Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4445-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4445-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 18254264 C-A HET
SBS Chr1 21272366 C-A HET
SBS Chr1 23349065 C-G HET
SBS Chr2 4881954 G-A HET OsKitaake02g067400
SBS Chr2 6711229 G-T HET
SBS Chr2 6962548 A-G HET
SBS Chr2 12428148 A-T HET
SBS Chr2 16800690 G-A HET
SBS Chr2 17823991 A-T HET
SBS Chr2 20490604 G-T HET
SBS Chr2 23648136 C-A HET
SBS Chr2 25764291 T-A HET
SBS Chr2 34031731 C-T HET
SBS Chr2 35823216 G-A HET
SBS Chr3 7907473 C-T HET
SBS Chr3 23511412 C-A HET
SBS Chr3 34425196 C-T HOMO
SBS Chr3 34431346 C-T HET
SBS Chr3 34888907 C-T HET
SBS Chr4 13683686 C-A HET
SBS Chr4 24559348 C-T HET
SBS Chr4 28728034 G-A HOMO
SBS Chr5 5501671 C-T HET
SBS Chr5 20486229 C-A HET
SBS Chr5 24459405 G-A HET
SBS Chr5 25146426 A-G HET
SBS Chr5 25622169 C-T HET
SBS Chr5 25812367 G-A HET
SBS Chr6 4108321 G-A HET
SBS Chr6 6880747 G-T HET
SBS Chr6 12138164 T-A HET
SBS Chr6 15937625 C-T HOMO
SBS Chr6 18858774 G-A HET
SBS Chr7 1370014 A-C HET
SBS Chr7 10529822 C-T HOMO
SBS Chr7 13461231 C-T HET
SBS Chr9 500156 C-A HET
SBS Chr9 4304363 C-G HOMO
SBS Chr10 4328777 T-A HOMO
SBS Chr10 5153025 G-A HET
SBS Chr11 7076595 A-T HOMO
SBS Chr11 16589752 C-T HET
SBS Chr11 17800665 C-T HOMO
SBS Chr11 22425844 T-C HET
SBS Chr12 10433076 G-A HOMO
SBS Chr12 25500152 C-T HET

Deletions: 19

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr2 711181 711182 2 2
Deletion Chr11 3108520 3108522 3
Deletion Chr12 5214027 5214027 1
Deletion Chr5 6883228 6883236 9
Deletion Chr5 7038899 7038902 4
Deletion Chr3 9123823 9123823 1
Deletion Chr10 12600670 12600670 1
Deletion Chr10 13426663 13426676 14
Deletion Chr9 13923848 13923911 64
Deletion Chr7 17283747 17283747 1
Deletion Chr11 17940687 17940687 1
Deletion Chr8 19521116 19521119 4
Deletion Chr10 19670707 19670707 1
Deletion Chr1 23348726 23348726 1
Deletion Chr11 23856315 23856315 1
Deletion Chr7 24531867 24531880 14
Deletion Chr7 27622589 27622597 9
Deletion Chr5 28060820 28060826 7
Deletion Chr2 35813961 35813961 1

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 1356228 1356230 1
Insertion Chr2 16002274 16002339 64
Insertion Chr3 32268151 32268153 1
Insertion Chr5 20593833 20593835 1
Insertion Chr8 1411838 1411840 1
Insertion Chr8 12532404 12532406 1
Insertion Chr9 3648125 3648128 2

Inversions: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr4 33898690 33951195 2
Inversion Chr4 33898693 33951199 2

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr5 5697634 Chr1 18542850
Translocation Chr9 10819664 Chr6 9485103
Translocation Chr9 10837184 Chr6 9485111

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18254264	C-A	HET
SBS	Chr1	21272366	C-A	HET
SBS	Chr1	23349065	C-G	HET
SBS	Chr2	4881954	G-A	HET		OsKitaake02g067400
SBS	Chr2	6711229	G-T	HET
SBS	Chr2	6962548	A-G	HET
SBS	Chr2	12428148	A-T	HET
SBS	Chr2	16800690	G-A	HET
SBS	Chr2	17823991	A-T	HET
SBS	Chr2	20490604	G-T	HET
SBS	Chr2	23648136	C-A	HET
SBS	Chr2	25764291	T-A	HET
SBS	Chr2	34031731	C-T	HET
SBS	Chr2	35823216	G-A	HET
SBS	Chr3	7907473	C-T	HET
SBS	Chr3	23511412	C-A	HET
SBS	Chr3	34425196	C-T	HOMO
SBS	Chr3	34431346	C-T	HET
SBS	Chr3	34888907	C-T	HET
SBS	Chr4	13683686	C-A	HET
SBS	Chr4	24559348	C-T	HET
SBS	Chr4	28728034	G-A	HOMO
SBS	Chr5	5501671	C-T	HET
SBS	Chr5	20486229	C-A	HET
SBS	Chr5	24459405	G-A	HET
SBS	Chr5	25146426	A-G	HET
SBS	Chr5	25622169	C-T	HET
SBS	Chr5	25812367	G-A	HET
SBS	Chr6	4108321	G-A	HET
SBS	Chr6	6880747	G-T	HET
SBS	Chr6	12138164	T-A	HET
SBS	Chr6	15937625	C-T	HOMO
SBS	Chr6	18858774	G-A	HET
SBS	Chr7	1370014	A-C	HET
SBS	Chr7	10529822	C-T	HOMO
SBS	Chr7	13461231	C-T	HET
SBS	Chr9	500156	C-A	HET
SBS	Chr9	4304363	C-G	HOMO
SBS	Chr10	4328777	T-A	HOMO
SBS	Chr10	5153025	G-A	HET
SBS	Chr11	7076595	A-T	HOMO
SBS	Chr11	16589752	C-T	HET
SBS	Chr11	17800665	C-T	HOMO
SBS	Chr11	22425844	T-C	HET
SBS	Chr12	10433076	G-A	HOMO
SBS	Chr12	25500152	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	711181	711182	2	2
Deletion	Chr11	3108520	3108522	3
Deletion	Chr12	5214027	5214027	1
Deletion	Chr5	6883228	6883236	9
Deletion	Chr5	7038899	7038902	4
Deletion	Chr3	9123823	9123823	1
Deletion	Chr10	12600670	12600670	1
Deletion	Chr10	13426663	13426676	14
Deletion	Chr9	13923848	13923911	64
Deletion	Chr7	17283747	17283747	1
Deletion	Chr11	17940687	17940687	1
Deletion	Chr8	19521116	19521119	4
Deletion	Chr10	19670707	19670707	1
Deletion	Chr1	23348726	23348726	1
Deletion	Chr11	23856315	23856315	1
Deletion	Chr7	24531867	24531880	14
Deletion	Chr7	27622589	27622597	9
Deletion	Chr5	28060820	28060826	7
Deletion	Chr2	35813961	35813961	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	33898690	33951195	2
Inversion	Chr4	33898693	33951199	2

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes