Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4573-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4573-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 7814285 C-T HET
SBS Chr1 16694343 G-A HET
SBS Chr1 23031484 G-C HET OsKitaake01g219400
SBS Chr1 23823230 A-C HET
SBS Chr1 25905406 A-T HET
SBS Chr1 38910727 C-T HET
SBS Chr2 6353775 T-C HOMO
SBS Chr2 6935898 C-A HOMO
SBS Chr2 24810686 G-A HET
SBS Chr2 26329561 G-A HOMO
SBS Chr2 35637694 C-T HET
SBS Chr2 36911345 C-T HET
SBS Chr3 267758 G-A HET
SBS Chr3 4534524 T-C HET
SBS Chr3 17675355 G-T HET
SBS Chr4 9098685 A-T HOMO
SBS Chr4 11035788 G-A HOMO
SBS Chr4 14134714 T-C HET
SBS Chr4 19228687 G-A HET
SBS Chr4 27202928 T-A HET
SBS Chr5 12470770 G-T HET
SBS Chr5 19280162 T-A HET
SBS Chr5 20494051 G-T HET
SBS Chr5 20494052 C-T HET
SBS Chr5 24440003 T-A HET
SBS Chr5 25271476 C-T HET
SBS Chr5 27571568 G-A HET
SBS Chr6 16707553 C-T HET
SBS Chr6 17440410 C-T HOMO
SBS Chr6 19123911 C-T HET
SBS Chr6 24504582 C-G HET
SBS Chr7 13619283 C-T HET
SBS Chr7 15034140 A-G HOMO
SBS Chr7 27167994 G-A HET
SBS Chr8 2778322 A-G HET
SBS Chr8 3329324 A-C HET
SBS Chr8 22791783 G-T HET
SBS Chr8 25885279 G-A HET
SBS Chr8 26106431 G-A HET
SBS Chr8 26919354 G-C HET
SBS Chr8 28118705 C-T HOMO
SBS Chr8 28505517 C-T HET
SBS Chr10 1650608 T-A HET
SBS Chr10 2650521 A-G HET
SBS Chr10 15435608 G-C HET
SBS Chr10 21918333 G-C HET
SBS Chr11 8868513 G-A HET
SBS Chr11 9007008 A-G HET
SBS Chr11 17751450 G-T HET
SBS Chr12 13477682 T-C HET
SBS Chr12 17966481 T-C HOMO
SBS Chr12 26150580 T-C HET

Deletions: 27

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr8 358113 358119 7
Deletion Chr10 466670 466671 2 2
Deletion Chr8 1242001 1320000 78000 9
Deletion Chr3 2615395 2615395 1 OsKitaake03g037000
Deletion Chr10 5349001 5628000 279000 8
Deletion Chr10 6565258 6565258 1
Deletion Chr10 8658963 8658991 29
Deletion Chr1 9635020 9635024 5
Deletion Chr12 12066068 12066070 3
Deletion Chr12 12094558 12094558 1
Deletion Chr4 13599510 13599510 1
Deletion Chr1 13684134 13684134 1
Deletion Chr9 16144513 16144513 1
Deletion Chr3 16744355 16744394 40
Deletion Chr9 18482327 18482327 1
Deletion Chr12 18806884 18806886 3
Deletion Chr6 20171035 20171038 4
Deletion Chr1 20368269 20368271 3
Deletion Chr5 20690388 20690390 3
Deletion Chr3 23883047 23883069 23
Deletion Chr5 23945247 23945247 1
Deletion Chr5 24140464 24140475 12
Deletion Chr5 24651723 24651724 2
Deletion Chr7 24748011 24748011 1
Deletion Chr12 25533220 25533220 1
Deletion Chr8 29141734 29141737 4
Deletion Chr7 29476001 29684000 208000 21

Insertions: 8

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 24152125 24152127 1
Insertion Chr2 8810751 8810753 1
Insertion Chr5 21558985 21558989 3
Insertion Chr12 25426811 25426814 2
Insertion Chr1 34807225 34807227 1
Insertion Chr3 36129202 36129206 3
Insertion Chr8 5833386 5833388 1
Insertion Chr12 4517627 4517629 1

Inversions: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr8 1133908 1245847
Inversion Chr9 14699726 14699882
Inversion Chr1 15531490 15531646
Inversion Chr12 22261455 22261705

Translocations: 7

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr6 736628 Chr2 23201865 OsKitaake06g007400
Translocation Chr6 736636 Chr2 23202622 OsKitaake06g007400
Translocation Chr8 1133917 Chr1 25923405
Translocation Chr8 1320445 Chr1 25924038 OsKitaake08g016900
Translocation Chr12 6909441 Chr10 3151819
Translocation Chr4 23666784 Chr3 30222087 OsKitaake03g316900
Translocation Chr4 23666787 Chr3 30222192

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7814285	C-T	HET
SBS	Chr1	16694343	G-A	HET
SBS	Chr1	23031484	G-C	HET		OsKitaake01g219400
SBS	Chr1	23823230	A-C	HET
SBS	Chr1	25905406	A-T	HET
SBS	Chr1	38910727	C-T	HET
SBS	Chr2	6353775	T-C	HOMO
SBS	Chr2	6935898	C-A	HOMO
SBS	Chr2	24810686	G-A	HET
SBS	Chr2	26329561	G-A	HOMO
SBS	Chr2	35637694	C-T	HET
SBS	Chr2	36911345	C-T	HET
SBS	Chr3	267758	G-A	HET
SBS	Chr3	4534524	T-C	HET
SBS	Chr3	17675355	G-T	HET
SBS	Chr4	9098685	A-T	HOMO
SBS	Chr4	11035788	G-A	HOMO
SBS	Chr4	14134714	T-C	HET
SBS	Chr4	19228687	G-A	HET
SBS	Chr4	27202928	T-A	HET
SBS	Chr5	12470770	G-T	HET
SBS	Chr5	19280162	T-A	HET
SBS	Chr5	20494051	G-T	HET
SBS	Chr5	20494052	C-T	HET
SBS	Chr5	24440003	T-A	HET
SBS	Chr5	25271476	C-T	HET
SBS	Chr5	27571568	G-A	HET
SBS	Chr6	16707553	C-T	HET
SBS	Chr6	17440410	C-T	HOMO
SBS	Chr6	19123911	C-T	HET
SBS	Chr6	24504582	C-G	HET
SBS	Chr7	13619283	C-T	HET
SBS	Chr7	15034140	A-G	HOMO
SBS	Chr7	27167994	G-A	HET
SBS	Chr8	2778322	A-G	HET
SBS	Chr8	3329324	A-C	HET
SBS	Chr8	22791783	G-T	HET
SBS	Chr8	25885279	G-A	HET
SBS	Chr8	26106431	G-A	HET
SBS	Chr8	26919354	G-C	HET
SBS	Chr8	28118705	C-T	HOMO
SBS	Chr8	28505517	C-T	HET
SBS	Chr10	1650608	T-A	HET
SBS	Chr10	2650521	A-G	HET
SBS	Chr10	15435608	G-C	HET
SBS	Chr10	21918333	G-C	HET
SBS	Chr11	8868513	G-A	HET
SBS	Chr11	9007008	A-G	HET
SBS	Chr11	17751450	G-T	HET
SBS	Chr12	13477682	T-C	HET
SBS	Chr12	17966481	T-C	HOMO
SBS	Chr12	26150580	T-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	358113	358119	7
Deletion	Chr10	466670	466671	2	2
Deletion	Chr8	1242001	1320000	78000	9
Deletion	Chr3	2615395	2615395	1	OsKitaake03g037000
Deletion	Chr10	5349001	5628000	279000	8
Deletion	Chr10	6565258	6565258	1
Deletion	Chr10	8658963	8658991	29
Deletion	Chr1	9635020	9635024	5
Deletion	Chr12	12066068	12066070	3
Deletion	Chr12	12094558	12094558	1
Deletion	Chr4	13599510	13599510	1
Deletion	Chr1	13684134	13684134	1
Deletion	Chr9	16144513	16144513	1
Deletion	Chr3	16744355	16744394	40
Deletion	Chr9	18482327	18482327	1
Deletion	Chr12	18806884	18806886	3
Deletion	Chr6	20171035	20171038	4
Deletion	Chr1	20368269	20368271	3
Deletion	Chr5	20690388	20690390	3
Deletion	Chr3	23883047	23883069	23
Deletion	Chr5	23945247	23945247	1
Deletion	Chr5	24140464	24140475	12
Deletion	Chr5	24651723	24651724	2
Deletion	Chr7	24748011	24748011	1
Deletion	Chr12	25533220	25533220	1
Deletion	Chr8	29141734	29141737	4
Deletion	Chr7	29476001	29684000	208000	21

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	1133908	1245847
Inversion	Chr9	14699726	14699882
Inversion	Chr1	15531490	15531646
Inversion	Chr12	22261455	22261705

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes