Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4539-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4539-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 6995122 A-G HET
SBS Chr1 10753407 C-G HET
SBS Chr1 27063109 C-G HET
SBS Chr1 30202899 T-A HET
SBS Chr2 4031852 C-T HET
SBS Chr2 15135830 T-C HET
SBS Chr2 25606123 T-A HOMO
SBS Chr3 2384556 T-C HET
SBS Chr3 2384559 G-A HET
SBS Chr3 13183413 G-A HET
SBS Chr3 15847580 A-T HET
SBS Chr3 21726683 A-G HET
SBS Chr3 23614190 G-T HET
SBS Chr3 30442755 C-T HOMO
SBS Chr4 9346294 A-C HET
SBS Chr4 12024642 A-G HET
SBS Chr4 21733984 A-G HET
SBS Chr4 23494908 C-T HET OsKitaake04g146100
SBS Chr4 29692381 C-T HOMO
SBS Chr4 29696461 G-C HOMO
SBS Chr5 707747 C-T HET
SBS Chr5 1114196 C-T HET
SBS Chr5 2924466 A-G HOMO
SBS Chr5 20485710 G-C HOMO
SBS Chr5 20579065 T-C HET
SBS Chr5 29759262 G-T HET
SBS Chr7 3579891 C-G HOMO
SBS Chr7 8064122 T-C HET
SBS Chr7 8296548 C-A HET
SBS Chr7 9456268 C-T HET
SBS Chr7 10409451 C-A HET
SBS Chr7 24782980 C-A HET OsKitaake07g220900
SBS Chr8 2571973 A-C HET
SBS Chr8 7640606 C-A HET
SBS Chr8 7967810 G-A HET
SBS Chr8 11006661 G-T HET
SBS Chr8 16287519 A-G HET
SBS Chr8 24991427 T-G HOMO
SBS Chr9 14266515 G-A HET
SBS Chr9 16613397 G-T HET
SBS Chr9 18105135 A-T HOMO
SBS Chr10 1794150 G-T HET
SBS Chr10 9118814 A-T HET
SBS Chr10 12259720 T-A HET
SBS Chr10 12528327 C-T HOMO
SBS Chr10 13154907 C-T HET
SBS Chr10 22125943 C-T HET
SBS Chr10 23682703 G-A HET
SBS Chr11 10805168 C-T HET
SBS Chr11 14594149 C-T HET
SBS Chr11 21329301 C-A HET OsKitaake11g168700
SBS Chr11 23264544 G-T HOMO
SBS Chr11 27338211 G-A HET
SBS Chr11 27703788 G-A HET
SBS Chr12 3705478 G-T HET
SBS Chr12 11618092 G-A HET
SBS Chr12 21656509 G-T HOMO
SBS Chr12 25107602 G-A HET

Deletions: 21

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr9 2255895 2255903 9
Deletion Chr3 2508941 2508941 1 OsKitaake03g035500
Deletion Chr6 5794566 5794566 1
Deletion Chr12 8415073 8415073 1
Deletion Chr4 10396607 10396607 1
Deletion Chr12 11920664 11920670 7
Deletion Chr2 13895574 13895574 1
Deletion Chr12 17051001 17075000 24000 OsKitaake12g125900
Deletion Chr12 17078001 17093000 15000
Deletion Chr9 17234030 17234038 9
Deletion Chr10 17458603 17458603 1 OsKitaake10g119100
Deletion Chr12 17661823 17661840 18
Deletion Chr2 20752323 20752324 2
Deletion Chr5 23150001 23217000 67000 5
Deletion Chr7 23506001 23515000 9000 OsKitaake07g206000
Deletion Chr7 24274413 24274413 1
Deletion Chr1 24726356 24726364 9
Deletion Chr4 25568151 25568151 1 OsKitaake04g176500
Deletion Chr4 25725455 25725455 1
Deletion Chr3 28689680 28689681 2
Deletion Chr3 31411400 31411410 11

Insertions: 10

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 19395373 19395375 1
Insertion Chr2 19257882 19257885 2
Insertion Chr3 20714897 20714899 1
Insertion Chr8 848825 848827 1
Insertion Chr8 16153645 16153647 1
Insertion Chr12 8186932 8186935 2
Insertion Chr1 3340305 3340312 6
Insertion Chr2 7259037 7259039 1
Insertion Chr3 5994191 5994193 1
Insertion Chr12 8638380 8638382 1

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr10 769702 1055729 OsKitaake10g007700
Inversion Chr10 769743 1055732 OsKitaake10g007700
Inversion Chr3 4539524 5113970 2
Inversion Chr3 4539531 5113974 2
Inversion Chr3 37704257 37704520 OsKitaake03g423700

Translocations: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr5 23207602 Chr3 14306699
Translocation Chr5 23217233 Chr3 14306695 OsKitaake05g193700

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6995122	A-G	HET
SBS	Chr1	10753407	C-G	HET
SBS	Chr1	27063109	C-G	HET
SBS	Chr1	30202899	T-A	HET
SBS	Chr2	4031852	C-T	HET
SBS	Chr2	15135830	T-C	HET
SBS	Chr2	25606123	T-A	HOMO
SBS	Chr3	2384556	T-C	HET
SBS	Chr3	2384559	G-A	HET
SBS	Chr3	13183413	G-A	HET
SBS	Chr3	15847580	A-T	HET
SBS	Chr3	21726683	A-G	HET
SBS	Chr3	23614190	G-T	HET
SBS	Chr3	30442755	C-T	HOMO
SBS	Chr4	9346294	A-C	HET
SBS	Chr4	12024642	A-G	HET
SBS	Chr4	21733984	A-G	HET
SBS	Chr4	23494908	C-T	HET		OsKitaake04g146100
SBS	Chr4	29692381	C-T	HOMO
SBS	Chr4	29696461	G-C	HOMO
SBS	Chr5	707747	C-T	HET
SBS	Chr5	1114196	C-T	HET
SBS	Chr5	2924466	A-G	HOMO
SBS	Chr5	20485710	G-C	HOMO
SBS	Chr5	20579065	T-C	HET
SBS	Chr5	29759262	G-T	HET
SBS	Chr7	3579891	C-G	HOMO
SBS	Chr7	8064122	T-C	HET
SBS	Chr7	8296548	C-A	HET
SBS	Chr7	9456268	C-T	HET
SBS	Chr7	10409451	C-A	HET
SBS	Chr7	24782980	C-A	HET		OsKitaake07g220900
SBS	Chr8	2571973	A-C	HET
SBS	Chr8	7640606	C-A	HET
SBS	Chr8	7967810	G-A	HET
SBS	Chr8	11006661	G-T	HET
SBS	Chr8	16287519	A-G	HET
SBS	Chr8	24991427	T-G	HOMO
SBS	Chr9	14266515	G-A	HET
SBS	Chr9	16613397	G-T	HET
SBS	Chr9	18105135	A-T	HOMO
SBS	Chr10	1794150	G-T	HET
SBS	Chr10	9118814	A-T	HET
SBS	Chr10	12259720	T-A	HET
SBS	Chr10	12528327	C-T	HOMO
SBS	Chr10	13154907	C-T	HET
SBS	Chr10	22125943	C-T	HET
SBS	Chr10	23682703	G-A	HET
SBS	Chr11	10805168	C-T	HET
SBS	Chr11	14594149	C-T	HET
SBS	Chr11	21329301	C-A	HET		OsKitaake11g168700
SBS	Chr11	23264544	G-T	HOMO
SBS	Chr11	27338211	G-A	HET
SBS	Chr11	27703788	G-A	HET
SBS	Chr12	3705478	G-T	HET
SBS	Chr12	11618092	G-A	HET
SBS	Chr12	21656509	G-T	HOMO
SBS	Chr12	25107602	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2255895	2255903	9
Deletion	Chr3	2508941	2508941	1	OsKitaake03g035500
Deletion	Chr6	5794566	5794566	1
Deletion	Chr12	8415073	8415073	1
Deletion	Chr4	10396607	10396607	1
Deletion	Chr12	11920664	11920670	7
Deletion	Chr2	13895574	13895574	1
Deletion	Chr12	17051001	17075000	24000	OsKitaake12g125900
Deletion	Chr12	17078001	17093000	15000
Deletion	Chr9	17234030	17234038	9
Deletion	Chr10	17458603	17458603	1	OsKitaake10g119100
Deletion	Chr12	17661823	17661840	18
Deletion	Chr2	20752323	20752324	2
Deletion	Chr5	23150001	23217000	67000	5
Deletion	Chr7	23506001	23515000	9000	OsKitaake07g206000
Deletion	Chr7	24274413	24274413	1
Deletion	Chr1	24726356	24726364	9
Deletion	Chr4	25568151	25568151	1	OsKitaake04g176500
Deletion	Chr4	25725455	25725455	1
Deletion	Chr3	28689680	28689681	2
Deletion	Chr3	31411400	31411410	11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	769702	1055729	OsKitaake10g007700
Inversion	Chr10	769743	1055732	OsKitaake10g007700
Inversion	Chr3	4539524	5113970	2
Inversion	Chr3	4539531	5113974	2
Inversion	Chr3	37704257	37704520	OsKitaake03g423700

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes