Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4466-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4466-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5850262 C-T HOMO
SBS Chr1 18983668 G-T HET
SBS Chr1 19650765 G-A HET
SBS Chr1 21878708 G-A HET
SBS Chr1 24312872 A-G HET
SBS Chr1 27752784 C-A HET OsKitaake01g269100
SBS Chr1 29608951 G-A HET
SBS Chr1 33342088 T-C HET
SBS Chr1 34776825 T-C HET OsKitaake01g366100
SBS Chr2 1141404 G-A HET
SBS Chr2 11937537 G-A HOMO
SBS Chr2 13158735 T-G HOMO
SBS Chr2 13158736 G-T HOMO
SBS Chr2 29730891 G-A HET
SBS Chr2 31535913 C-T HET
SBS Chr3 4899761 A-G HET
SBS Chr3 8485842 G-A HET
SBS Chr3 22219954 C-T HET
SBS Chr3 25613629 A-T HET
SBS Chr3 32898936 G-C HET
SBS Chr3 33549149 A-G HET
SBS Chr4 10918011 A-T HET
SBS Chr4 19881856 C-T HOMO
SBS Chr4 30579494 T-C HET
SBS Chr4 33291815 A-T HET OsKitaake04g272300
SBS Chr5 4172888 G-A HET
SBS Chr5 5775129 C-G HET
SBS Chr5 11522603 A-G HET
SBS Chr5 13305596 C-T HOMO
SBS Chr5 22325047 T-C HET
SBS Chr5 23290134 G-A HET
SBS Chr5 23732359 A-T HET
SBS Chr5 29535387 C-T HET
SBS Chr6 5926920 G-T HET
SBS Chr6 16052057 C-T HOMO
SBS Chr6 22112435 T-C HET
SBS Chr6 24332953 G-A HOMO
SBS Chr6 27196979 C-T HET
SBS Chr6 30970875 C-T HOMO
SBS Chr7 7532104 T-A HET
SBS Chr7 9238924 C-T HET
SBS Chr7 11114883 C-A HET
SBS Chr8 5848422 A-T HET
SBS Chr8 11843283 G-A HET
SBS Chr8 27470795 G-A HET
SBS Chr9 7294927 T-A HOMO
SBS Chr9 8676425 T-C HET
SBS Chr10 7235379 G-A HOMO
SBS Chr11 2485903 C-G HET
SBS Chr12 745008 G-C HET
SBS Chr12 2946650 A-T HET
SBS Chr12 4374497 C-T HET
SBS Chr12 11264378 G-A HET
SBS Chr12 21210256 C-G HET

Deletions: 38

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr8 97496 97499 4
Deletion Chr4 209981 209981 1
Deletion Chr7 804469 804469 1
Deletion Chr8 1411758 1411758 1
Deletion Chr6 1555855 1555855 1
Deletion Chr12 2261564 2261564 1
Deletion Chr1 3490782 3490789 8 OsKitaake01g046400
Deletion Chr7 5357087 5357089 3
Deletion Chr10 5454792 5454792 1
Deletion Chr3 7439280 7439290 11
Deletion Chr1 10321509 10321509 1
Deletion Chr3 11359504 11359516 13
Deletion Chr12 11618700 11618701 2
Deletion Chr3 12418359 12418359 1
Deletion Chr5 12541194 12541678 485
Deletion Chr7 12696564 12696565 2
Deletion Chr5 12889367 12889371 5
Deletion Chr8 13475001 13485000 10000
Deletion Chr8 13624001 13651000 27000
Deletion Chr2 13628489 13628489 1
Deletion Chr7 13669875 13669876 2
Deletion Chr8 13672001 13732000 60000 OsKitaake08g110700
Deletion Chr8 13736001 13910000 174000 OsKitaake08g110801
Deletion Chr1 14004001 14075000 71000 8
Deletion Chr1 14152001 14276000 124000 11
Deletion Chr6 19312128 19312132 5
Deletion Chr8 19384133 19384134 2
Deletion Chr5 20505225 20505235 11
Deletion Chr5 21255001 21321000 66000 10
Deletion Chr12 21289001 21304000 15000
Deletion Chr10 21878545 21878548 4
Deletion Chr8 23150409 23150500 92
Deletion Chr4 24469047 24469066 20
Deletion Chr1 25832674 25832675 2
Deletion Chr1 28742067 28742068 2
Deletion Chr2 29914151 29914151 1
Deletion Chr1 30435086 30435086 1
Deletion Chr1 40159368 40159385 18

Insertions: 10

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 25139969 25139971 1
Insertion Chr10 18811842 18811844 1
Insertion Chr11 12457457 12457526 68
Insertion Chr12 9605322 9605324 1
Insertion Chr3 27436509 27436511 1
Insertion Chr4 14795926 14795928 1
Insertion Chr4 34160769 34160771 1
Insertion Chr5 4101125 4101127 1
Insertion Chr9 17188020 17188022 1
Insertion Chr10 2232757 2232760 2

Inversions: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr12 21208245 21288842

Translocations: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr7 7530838 Chr2 3872596 OsKitaake02g055800
Translocation Chr9 17659094 Chr3 32019971 OsKitaake09g133500
Translocation Chr9 17659260 Chr3 32019936
Translocation Chr7 22304216 Chr5 428445
Translocation Chr7 22304217 Chr5 428680

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5850262	C-T	HOMO
SBS	Chr1	18983668	G-T	HET
SBS	Chr1	19650765	G-A	HET
SBS	Chr1	21878708	G-A	HET
SBS	Chr1	24312872	A-G	HET
SBS	Chr1	27752784	C-A	HET		OsKitaake01g269100
SBS	Chr1	29608951	G-A	HET
SBS	Chr1	33342088	T-C	HET
SBS	Chr1	34776825	T-C	HET		OsKitaake01g366100
SBS	Chr2	1141404	G-A	HET
SBS	Chr2	11937537	G-A	HOMO
SBS	Chr2	13158735	T-G	HOMO
SBS	Chr2	13158736	G-T	HOMO
SBS	Chr2	29730891	G-A	HET
SBS	Chr2	31535913	C-T	HET
SBS	Chr3	4899761	A-G	HET
SBS	Chr3	8485842	G-A	HET
SBS	Chr3	22219954	C-T	HET
SBS	Chr3	25613629	A-T	HET
SBS	Chr3	32898936	G-C	HET
SBS	Chr3	33549149	A-G	HET
SBS	Chr4	10918011	A-T	HET
SBS	Chr4	19881856	C-T	HOMO
SBS	Chr4	30579494	T-C	HET
SBS	Chr4	33291815	A-T	HET		OsKitaake04g272300
SBS	Chr5	4172888	G-A	HET
SBS	Chr5	5775129	C-G	HET
SBS	Chr5	11522603	A-G	HET
SBS	Chr5	13305596	C-T	HOMO
SBS	Chr5	22325047	T-C	HET
SBS	Chr5	23290134	G-A	HET
SBS	Chr5	23732359	A-T	HET
SBS	Chr5	29535387	C-T	HET
SBS	Chr6	5926920	G-T	HET
SBS	Chr6	16052057	C-T	HOMO
SBS	Chr6	22112435	T-C	HET
SBS	Chr6	24332953	G-A	HOMO
SBS	Chr6	27196979	C-T	HET
SBS	Chr6	30970875	C-T	HOMO
SBS	Chr7	7532104	T-A	HET
SBS	Chr7	9238924	C-T	HET
SBS	Chr7	11114883	C-A	HET
SBS	Chr8	5848422	A-T	HET
SBS	Chr8	11843283	G-A	HET
SBS	Chr8	27470795	G-A	HET
SBS	Chr9	7294927	T-A	HOMO
SBS	Chr9	8676425	T-C	HET
SBS	Chr10	7235379	G-A	HOMO
SBS	Chr11	2485903	C-G	HET
SBS	Chr12	745008	G-C	HET
SBS	Chr12	2946650	A-T	HET
SBS	Chr12	4374497	C-T	HET
SBS	Chr12	11264378	G-A	HET
SBS	Chr12	21210256	C-G	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	97496	97499	4
Deletion	Chr4	209981	209981	1
Deletion	Chr7	804469	804469	1
Deletion	Chr8	1411758	1411758	1
Deletion	Chr6	1555855	1555855	1
Deletion	Chr12	2261564	2261564	1
Deletion	Chr1	3490782	3490789	8	OsKitaake01g046400
Deletion	Chr7	5357087	5357089	3
Deletion	Chr10	5454792	5454792	1
Deletion	Chr3	7439280	7439290	11
Deletion	Chr1	10321509	10321509	1
Deletion	Chr3	11359504	11359516	13
Deletion	Chr12	11618700	11618701	2
Deletion	Chr3	12418359	12418359	1
Deletion	Chr5	12541194	12541678	485
Deletion	Chr7	12696564	12696565	2
Deletion	Chr5	12889367	12889371	5
Deletion	Chr8	13475001	13485000	10000
Deletion	Chr8	13624001	13651000	27000
Deletion	Chr2	13628489	13628489	1
Deletion	Chr7	13669875	13669876	2
Deletion	Chr8	13672001	13732000	60000	OsKitaake08g110700
Deletion	Chr8	13736001	13910000	174000	OsKitaake08g110801
Deletion	Chr1	14004001	14075000	71000	8
Deletion	Chr1	14152001	14276000	124000	11
Deletion	Chr6	19312128	19312132	5
Deletion	Chr8	19384133	19384134	2
Deletion	Chr5	20505225	20505235	11
Deletion	Chr5	21255001	21321000	66000	10
Deletion	Chr12	21289001	21304000	15000
Deletion	Chr10	21878545	21878548	4
Deletion	Chr8	23150409	23150500	92
Deletion	Chr4	24469047	24469066	20
Deletion	Chr1	25832674	25832675	2
Deletion	Chr1	28742067	28742068	2
Deletion	Chr2	29914151	29914151	1
Deletion	Chr1	30435086	30435086	1
Deletion	Chr1	40159368	40159385	18

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	21208245	21288842

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes