET
SBS Chr9 17683584 C-T HET
SBS Chr9 18663092 C-A HET
SBS Chr10 9635822 C-G HET
SBS Chr10 16409575 G-A HET
SBS Chr10 19712447 C-T HET OsKitaake10g146000
SBS Chr11 4268458 G-A HET OsKitaake11g057300
SBS Chr11 4593583 G-A HET
SBS Chr11 5512773 C-T HET
SBS Chr11 5800300 G-T HET
SBS Chr11 12505913 G-C HET
SBS Chr11 12807209 G-A HET
SBS Chr11 19977500 C-A HET
SBS Chr12 6506694 G-T HET
SBS Chr12 13973254 C-T HOMO
SBS Chr12 17983642 A-C HET

Deletions: 21

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr3 126086 126093 8
Deletion Chr8 2495179 2495190 12
Deletion Chr1 3669420 3669421 2
Deletion Chr4 3785464 3785464 1
Deletion Chr5 5392510 5392520 11
Deletion Chr2 6563198 6563198 1
Deletion Chr8 10572143 10572143 1
Deletion Chr8 13101711 13101723 13
Deletion Chr8 13508004 13508004 1
Deletion Chr3 15999666 15999666 1
Deletion Chr3 17540485 17540485 1
Deletion Chr4 19579722 19579723 2 2
Deletion Chr11 19930090 19930090 1
Deletion Chr5 21767001 21936000 169000 14
Deletion Chr1 23008189 23008192 4
Deletion Chr6 25287695 25287733 39
Deletion Chr1 34111001 34309000 198000 18
Deletion Chr1 34669001 34709000 40000 6
Deletion Chr1 34716001 34754000 38000 8
Deletion Chr1 34756001 34770000 14000 4
Deletion Chr4 35733474 35733474 1 OsKitaake04g305400

Insertions: 12

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 7330946 7330948 1
Insertion Chr3 18648195 18648197 1
Insertion Chr4 12190012 12190014 1
Insertion Chr6 1415182 1415184 1
Insertion Chr8 3648698 3648700 1
Insertion Chr8 26839123 26839125 1
Insertion Chr9 9751138 9751140 1
Insertion Chr10 4878277 4878279 1
Insertion Chr12 3739972 3739974 1
Insertion Chr2 16159226 16159228 1
Insertion Chr3 26547240 26547242 1
Insertion Chr5 20554110 20554112 1

Inversions: 8

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr2 1215584 1215728
Inversion Chr6 1805292 1960988 OsKitaake06g024700
Inversion Chr6 1960996 1973516 OsKitaake06g024700
Inversion Chr1 2462432 2462588 OsKitaake01g031200
Inversion Chr6 12798257 13081516
Inversion Chr3 12890559 12890806 OsKitaake03g173200
Inversion Chr1 34112164 34668449 OsKitaake01g364300
Inversion Chr1 34308272 34769996

Translocations: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr10 482519 Chr5 21941472
Translocation Chr6 12798260 Chr5 21936735
Translocation Chr3 23258149 Chr1 39180393
Translocation Chr3 23258337 Chr1 39180343
Translocation Chr2 32587031 Chr1 2209001
Translocation Chr2 32588829 Chr1 2208991

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2547246	C-T	HOMO
SBS	Chr1	35701506	T-A	HOMO
SBS	Chr1	35941646	G-A	HET
SBS	Chr2	532823	A-G	HET
SBS	Chr2	16942462	T-C	HET
SBS	Chr2	18870235	G-A	HOMO
SBS	Chr3	1217853	C-T	HET
SBS	Chr3	8650174	C-A	HET
SBS	Chr3	18959273	G-C	HET
SBS	Chr3	20625158	G-T	HOMO
SBS	Chr3	36246405	A-G	HOMO
SBS	Chr4	4675766	G-A	HET
SBS	Chr5	2904944	G-A	HET
SBS	Chr5	12139142	C-T	HET
SBS	Chr5	13286279	C-T	HET
SBS	Chr6	14569918	C-T	HET
SBS	Chr6	18260687	G-A	HET
SBS	Chr6	19097565	T-A	HET
SBS	Chr6	19731758	A-G	HET
SBS	Chr6	20057191	A-G	HET
SBS	Chr6	27450652	T-C	HOMO
SBS	Chr7	10731551	T-C	HET
SBS	Chr7	14402955	G-A	HET
SBS	Chr8	4629136	G-A	HET
SBS	Chr8	11875266	C-A	HOMO
SBS	Chr8	27348621	G-A	HET
SBS	Chr9	11742641	G-T	HET
SBS	Chr9	17683584	C-T	HET
SBS	Chr9	18663092	C-A	HET
SBS	Chr10	9635822	C-G	HET
SBS	Chr10	16409575	G-A	HET
SBS	Chr10	19712447	C-T	HET		OsKitaake10g146000
SBS	Chr11	4268458	G-A	HET		OsKitaake11g057300
SBS	Chr11	4593583	G-A	HET
SBS	Chr11	5512773	C-T	HET
SBS	Chr11	5800300	G-T	HET
SBS	Chr11	12505913	G-C	HET
SBS	Chr11	12807209	G-A	HET
SBS	Chr11	19977500	C-A	HET
SBS	Chr12	6506694	G-T	HET
SBS	Chr12	13973254	C-T	HOMO
SBS	Chr12	17983642	A-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	126086	126093	8
Deletion	Chr8	2495179	2495190	12
Deletion	Chr1	3669420	3669421	2
Deletion	Chr4	3785464	3785464	1
Deletion	Chr5	5392510	5392520	11
Deletion	Chr2	6563198	6563198	1
Deletion	Chr8	10572143	10572143	1
Deletion	Chr8	13101711	13101723	13
Deletion	Chr8	13508004	13508004	1
Deletion	Chr3	15999666	15999666	1
Deletion	Chr3	17540485	17540485	1
Deletion	Chr4	19579722	19579723	2	2
Deletion	Chr11	19930090	19930090	1
Deletion	Chr5	21767001	21936000	169000	14
Deletion	Chr1	23008189	23008192	4
Deletion	Chr6	25287695	25287733	39
Deletion	Chr1	34111001	34309000	198000	18
Deletion	Chr1	34669001	34709000	40000	6
Deletion	Chr1	34716001	34754000	38000	8
Deletion	Chr1	34756001	34770000	14000	4
Deletion	Chr4	35733474	35733474	1	OsKitaake04g305400

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	1215584	1215728
Inversion	Chr6	1805292	1960988	OsKitaake06g024700
Inversion	Chr6	1960996	1973516	OsKitaake06g024700
Inversion	Chr1	2462432	2462588	OsKitaake01g031200
Inversion	Chr6	12798257	13081516
Inversion	Chr3	12890559	12890806	OsKitaake03g173200
Inversion	Chr1	34112164	34668449	OsKitaake01g364300
Inversion	Chr1	34308272	34769996

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes