Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4519-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4519-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 34964098 A-T HOMO
SBS Chr2 5382809 C-G HET
SBS Chr2 6593220 T-C HET
SBS Chr2 22121581 G-A HET
SBS Chr3 2476750 G-T HET
SBS Chr3 15624498 C-T HOMO
SBS Chr3 36240706 C-T HOMO
SBS Chr4 1779358 T-A HET
SBS Chr4 3350009 T-C HET OsKitaake04g017100
SBS Chr4 7603891 C-A HET
SBS Chr4 23332575 A-C HET
SBS Chr4 25091348 C-T HOMO
SBS Chr4 25777581 C-A HOMO OsKitaake04g179400
SBS Chr5 12395211 G-T HET
SBS Chr5 20331744 C-A HET
SBS Chr6 9763799 C-A HET
SBS Chr6 13511927 G-A HET
SBS Chr6 13929849 T-A HET
SBS Chr6 14874101 C-T HET
SBS Chr6 14950634 C-A HET
SBS Chr6 20776677 G-A HET
SBS Chr6 28243819 T-A HET OsKitaake06g258000
SBS Chr7 21302751 G-A HET
SBS Chr7 28981534 G-A HET
SBS Chr9 290589 T-C HET
SBS Chr9 5318773 A-T HET
SBS Chr9 15882193 A-T HET
SBS Chr10 4447683 C-G HET OsKitaake10g033125
SBS Chr10 16192857 G-A HET OsKitaake10g108700
SBS Chr10 19707934 C-T HET OsKitaake10g145900
SBS Chr10 21063312 A-C HET
SBS Chr11 6477699 G-T HET
SBS Chr11 10368747 T-A HET
SBS Chr11 11494609 G-A HET
SBS Chr11 24832491 T-A HET
SBS Chr12 1395304 T-C HET
SBS Chr12 1962883 G-T HET
SBS Chr12 2283512 G-A HET
SBS Chr12 4644775 G-A HET
SBS Chr12 12537385 G-A HOMO
SBS Chr12 22499900 G-T HOMO OsKitaake12g176400

Deletions: 16

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr11 788417 788417 1
Deletion Chr6 4407373 4407375 3
Deletion Chr2 4708379 4708393 15
Deletion Chr11 6920513 6920522 10
Deletion Chr9 9427272 9427272 1
Deletion Chr11 12548588 12548591 4
Deletion Chr9 14198403 14198405 3 OsKitaake09g095500
Deletion Chr3 21582902 21582902 1
Deletion Chr11 22333593 22333594 2
Deletion Chr2 23022859 23022859 1 2
Deletion Chr1 25349041 25349041 1
Deletion Chr3 26987802 26987803 2
Deletion Chr5 30222992 30222992 1
Deletion Chr2 30918461 30918461 1
Deletion Chr1 34925437 34925438 2
Deletion Chr1 42333499 42333584 86

Insertions: 4

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr7 8551266 8551268 1
Insertion Chr8 10713819 10713822 2
Insertion Chr3 27488539 27488541 1
Insertion Chr4 30089827 30089829 1

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr8 2048914 2049005
Inversion Chr10 21606242 21777839
Inversion Chr4 25786804 26534515 OsKitaake04g190500
Inversion Chr4 25786811 26534514 OsKitaake04g190500
Inversion Chr2 26505082 26505344

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr8 2483688 Chr3 16965461
Translocation Chr5 4518526 Chr4 33900617
Translocation Chr5 4519505 Chr4 33900625

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	34964098	A-T	HOMO
SBS	Chr2	5382809	C-G	HET
SBS	Chr2	6593220	T-C	HET
SBS	Chr2	22121581	G-A	HET
SBS	Chr3	2476750	G-T	HET
SBS	Chr3	15624498	C-T	HOMO
SBS	Chr3	36240706	C-T	HOMO
SBS	Chr4	1779358	T-A	HET
SBS	Chr4	3350009	T-C	HET		OsKitaake04g017100
SBS	Chr4	7603891	C-A	HET
SBS	Chr4	23332575	A-C	HET
SBS	Chr4	25091348	C-T	HOMO
SBS	Chr4	25777581	C-A	HOMO		OsKitaake04g179400
SBS	Chr5	12395211	G-T	HET
SBS	Chr5	20331744	C-A	HET
SBS	Chr6	9763799	C-A	HET
SBS	Chr6	13511927	G-A	HET
SBS	Chr6	13929849	T-A	HET
SBS	Chr6	14874101	C-T	HET
SBS	Chr6	14950634	C-A	HET
SBS	Chr6	20776677	G-A	HET
SBS	Chr6	28243819	T-A	HET		OsKitaake06g258000
SBS	Chr7	21302751	G-A	HET
SBS	Chr7	28981534	G-A	HET
SBS	Chr9	290589	T-C	HET
SBS	Chr9	5318773	A-T	HET
SBS	Chr9	15882193	A-T	HET
SBS	Chr10	4447683	C-G	HET		OsKitaake10g033125
SBS	Chr10	16192857	G-A	HET		OsKitaake10g108700
SBS	Chr10	19707934	C-T	HET		OsKitaake10g145900
SBS	Chr10	21063312	A-C	HET
SBS	Chr11	6477699	G-T	HET
SBS	Chr11	10368747	T-A	HET
SBS	Chr11	11494609	G-A	HET
SBS	Chr11	24832491	T-A	HET
SBS	Chr12	1395304	T-C	HET
SBS	Chr12	1962883	G-T	HET
SBS	Chr12	2283512	G-A	HET
SBS	Chr12	4644775	G-A	HET
SBS	Chr12	12537385	G-A	HOMO
SBS	Chr12	22499900	G-T	HOMO		OsKitaake12g176400

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	788417	788417	1
Deletion	Chr6	4407373	4407375	3
Deletion	Chr2	4708379	4708393	15
Deletion	Chr11	6920513	6920522	10
Deletion	Chr9	9427272	9427272	1
Deletion	Chr11	12548588	12548591	4
Deletion	Chr9	14198403	14198405	3	OsKitaake09g095500
Deletion	Chr3	21582902	21582902	1
Deletion	Chr11	22333593	22333594	2
Deletion	Chr2	23022859	23022859	1	2
Deletion	Chr1	25349041	25349041	1
Deletion	Chr3	26987802	26987803	2
Deletion	Chr5	30222992	30222992	1
Deletion	Chr2	30918461	30918461	1
Deletion	Chr1	34925437	34925438	2
Deletion	Chr1	42333499	42333584	86

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	2048914	2049005
Inversion	Chr10	21606242	21777839
Inversion	Chr4	25786804	26534515	OsKitaake04g190500
Inversion	Chr4	25786811	26534514	OsKitaake04g190500
Inversion	Chr2	26505082	26505344

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes