Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4524-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4524-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5275916 G-A HET
SBS Chr1 33839493 G-T HET
SBS Chr2 6729191 G-A HET
SBS Chr2 6729192 C-T HET
SBS Chr2 10322065 A-G HET
SBS Chr2 21511853 A-G HET
SBS Chr2 26746645 C-G HET
SBS Chr3 29756887 C-T HET
SBS Chr3 30040576 C-T HET
SBS Chr3 30084677 A-G HOMO
SBS Chr3 33765690 T-C HET
SBS Chr4 17693064 G-A HOMO
SBS Chr4 22731230 T-A HET
SBS Chr5 946568 T-C HET
SBS Chr5 17435293 T-G HET
SBS Chr5 22520877 C-A HET OsKitaake05g184400
SBS Chr5 23160948 G-A HET
SBS Chr5 26605882 G-A HET
SBS Chr6 28518354 G-C HOMO
SBS Chr8 15038893 A-G HOMO
SBS Chr8 19211664 T-G HET
SBS Chr8 20590441 T-A HET
SBS Chr8 24608479 G-A HET
SBS Chr9 7179467 G-T HOMO OsKitaake09g041800
SBS Chr9 10342497 A-C HOMO
SBS Chr9 19880879 A-C HET
SBS Chr10 1281172 G-T HET
SBS Chr10 1281173 C-A HET
SBS Chr10 2707717 G-T HET
SBS Chr10 18412741 T-C HET
SBS Chr10 21080685 G-A HET
SBS Chr11 1887249 T-A HET
SBS Chr11 12759079 G-A HET
SBS Chr11 16975464 C-T HET
SBS Chr11 19718048 A-G HET
SBS Chr11 27978696 C-G HOMO
SBS Chr12 4545616 A-G HET
SBS Chr12 9868782 G-T HET

Deletions: 13

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr10 1564001 1824000 260000 26
Deletion Chr10 1829001 1948000 119000 18
Deletion Chr2 9029001 9251000 222000 20
Deletion Chr2 9262001 9344000 82000 5
Deletion Chr11 12353449 12353449 1
Deletion Chr2 13264212 13264212 1
Deletion Chr8 17919247 17919259 13
Deletion Chr10 19397001 19511000 114000 17
Deletion Chr10 19652001 19681000 29000 5
Deletion Chr4 23084252 23084256 5
Deletion Chr5 25470716 25470721 6 OsKitaake05g222700
Deletion Chr7 26270218 26270218 1 OsKitaake07g241500
Deletion Chr11 26331508 26331508 1

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 5407821 5407823 1
Insertion Chr5 20407271 20407273 1
Insertion Chr7 1462958 1462960 1
Insertion Chr8 9642339 9642341 1
Insertion Chr10 2385710 2385712 1
Insertion Chr1 4274557 4274559 1
Insertion Chr3 35295555 35295557 1

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr8 8330747 8330900
Inversion Chr2 11435055 11435164
Inversion Chr10 19398743 19652049
Inversion Chr10 19510567 19681470
Inversion Chr12 21288344 21288460
Inversion Chr1 33301774 33301951 OsKitaake01g340100

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr10 21566301 Chr1 31423972
Translocation Chr10 21566304 Chr1 31423976
Translocation Chr5 28112541 Chr2 11434110

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5275916	G-A	HET
SBS	Chr1	33839493	G-T	HET
SBS	Chr2	6729191	G-A	HET
SBS	Chr2	6729192	C-T	HET
SBS	Chr2	10322065	A-G	HET
SBS	Chr2	21511853	A-G	HET
SBS	Chr2	26746645	C-G	HET
SBS	Chr3	29756887	C-T	HET
SBS	Chr3	30040576	C-T	HET
SBS	Chr3	30084677	A-G	HOMO
SBS	Chr3	33765690	T-C	HET
SBS	Chr4	17693064	G-A	HOMO
SBS	Chr4	22731230	T-A	HET
SBS	Chr5	946568	T-C	HET
SBS	Chr5	17435293	T-G	HET
SBS	Chr5	22520877	C-A	HET		OsKitaake05g184400
SBS	Chr5	23160948	G-A	HET
SBS	Chr5	26605882	G-A	HET
SBS	Chr6	28518354	G-C	HOMO
SBS	Chr8	15038893	A-G	HOMO
SBS	Chr8	19211664	T-G	HET
SBS	Chr8	20590441	T-A	HET
SBS	Chr8	24608479	G-A	HET
SBS	Chr9	7179467	G-T	HOMO		OsKitaake09g041800
SBS	Chr9	10342497	A-C	HOMO
SBS	Chr9	19880879	A-C	HET
SBS	Chr10	1281172	G-T	HET
SBS	Chr10	1281173	C-A	HET
SBS	Chr10	2707717	G-T	HET
SBS	Chr10	18412741	T-C	HET
SBS	Chr10	21080685	G-A	HET
SBS	Chr11	1887249	T-A	HET
SBS	Chr11	12759079	G-A	HET
SBS	Chr11	16975464	C-T	HET
SBS	Chr11	19718048	A-G	HET
SBS	Chr11	27978696	C-G	HOMO
SBS	Chr12	4545616	A-G	HET
SBS	Chr12	9868782	G-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1564001	1824000	260000	26
Deletion	Chr10	1829001	1948000	119000	18
Deletion	Chr2	9029001	9251000	222000	20
Deletion	Chr2	9262001	9344000	82000	5
Deletion	Chr11	12353449	12353449	1
Deletion	Chr2	13264212	13264212	1
Deletion	Chr8	17919247	17919259	13
Deletion	Chr10	19397001	19511000	114000	17
Deletion	Chr10	19652001	19681000	29000	5
Deletion	Chr4	23084252	23084256	5
Deletion	Chr5	25470716	25470721	6	OsKitaake05g222700
Deletion	Chr7	26270218	26270218	1	OsKitaake07g241500
Deletion	Chr11	26331508	26331508	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	8330747	8330900
Inversion	Chr2	11435055	11435164
Inversion	Chr10	19398743	19652049
Inversion	Chr10	19510567	19681470
Inversion	Chr12	21288344	21288460
Inversion	Chr1	33301774	33301951	OsKitaake01g340100

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes