Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4448-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4448-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 34

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 3237297 G-A HET
SBS Chr1 21698405 G-A HET OsKitaake01g209300
SBS Chr1 35965965 C-A HET
SBS Chr2 17196895 C-T HET
SBS Chr2 17747498 C-T HET
SBS Chr2 19989237 G-A HOMO
SBS Chr2 25391660 G-A HOMO
SBS Chr3 9084212 A-T HOMO
SBS Chr3 18835444 T-C HET
SBS Chr3 23364513 C-T HET
SBS Chr3 34960259 C-T HET
SBS Chr3 37217231 A-C HET
SBS Chr4 6739719 C-T HET
SBS Chr4 7516139 A-G HOMO
SBS Chr4 8266087 G-A HOMO
SBS Chr4 25902615 G-A HET
SBS Chr4 31833312 C-T HET
SBS Chr5 5820164 C-T HET
SBS Chr5 16475783 G-A HET
SBS Chr5 20767396 G-T HET
SBS Chr5 28506866 G-T HET
SBS Chr6 5005267 C-T HET
SBS Chr6 11292752 T-A HOMO
SBS Chr6 16208972 C-A HOMO
SBS Chr7 6362802 T-G HET
SBS Chr7 9444538 G-A HOMO
SBS Chr7 19282518 G-T HET
SBS Chr9 22650455 G-A HET
SBS Chr10 2661280 G-A HET
SBS Chr10 3271057 A-G HET
SBS Chr10 5417396 G-T HET
SBS Chr11 15009552 T-C HOMO
SBS Chr11 22718360 C-T HET OsKitaake11g180200
SBS Chr12 8758574 T-C HOMO

Deletions: 15

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr10 1321001 1420000 99000 OsKitaake10g010100
Deletion Chr10 1560001 1664000 104000 11
Deletion Chr2 4773328 4773329 2
Deletion Chr11 5928454 5928465 12
Deletion Chr11 7030893 7030899 7
Deletion Chr4 8121641 8121641 1
Deletion Chr1 10717669 10717669 1
Deletion Chr7 18826410 18826411 2
Deletion Chr10 21972667 21972671 5
Deletion Chr7 22861001 22873000 12000 2
Deletion Chr8 25362601 25362601 1
Deletion Chr1 25472765 25472767 3
Deletion Chr6 28106126 28106126 1
Deletion Chr3 28458388 28458404 17
Deletion Chr4 29862954 29862954 1

Insertions: 15

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 24319629 24319631 1
Insertion Chr3 902518 902520 1
Insertion Chr3 8056464 8056466 1
Insertion Chr3 17923827 17923829 1
Insertion Chr4 22229054 22229056 1
Insertion Chr5 8548761 8548763 1
Insertion Chr5 12395585 12395587 1
Insertion Chr6 6760447 6760449 1
Insertion Chr6 12455746 12455748 1
Insertion Chr11 18044266 18044268 1
Insertion Chr11 23919713 23919786 72
Insertion Chr12 22807023 22807025 1
Insertion Chr1 41372335 41372339 3
Insertion Chr4 6879002 6879004 1
Insertion Chr9 19250586 19250589 2

Inversions: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr6 24282836 24328669

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr10 1321497 Chr4 21995564 OsKitaake04g128000
Translocation Chr10 1321610 Chr4 21995563 OsKitaake04g128000
Translocation Chr4 33141531 Chr2 4248262 OsKitaake04g269700

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3237297	G-A	HET
SBS	Chr1	21698405	G-A	HET		OsKitaake01g209300
SBS	Chr1	35965965	C-A	HET
SBS	Chr2	17196895	C-T	HET
SBS	Chr2	17747498	C-T	HET
SBS	Chr2	19989237	G-A	HOMO
SBS	Chr2	25391660	G-A	HOMO
SBS	Chr3	9084212	A-T	HOMO
SBS	Chr3	18835444	T-C	HET
SBS	Chr3	23364513	C-T	HET
SBS	Chr3	34960259	C-T	HET
SBS	Chr3	37217231	A-C	HET
SBS	Chr4	6739719	C-T	HET
SBS	Chr4	7516139	A-G	HOMO
SBS	Chr4	8266087	G-A	HOMO
SBS	Chr4	25902615	G-A	HET
SBS	Chr4	31833312	C-T	HET
SBS	Chr5	5820164	C-T	HET
SBS	Chr5	16475783	G-A	HET
SBS	Chr5	20767396	G-T	HET
SBS	Chr5	28506866	G-T	HET
SBS	Chr6	5005267	C-T	HET
SBS	Chr6	11292752	T-A	HOMO
SBS	Chr6	16208972	C-A	HOMO
SBS	Chr7	6362802	T-G	HET
SBS	Chr7	9444538	G-A	HOMO
SBS	Chr7	19282518	G-T	HET
SBS	Chr9	22650455	G-A	HET
SBS	Chr10	2661280	G-A	HET
SBS	Chr10	3271057	A-G	HET
SBS	Chr10	5417396	G-T	HET
SBS	Chr11	15009552	T-C	HOMO
SBS	Chr11	22718360	C-T	HET		OsKitaake11g180200
SBS	Chr12	8758574	T-C	HOMO

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1321001	1420000	99000	OsKitaake10g010100
Deletion	Chr10	1560001	1664000	104000	11
Deletion	Chr2	4773328	4773329	2
Deletion	Chr11	5928454	5928465	12
Deletion	Chr11	7030893	7030899	7
Deletion	Chr4	8121641	8121641	1
Deletion	Chr1	10717669	10717669	1
Deletion	Chr7	18826410	18826411	2
Deletion	Chr10	21972667	21972671	5
Deletion	Chr7	22861001	22873000	12000	2
Deletion	Chr8	25362601	25362601	1
Deletion	Chr1	25472765	25472767	3
Deletion	Chr6	28106126	28106126	1
Deletion	Chr3	28458388	28458404	17
Deletion	Chr4	29862954	29862954	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	24282836	24328669

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes