Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4435-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4435-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 10948822 A-G HET
SBS Chr1 15186819 T-A HOMO OsKitaake01g144500
SBS Chr1 24618201 G-A HET
SBS Chr1 25244491 A-C HET
SBS Chr1 28780077 G-A HET
SBS Chr1 31654210 C-T HET
SBS Chr1 33352036 G-T HET
SBS Chr1 35465884 G-A HET
SBS Chr1 35853967 G-A HET
SBS Chr1 41442516 G-T HET
SBS Chr2 1104498 A-C HET
SBS Chr2 1710411 T-A HET
SBS Chr2 12345858 A-C HET
SBS Chr2 14682288 C-T HET
SBS Chr2 14932835 C-T HET
SBS Chr2 24905766 G-A HOMO
SBS Chr2 28038996 C-T HET
SBS Chr4 13456878 C-T HET
SBS Chr4 27877832 C-T HET
SBS Chr5 418183 C-A HET
SBS Chr5 7234892 G-A HET
SBS Chr5 7234893 G-A HET
SBS Chr5 19742518 C-T HET
SBS Chr5 21904997 G-T HET
SBS Chr5 27270093 T-A HET
SBS Chr6 107575 G-A HET
SBS Chr6 16965949 T-A HOMO
SBS Chr6 19585418 C-T HET
SBS Chr6 21837075 G-C HOMO
SBS Chr7 3028863 G-A HET
SBS Chr7 18318154 G-A HOMO
SBS Chr7 24477093 G-A HET
SBS Chr7 28185502 G-A HET
SBS Chr8 10820042 C-T HET
SBS Chr9 7830551 T-C HOMO
SBS Chr9 8783508 C-T HOMO
SBS Chr9 14040237 C-T HOMO
SBS Chr9 21254843 G-A HOMO
SBS Chr11 9675382 C-A HOMO
SBS Chr11 14402449 G-A HOMO
SBS Chr11 17979554 T-C HOMO
SBS Chr11 24336329 G-A HOMO
SBS Chr12 3960699 A-T HET
SBS Chr12 6048172 A-T HET
SBS Chr12 10386413 A-T HET
SBS Chr12 25584511 G-A HET

Deletions: 22

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr3 1103176 1103184 9
Deletion Chr3 1371380 1371380 1 OsKitaake03g019900
Deletion Chr3 1372107 1372108 2
Deletion Chr10 2062492 2062498 7
Deletion Chr12 2798146 2798151 6
Deletion Chr10 4427101 4427101 1
Deletion Chr10 7003114 7003114 1
Deletion Chr2 7533764 7533765 2
Deletion Chr12 8206076 8206083 8
Deletion Chr10 9266647 9266647 1
Deletion Chr3 10297172 10297176 5
Deletion Chr7 11180312 11180312 1
Deletion Chr5 12122138 12122141 4
Deletion Chr1 13087880 13087881 2 2
Deletion Chr5 17384852 17384852 1
Deletion Chr3 17511781 17511781 1
Deletion Chr6 21401701 21401705 5
Deletion Chr3 21577777 21577782 6
Deletion Chr12 23597045 23597045 1
Deletion Chr5 28150872 28150877 6 OsKitaake05g260400
Deletion Chr1 30057563 30057563 1
Deletion Chr4 30917519 30917519 1

Insertions: 3

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr6 29317145 29317147 1
Insertion Chr11 10145771 10145773 1
Insertion Chr4 25490521 25490524 2

Inversions: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr10 4151492 4151569
Inversion Chr12 6970533 6970797
Inversion Chr9 21501883 21502047 2
Inversion Chr2 23533650 23533760

Translocations: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr3 35644306 Chr2 36677763
Translocation Chr3 35644307 Chr2 36656183 OsKitaake02g390600

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10948822	A-G	HET
SBS	Chr1	15186819	T-A	HOMO		OsKitaake01g144500
SBS	Chr1	24618201	G-A	HET
SBS	Chr1	25244491	A-C	HET
SBS	Chr1	28780077	G-A	HET
SBS	Chr1	31654210	C-T	HET
SBS	Chr1	33352036	G-T	HET
SBS	Chr1	35465884	G-A	HET
SBS	Chr1	35853967	G-A	HET
SBS	Chr1	41442516	G-T	HET
SBS	Chr2	1104498	A-C	HET
SBS	Chr2	1710411	T-A	HET
SBS	Chr2	12345858	A-C	HET
SBS	Chr2	14682288	C-T	HET
SBS	Chr2	14932835	C-T	HET
SBS	Chr2	24905766	G-A	HOMO
SBS	Chr2	28038996	C-T	HET
SBS	Chr4	13456878	C-T	HET
SBS	Chr4	27877832	C-T	HET
SBS	Chr5	418183	C-A	HET
SBS	Chr5	7234892	G-A	HET
SBS	Chr5	7234893	G-A	HET
SBS	Chr5	19742518	C-T	HET
SBS	Chr5	21904997	G-T	HET
SBS	Chr5	27270093	T-A	HET
SBS	Chr6	107575	G-A	HET
SBS	Chr6	16965949	T-A	HOMO
SBS	Chr6	19585418	C-T	HET
SBS	Chr6	21837075	G-C	HOMO
SBS	Chr7	3028863	G-A	HET
SBS	Chr7	18318154	G-A	HOMO
SBS	Chr7	24477093	G-A	HET
SBS	Chr7	28185502	G-A	HET
SBS	Chr8	10820042	C-T	HET
SBS	Chr9	7830551	T-C	HOMO
SBS	Chr9	8783508	C-T	HOMO
SBS	Chr9	14040237	C-T	HOMO
SBS	Chr9	21254843	G-A	HOMO
SBS	Chr11	9675382	C-A	HOMO
SBS	Chr11	14402449	G-A	HOMO
SBS	Chr11	17979554	T-C	HOMO
SBS	Chr11	24336329	G-A	HOMO
SBS	Chr12	3960699	A-T	HET
SBS	Chr12	6048172	A-T	HET
SBS	Chr12	10386413	A-T	HET
SBS	Chr12	25584511	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1103176	1103184	9
Deletion	Chr3	1371380	1371380	1	OsKitaake03g019900
Deletion	Chr3	1372107	1372108	2
Deletion	Chr10	2062492	2062498	7
Deletion	Chr12	2798146	2798151	6
Deletion	Chr10	4427101	4427101	1
Deletion	Chr10	7003114	7003114	1
Deletion	Chr2	7533764	7533765	2
Deletion	Chr12	8206076	8206083	8
Deletion	Chr10	9266647	9266647	1
Deletion	Chr3	10297172	10297176	5
Deletion	Chr7	11180312	11180312	1
Deletion	Chr5	12122138	12122141	4
Deletion	Chr1	13087880	13087881	2	2
Deletion	Chr5	17384852	17384852	1
Deletion	Chr3	17511781	17511781	1
Deletion	Chr6	21401701	21401705	5
Deletion	Chr3	21577777	21577782	6
Deletion	Chr12	23597045	23597045	1
Deletion	Chr5	28150872	28150877	6	OsKitaake05g260400
Deletion	Chr1	30057563	30057563	1
Deletion	Chr4	30917519	30917519	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	4151492	4151569
Inversion	Chr12	6970533	6970797
Inversion	Chr9	21501883	21502047	2
Inversion	Chr2	23533650	23533760

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes