Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4575-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4575-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 69

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 13735352 G-A HET OsKitaake01g159400
SBS Chr1 20912115 T-C HET
SBS Chr1 23209524 C-A HET
SBS Chr1 24632482 C-A HET
SBS Chr1 26460729 G-T HET
SBS Chr1 27545767 C-T HET
SBS Chr1 38455575 C-T HET
SBS Chr1 42762390 A-G HET
SBS Chr2 21511674 C-G HET
SBS Chr2 24498819 T-A HET
SBS Chr2 24792260 G-T HET
SBS Chr2 31033518 C-T HET
SBS Chr2 31773434 G-A HET
SBS Chr2 33194068 C-G HET
SBS Chr2 33194069 G-T HET
SBS Chr3 5739844 G-C HET
SBS Chr3 10881694 G-A HET OsKitaake03g149300
SBS Chr3 11610158 A-T HOMO
SBS Chr3 21107542 A-G HET
SBS Chr3 24777046 C-T HET
SBS Chr3 26300308 T-C HET
SBS Chr4 3656796 T-C HET
SBS Chr4 9397531 G-A HET
SBS Chr4 10784534 C-T HET
SBS Chr4 13740856 G-A HET
SBS Chr4 13778248 A-G HET
SBS Chr4 13780663 G-C HET
SBS Chr4 14908611 G-A HET
SBS Chr4 17624828 C-A HET
SBS Chr4 28020465 C-T HET
SBS Chr5 2655717 C-A HET OsKitaake05g030500
SBS Chr5 15189897 G-T HET
SBS Chr5 17790747 T-A HET
SBS Chr5 17790748 C-T HET
SBS Chr5 20916175 C-T HOMO
SBS Chr5 23235683 T-C HOMO
SBS Chr5 23523207 G-T HOMO
SBS Chr6 21700420 A-G HET
SBS Chr6 29419605 G-A HET
SBS Chr6 30046308 G-T HET
SBS Chr6 30046309 C-T HET
SBS Chr6 30827995 G-A HET OsKitaake06g291700
SBS Chr7 142833 G-A HET OsKitaake07g000900
SBS Chr7 5607553 G-A HET
SBS Chr7 8741030 A-T HOMO
SBS Chr7 10581557 T-A HET
SBS Chr8 14309949 T-G HET
SBS Chr8 14309957 C-T HET
SBS Chr8 22965070 T-C HET
SBS Chr9 5391311 T-A HOMO
SBS Chr9 5391312 C-A HOMO
SBS Chr9 5529203 A-G HOMO
SBS Chr9 5585720 T-C HET
SBS Chr9 6535915 T-C HET
SBS Chr9 7360222 A-G HOMO
SBS Chr9 13049722 A-T HET
SBS Chr9 13313801 A-T HET
SBS Chr9 17730608 G-T HET
SBS Chr10 280340 T-C HOMO
SBS Chr10 5439523 C-T HOMO
SBS Chr10 11506864 G-T HET
SBS Chr10 20423533 G-A HOMO
SBS Chr11 6136131 C-G HOMO
SBS Chr11 16865923 C-G HOMO
SBS Chr12 11865432 C-T HET
SBS Chr12 12369306 A-G HET
SBS Chr12 15962495 G-A HET
SBS Chr12 19473471 C-T HOMO
SBS Chr12 26695128 G-A HOMO

Deletions: 21

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr11 1261229 1261236 8
Deletion Chr6 4359049 4359064 16
Deletion Chr1 8470969 8470974 6 OsKitaake01g105700
Deletion Chr1 11600493 11600494 2
Deletion Chr9 12112564 12112569 6
Deletion Chr4 13610502 13610502 1
Deletion Chr4 13766001 13778000 12000
Deletion Chr8 14108001 14153000 45000 5
Deletion Chr8 14743338 14743339 2
Deletion Chr10 16764446 16764446 1
Deletion Chr7 17026681 17026682 2
Deletion Chr9 18121690 18121692 3
Deletion Chr2 19270451 19270451 1
Deletion Chr12 19528882 19528887 6
Deletion Chr12 21954372 21954376 5
Deletion Chr5 22599276 22599294 19
Deletion Chr1 24285712 24285712 1
Deletion Chr4 24341918 24341918 1
Deletion Chr12 25454922 25454922 1
Deletion Chr4 26052097 26052111 15
Deletion Chr3 31612001 31682000 70000 8

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr5 10948133 10948136 2
Insertion Chr2 33758170 33758172 1
Insertion Chr5 5069309 5069314 4
Insertion Chr5 26462192 26462194 1
Insertion Chr8 20306069 20306072 2
Insertion Chr11 15351031 15351033 1
Insertion Chr12 1142950 1142954 3

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr4 774351 876847
Inversion Chr4 774370 832631
Inversion Chr4 16904704 16904902
Inversion Chr6 22262866 22807750
Inversion Chr6 22262883 22807755

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr11 3373013 Chr9 13358585
Translocation Chr11 3373485 Chr9 16687535
Translocation Chr5 7105809 Chr4 876844
Translocation Chr5 7105929 Chr4 774350

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13735352	G-A	HET		OsKitaake01g159400
SBS	Chr1	20912115	T-C	HET
SBS	Chr1	23209524	C-A	HET
SBS	Chr1	24632482	C-A	HET
SBS	Chr1	26460729	G-T	HET
SBS	Chr1	27545767	C-T	HET
SBS	Chr1	38455575	C-T	HET
SBS	Chr1	42762390	A-G	HET
SBS	Chr2	21511674	C-G	HET
SBS	Chr2	24498819	T-A	HET
SBS	Chr2	24792260	G-T	HET
SBS	Chr2	31033518	C-T	HET
SBS	Chr2	31773434	G-A	HET
SBS	Chr2	33194068	C-G	HET
SBS	Chr2	33194069	G-T	HET
SBS	Chr3	5739844	G-C	HET
SBS	Chr3	10881694	G-A	HET		OsKitaake03g149300
SBS	Chr3	11610158	A-T	HOMO
SBS	Chr3	21107542	A-G	HET
SBS	Chr3	24777046	C-T	HET
SBS	Chr3	26300308	T-C	HET
SBS	Chr4	3656796	T-C	HET
SBS	Chr4	9397531	G-A	HET
SBS	Chr4	10784534	C-T	HET
SBS	Chr4	13740856	G-A	HET
SBS	Chr4	13778248	A-G	HET
SBS	Chr4	13780663	G-C	HET
SBS	Chr4	14908611	G-A	HET
SBS	Chr4	17624828	C-A	HET
SBS	Chr4	28020465	C-T	HET
SBS	Chr5	2655717	C-A	HET		OsKitaake05g030500
SBS	Chr5	15189897	G-T	HET
SBS	Chr5	17790747	T-A	HET
SBS	Chr5	17790748	C-T	HET
SBS	Chr5	20916175	C-T	HOMO
SBS	Chr5	23235683	T-C	HOMO
SBS	Chr5	23523207	G-T	HOMO
SBS	Chr6	21700420	A-G	HET
SBS	Chr6	29419605	G-A	HET
SBS	Chr6	30046308	G-T	HET
SBS	Chr6	30046309	C-T	HET
SBS	Chr6	30827995	G-A	HET		OsKitaake06g291700
SBS	Chr7	142833	G-A	HET		OsKitaake07g000900
SBS	Chr7	5607553	G-A	HET
SBS	Chr7	8741030	A-T	HOMO
SBS	Chr7	10581557	T-A	HET
SBS	Chr8	14309949	T-G	HET
SBS	Chr8	14309957	C-T	HET
SBS	Chr8	22965070	T-C	HET
SBS	Chr9	5391311	T-A	HOMO
SBS	Chr9	5391312	C-A	HOMO
SBS	Chr9	5529203	A-G	HOMO
SBS	Chr9	5585720	T-C	HET
SBS	Chr9	6535915	T-C	HET
SBS	Chr9	7360222	A-G	HOMO
SBS	Chr9	13049722	A-T	HET
SBS	Chr9	13313801	A-T	HET
SBS	Chr9	17730608	G-T	HET
SBS	Chr10	280340	T-C	HOMO
SBS	Chr10	5439523	C-T	HOMO
SBS	Chr10	11506864	G-T	HET
SBS	Chr10	20423533	G-A	HOMO
SBS	Chr11	6136131	C-G	HOMO
SBS	Chr11	16865923	C-G	HOMO
SBS	Chr12	11865432	C-T	HET
SBS	Chr12	12369306	A-G	HET
SBS	Chr12	15962495	G-A	HET
SBS	Chr12	19473471	C-T	HOMO
SBS	Chr12	26695128	G-A	HOMO

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1261229	1261236	8
Deletion	Chr6	4359049	4359064	16
Deletion	Chr1	8470969	8470974	6	OsKitaake01g105700
Deletion	Chr1	11600493	11600494	2
Deletion	Chr9	12112564	12112569	6
Deletion	Chr4	13610502	13610502	1
Deletion	Chr4	13766001	13778000	12000
Deletion	Chr8	14108001	14153000	45000	5
Deletion	Chr8	14743338	14743339	2
Deletion	Chr10	16764446	16764446	1
Deletion	Chr7	17026681	17026682	2
Deletion	Chr9	18121690	18121692	3
Deletion	Chr2	19270451	19270451	1
Deletion	Chr12	19528882	19528887	6
Deletion	Chr12	21954372	21954376	5
Deletion	Chr5	22599276	22599294	19
Deletion	Chr1	24285712	24285712	1
Deletion	Chr4	24341918	24341918	1
Deletion	Chr12	25454922	25454922	1
Deletion	Chr4	26052097	26052111	15
Deletion	Chr3	31612001	31682000	70000	8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	774351	876847
Inversion	Chr4	774370	832631
Inversion	Chr4	16904704	16904902
Inversion	Chr6	22262866	22807750
Inversion	Chr6	22262883	22807755

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes