Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4540-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4540-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 6909567 G-A HET
SBS Chr1 10984496 T-A HOMO
SBS Chr1 12425132 A-T HET
SBS Chr1 16704212 G-A HOMO
SBS Chr1 19760236 T-G HOMO
SBS Chr1 21927982 C-T HET
SBS Chr1 22950270 A-T HET
SBS Chr1 23891270 G-A HOMO
SBS Chr1 26975496 A-G HET
SBS Chr1 37544299 A-G HET
SBS Chr2 1517011 T-A HET
SBS Chr2 6084653 C-A HET
SBS Chr2 11747288 T-G HET
SBS Chr2 13110456 A-G HET
SBS Chr2 18025977 C-T HET
SBS Chr2 24818270 T-C HET
SBS Chr2 30485204 G-A HET
SBS Chr3 3786174 G-A HET
SBS Chr3 4204151 G-A HET
SBS Chr3 5203037 C-T HET
SBS Chr3 22165540 C-A HET
SBS Chr3 29378098 C-A HET
SBS Chr4 10598403 C-A HET
SBS Chr4 34545233 A-G HET
SBS Chr5 11984173 C-G HET
SBS Chr6 214481 A-G HET
SBS Chr6 3209621 G-T HOMO
SBS Chr6 3994595 A-T HET
SBS Chr6 5972352 G-A HET
SBS Chr6 13127759 C-G HOMO
SBS Chr6 16455425 T-A HOMO
SBS Chr6 20850113 A-G HET
SBS Chr6 26755672 C-T HET
SBS Chr6 29413179 C-A HET
SBS Chr7 19442519 T-C HET
SBS Chr7 25958140 A-T HET
SBS Chr8 5916124 T-C HET
SBS Chr8 7545702 A-G HET
SBS Chr8 9744722 G-T HET
SBS Chr8 24361017 A-T HET
SBS Chr9 2234185 C-A HOMO
SBS Chr9 2273858 T-C HOMO
SBS Chr9 12945118 C-A HET
SBS Chr9 20714806 A-T HET
SBS Chr9 21959776 T-C HET
SBS Chr10 20625021 A-G HOMO
SBS Chr10 21148176 G-C HET
SBS Chr11 8331347 C-T HET
SBS Chr11 10028077 G-A HET
SBS Chr11 13390953 A-G HET
SBS Chr11 16078606 A-G HET
SBS Chr11 17657571 C-G HET
SBS Chr11 17679108 A-C HET
SBS Chr12 18334356 C-T HET

Deletions: 23

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr11 397138 397141 4 OsKitaake11g004000
Deletion Chr8 591587 591587 1
Deletion Chr3 946932 946932 1
Deletion Chr6 3241510 3241522 13
Deletion Chr1 3859155 3859155 1
Deletion Chr9 5978305 5978312 8
Deletion Chr7 8251455 8251470 16
Deletion Chr6 8775077 8775085 9
Deletion Chr4 11271251 11271256 6
Deletion Chr4 11452506 11452516 11
Deletion Chr8 13077615 13077621 7
Deletion Chr11 14095968 14095970 3
Deletion Chr3 14514688 14514689 2
Deletion Chr7 15425635 15425635 1
Deletion Chr7 16964308 16964308 1
Deletion Chr2 18347001 18383000 36000 2
Deletion Chr10 19452014 19452015 2
Deletion Chr10 20593070 20593083 14
Deletion Chr9 22054404 22054404 1
Deletion Chr2 22320112 22320113 2
Deletion Chr1 22530528 22530529 2 2
Deletion Chr3 28368139 28368139 1 2
Deletion Chr1 38383621 38383621 1

Insertions: 11

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr4 3871268 3871270 1
Insertion Chr6 6126227 6126229 1
Insertion Chr1 7568515 7568518 2
Insertion Chr1 18672685 18672687 1
Insertion Chr2 35931431 35931433 1
Insertion Chr3 5822589 5822592 2
Insertion Chr4 16685572 16685575 2
Insertion Chr4 23739682 23739686 3
Insertion Chr4 31044532 31044534 1 OsKitaake04g241300
Insertion Chr5 16453447 16453455 7
Insertion Chr9 16178982 16178985 2

Inversions: 8

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr12 10615949 10616397
Inversion Chr12 10615950 10616396
Inversion Chr2 14294308 14879028
Inversion Chr2 14879045 15689497
Inversion Chr2 15689470 15765283
Inversion Chr5 22316235 22316435
Inversion Chr1 37379536 38194101
Inversion Chr1 37379537 37541131

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr12 12483721 Chr1 38194110
Translocation Chr12 12484560 Chr1 21734496 OsKitaake01g209800
Translocation Chr2 13104524 Chr1 37544107
Translocation Chr2 13104531 Chr1 37546695 OsKitaake01g400900

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6909567	G-A	HET
SBS	Chr1	10984496	T-A	HOMO
SBS	Chr1	12425132	A-T	HET
SBS	Chr1	16704212	G-A	HOMO
SBS	Chr1	19760236	T-G	HOMO
SBS	Chr1	21927982	C-T	HET
SBS	Chr1	22950270	A-T	HET
SBS	Chr1	23891270	G-A	HOMO
SBS	Chr1	26975496	A-G	HET
SBS	Chr1	37544299	A-G	HET
SBS	Chr2	1517011	T-A	HET
SBS	Chr2	6084653	C-A	HET
SBS	Chr2	11747288	T-G	HET
SBS	Chr2	13110456	A-G	HET
SBS	Chr2	18025977	C-T	HET
SBS	Chr2	24818270	T-C	HET
SBS	Chr2	30485204	G-A	HET
SBS	Chr3	3786174	G-A	HET
SBS	Chr3	4204151	G-A	HET
SBS	Chr3	5203037	C-T	HET
SBS	Chr3	22165540	C-A	HET
SBS	Chr3	29378098	C-A	HET
SBS	Chr4	10598403	C-A	HET
SBS	Chr4	34545233	A-G	HET
SBS	Chr5	11984173	C-G	HET
SBS	Chr6	214481	A-G	HET
SBS	Chr6	3209621	G-T	HOMO
SBS	Chr6	3994595	A-T	HET
SBS	Chr6	5972352	G-A	HET
SBS	Chr6	13127759	C-G	HOMO
SBS	Chr6	16455425	T-A	HOMO
SBS	Chr6	20850113	A-G	HET
SBS	Chr6	26755672	C-T	HET
SBS	Chr6	29413179	C-A	HET
SBS	Chr7	19442519	T-C	HET
SBS	Chr7	25958140	A-T	HET
SBS	Chr8	5916124	T-C	HET
SBS	Chr8	7545702	A-G	HET
SBS	Chr8	9744722	G-T	HET
SBS	Chr8	24361017	A-T	HET
SBS	Chr9	2234185	C-A	HOMO
SBS	Chr9	2273858	T-C	HOMO
SBS	Chr9	12945118	C-A	HET
SBS	Chr9	20714806	A-T	HET
SBS	Chr9	21959776	T-C	HET
SBS	Chr10	20625021	A-G	HOMO
SBS	Chr10	21148176	G-C	HET
SBS	Chr11	8331347	C-T	HET
SBS	Chr11	10028077	G-A	HET
SBS	Chr11	13390953	A-G	HET
SBS	Chr11	16078606	A-G	HET
SBS	Chr11	17657571	C-G	HET
SBS	Chr11	17679108	A-C	HET
SBS	Chr12	18334356	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	397138	397141	4	OsKitaake11g004000
Deletion	Chr8	591587	591587	1
Deletion	Chr3	946932	946932	1
Deletion	Chr6	3241510	3241522	13
Deletion	Chr1	3859155	3859155	1
Deletion	Chr9	5978305	5978312	8
Deletion	Chr7	8251455	8251470	16
Deletion	Chr6	8775077	8775085	9
Deletion	Chr4	11271251	11271256	6
Deletion	Chr4	11452506	11452516	11
Deletion	Chr8	13077615	13077621	7
Deletion	Chr11	14095968	14095970	3
Deletion	Chr3	14514688	14514689	2
Deletion	Chr7	15425635	15425635	1
Deletion	Chr7	16964308	16964308	1
Deletion	Chr2	18347001	18383000	36000	2
Deletion	Chr10	19452014	19452015	2
Deletion	Chr10	20593070	20593083	14
Deletion	Chr9	22054404	22054404	1
Deletion	Chr2	22320112	22320113	2
Deletion	Chr1	22530528	22530529	2	2
Deletion	Chr3	28368139	28368139	1	2
Deletion	Chr1	38383621	38383621	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	10615949	10616397
Inversion	Chr12	10615950	10616396
Inversion	Chr2	14294308	14879028
Inversion	Chr2	14879045	15689497
Inversion	Chr2	15689470	15765283
Inversion	Chr5	22316235	22316435
Inversion	Chr1	37379536	38194101
Inversion	Chr1	37379537	37541131

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes