Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4528-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4528-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 21366766 G-A HET
SBS Chr2 32420590 C-G HET
SBS Chr3 5741273 G-A HOMO
SBS Chr3 22884490 G-T HET
SBS Chr3 27805354 C-A HET
SBS Chr4 7348699 C-T HOMO
SBS Chr4 18955389 T-C HET
SBS Chr4 24656254 C-G HOMO
SBS Chr4 29791072 A-G HET
SBS Chr4 33918637 G-T HET
SBS Chr5 6035524 G-C HET
SBS Chr5 15542985 G-A HOMO
SBS Chr5 21371701 C-T HET
SBS Chr5 25213967 T-C HOMO
SBS Chr6 24186196 G-A HET
SBS Chr6 29599615 T-C HOMO
SBS Chr7 6229939 T-C HET
SBS Chr9 10910650 C-T HOMO
SBS Chr9 11305094 A-G HET
SBS Chr9 15712203 C-A HET OsKitaake09g111500
SBS Chr10 3329673 T-A HET
SBS Chr10 5540106 T-A HOMO
SBS Chr10 6106159 A-G HET
SBS Chr10 6601627 G-A HOMO
SBS Chr10 12175655 C-T HET
SBS Chr10 19223636 C-T HET
SBS Chr11 4015621 C-T HET
SBS Chr11 7329832 C-A HET
SBS Chr11 9749215 G-T HET
SBS Chr11 13364442 G-T HET
SBS Chr11 17371542 T-A HET OsKitaake11g135900
SBS Chr11 18110280 A-G HET
SBS Chr11 20011391 A-T HET
SBS Chr12 5070732 G-A HET
SBS Chr12 9407362 T-C HET
SBS Chr12 24539438 T-C HET

Deletions: 14

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr2 241129 241129 1
Deletion Chr12 1318741 1318741 1
Deletion Chr11 8469460 8469460 1
Deletion Chr5 9640367 9640433 67
Deletion Chr11 12296909 12296910 2
Deletion Chr2 13837961 13837962 2
Deletion Chr8 16346308 16346309 2
Deletion Chr3 17106513 17106513 1 2
Deletion Chr8 18966895 18966901 7
Deletion Chr3 19733725 19733727 3
Deletion Chr1 20296917 20296917 1
Deletion Chr5 22036989 22036999 11
Deletion Chr2 22055133 22055218 86
Deletion Chr11 27115525 27115525 1

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 5104733 5104735 1
Insertion Chr4 14758703 14758706 2
Insertion Chr4 19017394 19017396 1
Insertion Chr7 6223486 6223488 1
Insertion Chr11 1159724 1159729 4
Insertion Chr7 10083579 10083581 1
Insertion Chr10 10465251 10465255 3

Inversions: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr12 1362756 1362913
Inversion Chr1 12353438 12353593
Inversion Chr10 19980098 20005991
Inversion Chr10 19980128 20005991

Translocations: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr10 20375733 Chr5 24668940

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21366766	G-A	HET
SBS	Chr2	32420590	C-G	HET
SBS	Chr3	5741273	G-A	HOMO
SBS	Chr3	22884490	G-T	HET
SBS	Chr3	27805354	C-A	HET
SBS	Chr4	7348699	C-T	HOMO
SBS	Chr4	18955389	T-C	HET
SBS	Chr4	24656254	C-G	HOMO
SBS	Chr4	29791072	A-G	HET
SBS	Chr4	33918637	G-T	HET
SBS	Chr5	6035524	G-C	HET
SBS	Chr5	15542985	G-A	HOMO
SBS	Chr5	21371701	C-T	HET
SBS	Chr5	25213967	T-C	HOMO
SBS	Chr6	24186196	G-A	HET
SBS	Chr6	29599615	T-C	HOMO
SBS	Chr7	6229939	T-C	HET
SBS	Chr9	10910650	C-T	HOMO
SBS	Chr9	11305094	A-G	HET
SBS	Chr9	15712203	C-A	HET		OsKitaake09g111500
SBS	Chr10	3329673	T-A	HET
SBS	Chr10	5540106	T-A	HOMO
SBS	Chr10	6106159	A-G	HET
SBS	Chr10	6601627	G-A	HOMO
SBS	Chr10	12175655	C-T	HET
SBS	Chr10	19223636	C-T	HET
SBS	Chr11	4015621	C-T	HET
SBS	Chr11	7329832	C-A	HET
SBS	Chr11	9749215	G-T	HET
SBS	Chr11	13364442	G-T	HET
SBS	Chr11	17371542	T-A	HET		OsKitaake11g135900
SBS	Chr11	18110280	A-G	HET
SBS	Chr11	20011391	A-T	HET
SBS	Chr12	5070732	G-A	HET
SBS	Chr12	9407362	T-C	HET
SBS	Chr12	24539438	T-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	241129	241129	1
Deletion	Chr12	1318741	1318741	1
Deletion	Chr11	8469460	8469460	1
Deletion	Chr5	9640367	9640433	67
Deletion	Chr11	12296909	12296910	2
Deletion	Chr2	13837961	13837962	2
Deletion	Chr8	16346308	16346309	2
Deletion	Chr3	17106513	17106513	1	2
Deletion	Chr8	18966895	18966901	7
Deletion	Chr3	19733725	19733727	3
Deletion	Chr1	20296917	20296917	1
Deletion	Chr5	22036989	22036999	11
Deletion	Chr2	22055133	22055218	86
Deletion	Chr11	27115525	27115525	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	1362756	1362913
Inversion	Chr1	12353438	12353593
Inversion	Chr10	19980098	20005991
Inversion	Chr10	19980128	20005991

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes