Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4505-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4505-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 3297288 C-T HET
SBS Chr1 6225702 G-A HOMO
SBS Chr1 26833160 C-T HOMO
SBS Chr1 28175691 A-T HET
SBS Chr1 31531434 T-C HET
SBS Chr1 32625472 C-T HOMO
SBS Chr1 36358975 C-T HET
SBS Chr1 43121788 C-T HET
SBS Chr2 22717777 G-T HET
SBS Chr2 31539735 G-T HET
SBS Chr3 700115 T-A HET
SBS Chr3 10148750 A-C HET
SBS Chr3 16575696 C-T HET
SBS Chr3 18790120 C-T HOMO OsKitaake03g226200
SBS Chr3 27508614 C-T HET
SBS Chr4 8654299 T-C HET
SBS Chr4 23643230 T-G HET
SBS Chr5 1181845 T-C HET
SBS Chr5 9862598 A-G HET
SBS Chr5 13019142 G-A HET
SBS Chr5 14275963 T-A HET
SBS Chr5 16541146 A-G HET
SBS Chr5 17042098 C-A HET OsKitaake05g131100
SBS Chr6 28619 A-T HET
SBS Chr6 1971738 C-T HET OsKitaake06g024900
SBS Chr6 2015850 C-T HET
SBS Chr6 14036235 G-A HET
SBS Chr6 24844684 T-C HET
SBS Chr6 25654737 G-A HET
SBS Chr7 24829544 C-A HET
SBS Chr8 6659351 A-T HET
SBS Chr8 11980503 T-G HET
SBS Chr8 13178764 C-T HET
SBS Chr8 20600655 T-A HET
SBS Chr8 26624179 G-T HET OsKitaake08g214500
SBS Chr9 4203359 G-A HET
SBS Chr9 8600613 C-T HET
SBS Chr9 19469197 A-G HET
SBS Chr10 2022670 C-T HOMO
SBS Chr10 3821463 A-G HET
SBS Chr10 9384754 T-A HET
SBS Chr10 13449503 G-A HOMO
SBS Chr11 10723522 T-C HET
SBS Chr11 12537187 C-G HET
SBS Chr12 10883535 G-A HET
SBS Chr12 22019420 A-G HET

Deletions: 25

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr4 186687 186688 2 OsKitaake04g000800
Deletion Chr9 900001 927000 27000
Deletion Chr5 938479 938485 7
Deletion Chr3 1397001 1437000 40000 2
Deletion Chr7 1411269 1411271 3
Deletion Chr4 3280465 3280470 6
Deletion Chr2 5084397 5084397 1
Deletion Chr6 5496352 5496352 1 OsKitaake06g073400
Deletion Chr9 7224857 7224922 66
Deletion Chr3 7665713 7665713 1
Deletion Chr1 11182289 11182310 22
Deletion Chr4 13171382 13171382 1
Deletion Chr5 13954046 13954049 4
Deletion Chr7 14494661 14494662 2
Deletion Chr5 16129607 16129607 1
Deletion Chr6 17085748 17085748 1
Deletion Chr1 21168104 21168109 6
Deletion Chr7 21379487 21379487 1
Deletion Chr5 22697822 22697822 1 OsKitaake05g186800
Deletion Chr7 22751997 22752001 5
Deletion Chr7 23851490 23851492 3
Deletion Chr3 26294954 26295018 65
Deletion Chr3 29181692 29181701 10
Deletion Chr1 39912254 39912261 8
Deletion Chr1 41942625 41942625 1

Insertions: 6

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 24283863 24283866 2
Insertion Chr11 18045149 18045152 2
Insertion Chr1 7069568 7069570 1
Insertion Chr3 35282775 35282778 2
Insertion Chr6 21241800 21241802 1
Insertion Chr12 8034179 8034181 1

Inversions: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr1 43349477 43673765 OsKitaake01g485400
Inversion Chr1 43349480 43673772 OsKitaake01g485400

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3297288	C-T	HET
SBS	Chr1	6225702	G-A	HOMO
SBS	Chr1	26833160	C-T	HOMO
SBS	Chr1	28175691	A-T	HET
SBS	Chr1	31531434	T-C	HET
SBS	Chr1	32625472	C-T	HOMO
SBS	Chr1	36358975	C-T	HET
SBS	Chr1	43121788	C-T	HET
SBS	Chr2	22717777	G-T	HET
SBS	Chr2	31539735	G-T	HET
SBS	Chr3	700115	T-A	HET
SBS	Chr3	10148750	A-C	HET
SBS	Chr3	16575696	C-T	HET
SBS	Chr3	18790120	C-T	HOMO		OsKitaake03g226200
SBS	Chr3	27508614	C-T	HET
SBS	Chr4	8654299	T-C	HET
SBS	Chr4	23643230	T-G	HET
SBS	Chr5	1181845	T-C	HET
SBS	Chr5	9862598	A-G	HET
SBS	Chr5	13019142	G-A	HET
SBS	Chr5	14275963	T-A	HET
SBS	Chr5	16541146	A-G	HET
SBS	Chr5	17042098	C-A	HET		OsKitaake05g131100
SBS	Chr6	28619	A-T	HET
SBS	Chr6	1971738	C-T	HET		OsKitaake06g024900
SBS	Chr6	2015850	C-T	HET
SBS	Chr6	14036235	G-A	HET
SBS	Chr6	24844684	T-C	HET
SBS	Chr6	25654737	G-A	HET
SBS	Chr7	24829544	C-A	HET
SBS	Chr8	6659351	A-T	HET
SBS	Chr8	11980503	T-G	HET
SBS	Chr8	13178764	C-T	HET
SBS	Chr8	20600655	T-A	HET
SBS	Chr8	26624179	G-T	HET		OsKitaake08g214500
SBS	Chr9	4203359	G-A	HET
SBS	Chr9	8600613	C-T	HET
SBS	Chr9	19469197	A-G	HET
SBS	Chr10	2022670	C-T	HOMO
SBS	Chr10	3821463	A-G	HET
SBS	Chr10	9384754	T-A	HET
SBS	Chr10	13449503	G-A	HOMO
SBS	Chr11	10723522	T-C	HET
SBS	Chr11	12537187	C-G	HET
SBS	Chr12	10883535	G-A	HET
SBS	Chr12	22019420	A-G	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	186687	186688	2	OsKitaake04g000800
Deletion	Chr9	900001	927000	27000
Deletion	Chr5	938479	938485	7
Deletion	Chr3	1397001	1437000	40000	2
Deletion	Chr7	1411269	1411271	3
Deletion	Chr4	3280465	3280470	6
Deletion	Chr2	5084397	5084397	1
Deletion	Chr6	5496352	5496352	1	OsKitaake06g073400
Deletion	Chr9	7224857	7224922	66
Deletion	Chr3	7665713	7665713	1
Deletion	Chr1	11182289	11182310	22
Deletion	Chr4	13171382	13171382	1
Deletion	Chr5	13954046	13954049	4
Deletion	Chr7	14494661	14494662	2
Deletion	Chr5	16129607	16129607	1
Deletion	Chr6	17085748	17085748	1
Deletion	Chr1	21168104	21168109	6
Deletion	Chr7	21379487	21379487	1
Deletion	Chr5	22697822	22697822	1	OsKitaake05g186800
Deletion	Chr7	22751997	22752001	5
Deletion	Chr7	23851490	23851492	3
Deletion	Chr3	26294954	26295018	65
Deletion	Chr3	29181692	29181701	10
Deletion	Chr1	39912254	39912261	8
Deletion	Chr1	41942625	41942625	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	43349477	43673765	OsKitaake01g485400
Inversion	Chr1	43349480	43673772	OsKitaake01g485400

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes