Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4533-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4533-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 7249942 T-A HET
SBS Chr1 12695932 G-A HOMO
SBS Chr1 15261867 T-C HET
SBS Chr1 21966438 C-G HOMO
SBS Chr1 35314345 C-T HET
SBS Chr1 37589175 C-T HET
SBS Chr2 9740089 T-A HET
SBS Chr2 18184943 A-T HET
SBS Chr2 18273894 T-C HET
SBS Chr2 19941453 T-C HET
SBS Chr2 32010456 G-A HOMO
SBS Chr3 2171431 G-T HOMO
SBS Chr3 10460770 C-A HET
SBS Chr3 22446261 A-G HET
SBS Chr3 23415582 T-C HET
SBS Chr3 33919900 C-T HET
SBS Chr4 3502811 A-G HET
SBS Chr4 5880442 T-A HET
SBS Chr4 10810884 T-G HET
SBS Chr4 11440450 G-A HET
SBS Chr4 11567474 G-A HET
SBS Chr4 25839012 C-T HET
SBS Chr4 28998242 G-C HET
SBS Chr4 34486659 G-T HET
SBS Chr5 3658153 C-T HET
SBS Chr5 15398121 G-A HOMO
SBS Chr5 22150212 A-T HOMO OsKitaake05g181200
SBS Chr5 24893518 T-C HET
SBS Chr5 30247262 A-G HET
SBS Chr6 15558477 C-T HET
SBS Chr6 18053179 C-T HET
SBS Chr6 18907718 G-A HET
SBS Chr6 21480670 C-A HET
SBS Chr6 28250702 G-A HET
SBS Chr6 29851185 G-T HET
SBS Chr7 4248813 G-C HET
SBS Chr7 9772384 C-T HET
SBS Chr7 17463204 G-C HET
SBS Chr7 21379201 A-G HOMO
SBS Chr7 28854844 G-A HET
SBS Chr8 2668037 T-A HOMO
SBS Chr8 17675514 G-A HET OsKitaake08g132350
SBS Chr8 18733639 G-T HET
SBS Chr8 21341079 A-T HOMO
SBS Chr8 25730818 C-G HET
SBS Chr9 4303880 G-A HOMO
SBS Chr9 11168245 T-C HOMO OsKitaake09g069700
SBS Chr9 14071422 G-A HET
SBS Chr10 12241082 G-A HET
SBS Chr11 6992285 G-C HET
SBS Chr11 21712100 T-C HOMO
SBS Chr12 10785515 T-A HOMO
SBS Chr12 11174286 T-A HET
SBS Chr12 12140470 T-C HET
SBS Chr12 12299676 C-T HOMO
SBS Chr12 14433830 G-T HET
SBS Chr12 22961322 A-T HET
SBS Chr12 23758655 C-T HET

Deletions: 23

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr2 1266523 1266523 1
Deletion Chr12 2133465 2133465 1
Deletion Chr1 2650001 2707000 57000 6
Deletion Chr10 4115692 4115692 1
Deletion Chr9 5355359 5355361 3
Deletion Chr1 5432555 5432555 1
Deletion Chr5 5865817 5865818 2
Deletion Chr2 7487076 7487076 1
Deletion Chr12 9881601 9881601 1
Deletion Chr4 12188001 12233000 45000 3
Deletion Chr7 12257001 12319000 62000 OsKitaake07g109700
Deletion Chr1 16209001 16220000 11000
Deletion Chr1 16552804 16552804 1
Deletion Chr11 16777734 16777736 3
Deletion Chr1 16820001 16862000 42000 OsKitaake01g178333
Deletion Chr7 16994105 16994106 2
Deletion Chr9 18313421 18313421 1
Deletion Chr5 21364771 21364777 7
Deletion Chr2 22117595 22117595 1
Deletion Chr5 22466953 22466958 6
Deletion Chr8 25980969 25980969 1
Deletion Chr4 28541969 28541980 12
Deletion Chr2 36346066 36346066 1

Insertions: 3

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr6 14001384 14001439 54
Insertion Chr3 14428625 14428628 2
Insertion Chr9 15981561 15981563 1

Inversions: 9

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr1 15486868 16208812
Inversion Chr1 16219843 16861694
Inversion Chr1 16276338 16463690 OsKitaake01g175100
Inversion Chr1 16276343 17089700 OsKitaake01g175100
Inversion Chr6 18490093 18497659
Inversion Chr6 18497692 18701740
Inversion Chr11 28586059 29079160 OsKitaake11g234100
Inversion Chr11 28586064 29079167 OsKitaake11g234100
Inversion Chr1 41197089 41197319

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7249942	T-A	HET
SBS	Chr1	12695932	G-A	HOMO
SBS	Chr1	15261867	T-C	HET
SBS	Chr1	21966438	C-G	HOMO
SBS	Chr1	35314345	C-T	HET
SBS	Chr1	37589175	C-T	HET
SBS	Chr2	9740089	T-A	HET
SBS	Chr2	18184943	A-T	HET
SBS	Chr2	18273894	T-C	HET
SBS	Chr2	19941453	T-C	HET
SBS	Chr2	32010456	G-A	HOMO
SBS	Chr3	2171431	G-T	HOMO
SBS	Chr3	10460770	C-A	HET
SBS	Chr3	22446261	A-G	HET
SBS	Chr3	23415582	T-C	HET
SBS	Chr3	33919900	C-T	HET
SBS	Chr4	3502811	A-G	HET
SBS	Chr4	5880442	T-A	HET
SBS	Chr4	10810884	T-G	HET
SBS	Chr4	11440450	G-A	HET
SBS	Chr4	11567474	G-A	HET
SBS	Chr4	25839012	C-T	HET
SBS	Chr4	28998242	G-C	HET
SBS	Chr4	34486659	G-T	HET
SBS	Chr5	3658153	C-T	HET
SBS	Chr5	15398121	G-A	HOMO
SBS	Chr5	22150212	A-T	HOMO		OsKitaake05g181200
SBS	Chr5	24893518	T-C	HET
SBS	Chr5	30247262	A-G	HET
SBS	Chr6	15558477	C-T	HET
SBS	Chr6	18053179	C-T	HET
SBS	Chr6	18907718	G-A	HET
SBS	Chr6	21480670	C-A	HET
SBS	Chr6	28250702	G-A	HET
SBS	Chr6	29851185	G-T	HET
SBS	Chr7	4248813	G-C	HET
SBS	Chr7	9772384	C-T	HET
SBS	Chr7	17463204	G-C	HET
SBS	Chr7	21379201	A-G	HOMO
SBS	Chr7	28854844	G-A	HET
SBS	Chr8	2668037	T-A	HOMO
SBS	Chr8	17675514	G-A	HET		OsKitaake08g132350
SBS	Chr8	18733639	G-T	HET
SBS	Chr8	21341079	A-T	HOMO
SBS	Chr8	25730818	C-G	HET
SBS	Chr9	4303880	G-A	HOMO
SBS	Chr9	11168245	T-C	HOMO		OsKitaake09g069700
SBS	Chr9	14071422	G-A	HET
SBS	Chr10	12241082	G-A	HET
SBS	Chr11	6992285	G-C	HET
SBS	Chr11	21712100	T-C	HOMO
SBS	Chr12	10785515	T-A	HOMO
SBS	Chr12	11174286	T-A	HET
SBS	Chr12	12140470	T-C	HET
SBS	Chr12	12299676	C-T	HOMO
SBS	Chr12	14433830	G-T	HET
SBS	Chr12	22961322	A-T	HET
SBS	Chr12	23758655	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1266523	1266523	1
Deletion	Chr12	2133465	2133465	1
Deletion	Chr1	2650001	2707000	57000	6
Deletion	Chr10	4115692	4115692	1
Deletion	Chr9	5355359	5355361	3
Deletion	Chr1	5432555	5432555	1
Deletion	Chr5	5865817	5865818	2
Deletion	Chr2	7487076	7487076	1
Deletion	Chr12	9881601	9881601	1
Deletion	Chr4	12188001	12233000	45000	3
Deletion	Chr7	12257001	12319000	62000	OsKitaake07g109700
Deletion	Chr1	16209001	16220000	11000
Deletion	Chr1	16552804	16552804	1
Deletion	Chr11	16777734	16777736	3
Deletion	Chr1	16820001	16862000	42000	OsKitaake01g178333
Deletion	Chr7	16994105	16994106	2
Deletion	Chr9	18313421	18313421	1
Deletion	Chr5	21364771	21364777	7
Deletion	Chr2	22117595	22117595	1
Deletion	Chr5	22466953	22466958	6
Deletion	Chr8	25980969	25980969	1
Deletion	Chr4	28541969	28541980	12
Deletion	Chr2	36346066	36346066	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	15486868	16208812
Inversion	Chr1	16219843	16861694
Inversion	Chr1	16276338	16463690	OsKitaake01g175100
Inversion	Chr1	16276343	17089700	OsKitaake01g175100
Inversion	Chr6	18490093	18497659
Inversion	Chr6	18497692	18701740
Inversion	Chr11	28586059	29079160	OsKitaake11g234100
Inversion	Chr11	28586064	29079167	OsKitaake11g234100
Inversion	Chr1	41197089	41197319

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes