Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4494-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4494-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 970308 A-T HET OsKitaake01g011200
SBS Chr1 5435196 G-T HOMO
SBS Chr1 16627962 T-G HET
SBS Chr1 17603159 C-A HET
SBS Chr1 17695686 C-T HET
SBS Chr1 36505313 A-G HET
SBS Chr1 40854872 G-A HET OsKitaake01g444700
SBS Chr2 21365235 A-T HOMO
SBS Chr3 1448407 C-G HET OsKitaake03g020500
SBS Chr3 2420707 A-G HET
SBS Chr3 2566758 T-A HET
SBS Chr3 8528503 G-A HET
SBS Chr3 8544623 G-A HET
SBS Chr3 26060113 G-T HET
SBS Chr3 26995192 C-T HET
SBS Chr4 1883055 G-C HET
SBS Chr4 2907459 G-A HET
SBS Chr4 9399005 G-A HOMO
SBS Chr4 11128134 C-T HOMO
SBS Chr4 14040332 A-T HOMO
SBS Chr4 22130121 C-T HET
SBS Chr4 28988495 T-A HOMO
SBS Chr5 7997107 G-A HOMO
SBS Chr5 12885015 G-A HOMO
SBS Chr5 14015750 G-T HOMO
SBS Chr5 21383570 G-A HOMO OsKitaake05g173700
SBS Chr5 29302706 G-A HOMO OsKitaake05g278201
SBS Chr6 1005220 C-T HOMO
SBS Chr6 4667406 G-A HET
SBS Chr6 10498752 G-T HET
SBS Chr6 12980166 C-T HET
SBS Chr7 4136369 C-A HOMO
SBS Chr7 13376072 C-T HET
SBS Chr7 29435369 G-T HET
SBS Chr8 4473928 T-A HET
SBS Chr8 13409179 A-T HET
SBS Chr8 21692882 T-C HET
SBS Chr8 23066490 G-C HET
SBS Chr9 1558971 G-A HET
SBS Chr9 7753637 G-A HET
SBS Chr9 15918357 C-A HET
SBS Chr10 7627897 G-A HET
SBS Chr10 10871042 C-A HET
SBS Chr10 12238686 G-A HET
SBS Chr11 2988097 G-A HET
SBS Chr11 4466760 G-A HOMO
SBS Chr11 14183765 G-T HET
SBS Chr11 17174417 T-C HOMO
SBS Chr11 24086380 G-A HET
SBS Chr11 25287893 G-C HOMO
SBS Chr12 7897658 G-T HET
SBS Chr12 7897729 G-A HET
SBS Chr12 8782540 A-G HET
SBS Chr12 11106851 G-C HET
SBS Chr12 13680796 G-A HET
SBS Chr12 13680798 T-A HET
SBS Chr12 16650450 C-T HET
SBS Chr12 16695805 C-T HET
SBS Chr12 25000317 G-A HET

Deletions: 38

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr9 1050400 1050400 1
Deletion Chr8 1383538 1383538 1
Deletion Chr8 1834166 1834170 5
Deletion Chr8 1914455 1914455 1
Deletion Chr11 2182824 2182825 2 OsKitaake11g031800
Deletion Chr9 5201058 5201088 31
Deletion Chr6 5222719 5222724 6
Deletion Chr7 7541774 7541780 7
Deletion Chr3 7956443 7956443 1
Deletion Chr5 9367797 9367816 20
Deletion Chr5 9614591 9614597 7
Deletion Chr3 10080101 10080101 1
Deletion Chr10 10223455 10223455 1
Deletion Chr7 10690910 10690912 3
Deletion Chr7 11126882 11126882 1
Deletion Chr3 11863847 11863849 3
Deletion Chr8 13968129 13968129 1
Deletion Chr10 14044408 14044409 2
Deletion Chr12 14883787 14883790 4 2
Deletion Chr3 15641291 15641578 288 OsKitaake03g200800
Deletion Chr12 16150525 16150525 1 2
Deletion Chr9 17944011 17944011 1 2
Deletion Chr7 18680026 18680026 1
Deletion Chr4 18930222 18930247 26
Deletion Chr9 20969763 20969763 1 2
Deletion Chr9 21148675 21148675 1
Deletion Chr1 22251562 22251562 1 2
Deletion Chr8 25280801 25280811 11
Deletion Chr1 26007369 26007455 87
Deletion Chr4 27145682 27145683 2
Deletion Chr3 27886827 27886840 14 2
Deletion Chr7 28139660 28139665 6
Deletion Chr2 29268640 29268640 1
Deletion Chr4 30388721 30388743 23
Deletion Chr2 32394945 32394954 10
Deletion Chr4 34294987 34295013 27
Deletion Chr1 35804635 35804635 1 2
Deletion Chr2 35974463 35974463 1

Insertions: 10

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 15056355 15056357 1
Insertion Chr2 29546170 29546172 1
Insertion Chr3 11894072 11894074 1
Insertion Chr3 21311409 21311412 2
Insertion Chr4 15690008 15690087 78
Insertion Chr5 28219664 28219666 1
Insertion Chr8 23065564 23065566 1
Insertion Chr12 16695801 16695803 1
Insertion Chr12 26336509 26336511 1
Insertion Chr4 24289013 24289015 1

Inversions: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr5 17867101 17867224

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	970308	A-T	HET		OsKitaake01g011200
SBS	Chr1	5435196	G-T	HOMO
SBS	Chr1	16627962	T-G	HET
SBS	Chr1	17603159	C-A	HET
SBS	Chr1	17695686	C-T	HET
SBS	Chr1	36505313	A-G	HET
SBS	Chr1	40854872	G-A	HET		OsKitaake01g444700
SBS	Chr2	21365235	A-T	HOMO
SBS	Chr3	1448407	C-G	HET		OsKitaake03g020500
SBS	Chr3	2420707	A-G	HET
SBS	Chr3	2566758	T-A	HET
SBS	Chr3	8528503	G-A	HET
SBS	Chr3	8544623	G-A	HET
SBS	Chr3	26060113	G-T	HET
SBS	Chr3	26995192	C-T	HET
SBS	Chr4	1883055	G-C	HET
SBS	Chr4	2907459	G-A	HET
SBS	Chr4	9399005	G-A	HOMO
SBS	Chr4	11128134	C-T	HOMO
SBS	Chr4	14040332	A-T	HOMO
SBS	Chr4	22130121	C-T	HET
SBS	Chr4	28988495	T-A	HOMO
SBS	Chr5	7997107	G-A	HOMO
SBS	Chr5	12885015	G-A	HOMO
SBS	Chr5	14015750	G-T	HOMO
SBS	Chr5	21383570	G-A	HOMO		OsKitaake05g173700
SBS	Chr5	29302706	G-A	HOMO		OsKitaake05g278201
SBS	Chr6	1005220	C-T	HOMO
SBS	Chr6	4667406	G-A	HET
SBS	Chr6	10498752	G-T	HET
SBS	Chr6	12980166	C-T	HET
SBS	Chr7	4136369	C-A	HOMO
SBS	Chr7	13376072	C-T	HET
SBS	Chr7	29435369	G-T	HET
SBS	Chr8	4473928	T-A	HET
SBS	Chr8	13409179	A-T	HET
SBS	Chr8	21692882	T-C	HET
SBS	Chr8	23066490	G-C	HET
SBS	Chr9	1558971	G-A	HET
SBS	Chr9	7753637	G-A	HET
SBS	Chr9	15918357	C-A	HET
SBS	Chr10	7627897	G-A	HET
SBS	Chr10	10871042	C-A	HET
SBS	Chr10	12238686	G-A	HET
SBS	Chr11	2988097	G-A	HET
SBS	Chr11	4466760	G-A	HOMO
SBS	Chr11	14183765	G-T	HET
SBS	Chr11	17174417	T-C	HOMO
SBS	Chr11	24086380	G-A	HET
SBS	Chr11	25287893	G-C	HOMO
SBS	Chr12	7897658	G-T	HET
SBS	Chr12	7897729	G-A	HET
SBS	Chr12	8782540	A-G	HET
SBS	Chr12	11106851	G-C	HET
SBS	Chr12	13680796	G-A	HET
SBS	Chr12	13680798	T-A	HET
SBS	Chr12	16650450	C-T	HET
SBS	Chr12	16695805	C-T	HET
SBS	Chr12	25000317	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1050400	1050400	1
Deletion	Chr8	1383538	1383538	1
Deletion	Chr8	1834166	1834170	5
Deletion	Chr8	1914455	1914455	1
Deletion	Chr11	2182824	2182825	2	OsKitaake11g031800
Deletion	Chr9	5201058	5201088	31
Deletion	Chr6	5222719	5222724	6
Deletion	Chr7	7541774	7541780	7
Deletion	Chr3	7956443	7956443	1
Deletion	Chr5	9367797	9367816	20
Deletion	Chr5	9614591	9614597	7
Deletion	Chr3	10080101	10080101	1
Deletion	Chr10	10223455	10223455	1
Deletion	Chr7	10690910	10690912	3
Deletion	Chr7	11126882	11126882	1
Deletion	Chr3	11863847	11863849	3
Deletion	Chr8	13968129	13968129	1
Deletion	Chr10	14044408	14044409	2
Deletion	Chr12	14883787	14883790	4	2
Deletion	Chr3	15641291	15641578	288	OsKitaake03g200800
Deletion	Chr12	16150525	16150525	1	2
Deletion	Chr9	17944011	17944011	1	2
Deletion	Chr7	18680026	18680026	1
Deletion	Chr4	18930222	18930247	26
Deletion	Chr9	20969763	20969763	1	2
Deletion	Chr9	21148675	21148675	1
Deletion	Chr1	22251562	22251562	1	2
Deletion	Chr8	25280801	25280811	11
Deletion	Chr1	26007369	26007455	87
Deletion	Chr4	27145682	27145683	2
Deletion	Chr3	27886827	27886840	14	2
Deletion	Chr7	28139660	28139665	6
Deletion	Chr2	29268640	29268640	1
Deletion	Chr4	30388721	30388743	23
Deletion	Chr2	32394945	32394954	10
Deletion	Chr4	34294987	34295013	27
Deletion	Chr1	35804635	35804635	1	2
Deletion	Chr2	35974463	35974463	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	17867101	17867224

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes