Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4475-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4475-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 21517244 G-C HOMO
SBS Chr1 23209014 C-T HET
SBS Chr1 24935853 C-T HOMO
SBS Chr1 26200483 A-T HET
SBS Chr1 27021208 C-T HET
SBS Chr1 33001023 G-A HET
SBS Chr2 6318361 A-C HET
SBS Chr2 6718800 G-A HET
SBS Chr2 14732923 G-A HET
SBS Chr2 21404329 T-C HET
SBS Chr2 21404331 C-A HET
SBS Chr2 25056495 G-A HET
SBS Chr2 25154644 T-A HET
SBS Chr3 1581734 T-A HET
SBS Chr3 7020723 A-T HET
SBS Chr3 7306189 C-T HOMO
SBS Chr3 25938827 T-C HET
SBS Chr3 30579906 G-T HOMO OsKitaake03g321200
SBS Chr3 31305442 C-T HOMO
SBS Chr4 16850987 A-C HOMO
SBS Chr4 18969537 T-C HOMO
SBS Chr4 23134049 C-T HET
SBS Chr6 18050354 G-A HET
SBS Chr6 19586482 G-A HET
SBS Chr6 21349461 T-G HET
SBS Chr7 5957472 T-G HOMO
SBS Chr7 8476191 A-G HET
SBS Chr7 12158364 C-T HET
SBS Chr7 13160261 A-G HET
SBS Chr7 21822560 G-C HOMO
SBS Chr7 26802485 G-A HET
SBS Chr8 15034510 C-T HOMO
SBS Chr9 3907507 C-T HOMO
SBS Chr10 2213360 G-T HET
SBS Chr10 2464209 G-T HET
SBS Chr10 6304781 C-T HET
SBS Chr10 15952828 C-T HET
SBS Chr10 23969935 T-A HOMO
SBS Chr11 12503104 T-A HET
SBS Chr11 19079634 G-A HOMO
SBS Chr11 29457998 C-G HET
SBS Chr12 3103347 G-A HOMO
SBS Chr12 8562612 C-T HET
SBS Chr12 9850177 A-G HET

Deletions: 13

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr12 509244 509266 23
Deletion Chr10 726870 726872 3
Deletion Chr11 2490580 2490581 2
Deletion Chr2 8184555 8184556 2
Deletion Chr6 11684349 11684350 2
Deletion Chr7 19512232 19512233 2
Deletion Chr2 22844079 22844079 1
Deletion Chr1 26209868 26209868 1
Deletion Chr5 29921421 29921427 7
Deletion Chr5 30212320 30212322 3
Deletion Chr2 34716402 34716409 8
Deletion Chr1 34975473 34975473 1
Deletion Chr2 35191289 35191289 1

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr5 27767564 27767572 7
Insertion Chr8 2970900 2970902 1
Insertion Chr10 21963980 21963982 1
Insertion Chr1 8537618 8537621 2
Insertion Chr2 14821657 14821659 1
Insertion Chr5 14569030 14569033 2
Insertion Chr12 12449353 12449355 1

Inversions: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr9 11759474 11759651

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21517244	G-C	HOMO
SBS	Chr1	23209014	C-T	HET
SBS	Chr1	24935853	C-T	HOMO
SBS	Chr1	26200483	A-T	HET
SBS	Chr1	27021208	C-T	HET
SBS	Chr1	33001023	G-A	HET
SBS	Chr2	6318361	A-C	HET
SBS	Chr2	6718800	G-A	HET
SBS	Chr2	14732923	G-A	HET
SBS	Chr2	21404329	T-C	HET
SBS	Chr2	21404331	C-A	HET
SBS	Chr2	25056495	G-A	HET
SBS	Chr2	25154644	T-A	HET
SBS	Chr3	1581734	T-A	HET
SBS	Chr3	7020723	A-T	HET
SBS	Chr3	7306189	C-T	HOMO
SBS	Chr3	25938827	T-C	HET
SBS	Chr3	30579906	G-T	HOMO		OsKitaake03g321200
SBS	Chr3	31305442	C-T	HOMO
SBS	Chr4	16850987	A-C	HOMO
SBS	Chr4	18969537	T-C	HOMO
SBS	Chr4	23134049	C-T	HET
SBS	Chr6	18050354	G-A	HET
SBS	Chr6	19586482	G-A	HET
SBS	Chr6	21349461	T-G	HET
SBS	Chr7	5957472	T-G	HOMO
SBS	Chr7	8476191	A-G	HET
SBS	Chr7	12158364	C-T	HET
SBS	Chr7	13160261	A-G	HET
SBS	Chr7	21822560	G-C	HOMO
SBS	Chr7	26802485	G-A	HET
SBS	Chr8	15034510	C-T	HOMO
SBS	Chr9	3907507	C-T	HOMO
SBS	Chr10	2213360	G-T	HET
SBS	Chr10	2464209	G-T	HET
SBS	Chr10	6304781	C-T	HET
SBS	Chr10	15952828	C-T	HET
SBS	Chr10	23969935	T-A	HOMO
SBS	Chr11	12503104	T-A	HET
SBS	Chr11	19079634	G-A	HOMO
SBS	Chr11	29457998	C-G	HET
SBS	Chr12	3103347	G-A	HOMO
SBS	Chr12	8562612	C-T	HET
SBS	Chr12	9850177	A-G	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	509244	509266	23
Deletion	Chr10	726870	726872	3
Deletion	Chr11	2490580	2490581	2
Deletion	Chr2	8184555	8184556	2
Deletion	Chr6	11684349	11684350	2
Deletion	Chr7	19512232	19512233	2
Deletion	Chr2	22844079	22844079	1
Deletion	Chr1	26209868	26209868	1
Deletion	Chr5	29921421	29921427	7
Deletion	Chr5	30212320	30212322	3
Deletion	Chr2	34716402	34716409	8
Deletion	Chr1	34975473	34975473	1
Deletion	Chr2	35191289	35191289	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	11759474	11759651

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes