Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4587-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4587-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 27307963 A-G HET
SBS Chr1 30660461 G-T HOMO
SBS Chr1 33994407 G-C HOMO
SBS Chr1 36045678 C-A HOMO
SBS Chr1 36045680 C-A HOMO
SBS Chr1 36049767 A-T HOMO
SBS Chr1 40145770 T-A HET
SBS Chr2 9484364 C-T HOMO
SBS Chr2 10294757 T-C HET
SBS Chr2 17623818 A-T HET
SBS Chr2 24492807 G-A HOMO
SBS Chr2 33942233 C-A HET
SBS Chr2 33942238 G-A HET
SBS Chr2 36514817 G-A HET
SBS Chr3 25772321 T-C HET
SBS Chr3 37459791 T-C HET
SBS Chr4 3712535 T-G HET
SBS Chr4 7496118 A-G HET
SBS Chr4 9862468 T-C HET
SBS Chr4 15763165 C-T HET
SBS Chr4 20228993 G-A HET
SBS Chr4 20751686 C-T HET
SBS Chr4 21736300 G-T HOMO
SBS Chr4 27089267 C-T HOMO
SBS Chr5 8642676 A-G HET
SBS Chr6 929024 G-A HET
SBS Chr6 6482536 G-C HOMO
SBS Chr7 12711710 A-T HET
SBS Chr7 16749931 G-T HET
SBS Chr7 24868013 A-G HET
SBS Chr7 26144152 C-T HET
SBS Chr7 26229232 T-A HOMO
SBS Chr8 4061264 A-T HET
SBS Chr9 20124968 C-T HOMO
SBS Chr11 18201447 G-A HET
SBS Chr11 18521996 G-A HET
SBS Chr11 28588777 C-T HET
SBS Chr12 3705428 C-T HET
SBS Chr12 15617651 T-G HOMO
SBS Chr12 19878516 T-A HOMO
SBS Chr12 26903697 T-A HET

Deletions: 21

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr4 867784 868008 225
Deletion Chr9 3149784 3149784 1
Deletion Chr10 4612132 4612136 5
Deletion Chr7 4820852 4820861 10
Deletion Chr9 7405250 7405250 1
Deletion Chr7 7508203 7508203 1
Deletion Chr3 8340868 8340868 1
Deletion Chr2 9327001 9523000 196000 4
Deletion Chr2 9527001 9601000 74000 5
Deletion Chr8 10591191 10591191 1
Deletion Chr8 10625999 10625999 1
Deletion Chr7 11010598 11010599 2 2
Deletion Chr7 12749852 12749853 2
Deletion Chr1 14286963 14286974 12
Deletion Chr5 15418922 15418929 8
Deletion Chr1 15422836 15422841 6
Deletion Chr11 20020211 20020211 1
Deletion Chr8 21432807 21432807 1
Deletion Chr3 22376001 22545000 169000 10
Deletion Chr3 23862934 23862936 3
Deletion Chr2 27256667 27256667 1

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 196423 196425 1
Insertion Chr6 8378893 8378895 1
Insertion Chr12 16608316 16608318 1
Insertion Chr2 10699739 10699742 2
Insertion Chr5 821856 821859 2
Insertion Chr8 11618758 11618760 1
Insertion Chr8 25330584 25330586 1

Inversions: 1

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr1 19208228 19208449 OsKitaake01g192500

Translocations: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr9 8495404 Chr2 20507312 OsKitaake09g050200
Translocation Chr8 26698001 Chr2 19222860

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	27307963	A-G	HET
SBS	Chr1	30660461	G-T	HOMO
SBS	Chr1	33994407	G-C	HOMO
SBS	Chr1	36045678	C-A	HOMO
SBS	Chr1	36045680	C-A	HOMO
SBS	Chr1	36049767	A-T	HOMO
SBS	Chr1	40145770	T-A	HET
SBS	Chr2	9484364	C-T	HOMO
SBS	Chr2	10294757	T-C	HET
SBS	Chr2	17623818	A-T	HET
SBS	Chr2	24492807	G-A	HOMO
SBS	Chr2	33942233	C-A	HET
SBS	Chr2	33942238	G-A	HET
SBS	Chr2	36514817	G-A	HET
SBS	Chr3	25772321	T-C	HET
SBS	Chr3	37459791	T-C	HET
SBS	Chr4	3712535	T-G	HET
SBS	Chr4	7496118	A-G	HET
SBS	Chr4	9862468	T-C	HET
SBS	Chr4	15763165	C-T	HET
SBS	Chr4	20228993	G-A	HET
SBS	Chr4	20751686	C-T	HET
SBS	Chr4	21736300	G-T	HOMO
SBS	Chr4	27089267	C-T	HOMO
SBS	Chr5	8642676	A-G	HET
SBS	Chr6	929024	G-A	HET
SBS	Chr6	6482536	G-C	HOMO
SBS	Chr7	12711710	A-T	HET
SBS	Chr7	16749931	G-T	HET
SBS	Chr7	24868013	A-G	HET
SBS	Chr7	26144152	C-T	HET
SBS	Chr7	26229232	T-A	HOMO
SBS	Chr8	4061264	A-T	HET
SBS	Chr9	20124968	C-T	HOMO
SBS	Chr11	18201447	G-A	HET
SBS	Chr11	18521996	G-A	HET
SBS	Chr11	28588777	C-T	HET
SBS	Chr12	3705428	C-T	HET
SBS	Chr12	15617651	T-G	HOMO
SBS	Chr12	19878516	T-A	HOMO
SBS	Chr12	26903697	T-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	867784	868008	225
Deletion	Chr9	3149784	3149784	1
Deletion	Chr10	4612132	4612136	5
Deletion	Chr7	4820852	4820861	10
Deletion	Chr9	7405250	7405250	1
Deletion	Chr7	7508203	7508203	1
Deletion	Chr3	8340868	8340868	1
Deletion	Chr2	9327001	9523000	196000	4
Deletion	Chr2	9527001	9601000	74000	5
Deletion	Chr8	10591191	10591191	1
Deletion	Chr8	10625999	10625999	1
Deletion	Chr7	11010598	11010599	2	2
Deletion	Chr7	12749852	12749853	2
Deletion	Chr1	14286963	14286974	12
Deletion	Chr5	15418922	15418929	8
Deletion	Chr1	15422836	15422841	6
Deletion	Chr11	20020211	20020211	1
Deletion	Chr8	21432807	21432807	1
Deletion	Chr3	22376001	22545000	169000	10
Deletion	Chr3	23862934	23862936	3
Deletion	Chr2	27256667	27256667	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	19208228	19208449	OsKitaake01g192500

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes