Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4590-2-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4590-2-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 19089641 A-C HET
SBS Chr1 23694168 C-T HET
SBS Chr1 29369413 A-T HET
SBS Chr1 40194352 G-A HET
SBS Chr1 41728547 T-A HOMO
SBS Chr2 2358037 T-G HET
SBS Chr2 13962580 T-C HET OsKitaake02g150900
SBS Chr2 19296229 C-T HET
SBS Chr2 22235196 A-G HET
SBS Chr3 25677541 G-C HET
SBS Chr3 26350657 G-A HET
SBS Chr4 4830668 T-C HET
SBS Chr4 4866359 C-T HET
SBS Chr4 11479140 C-T HOMO
SBS Chr4 13066209 C-T HOMO
SBS Chr4 13458171 G-A HET
SBS Chr4 18952897 T-C HET
SBS Chr4 28297839 T-A HOMO
SBS Chr5 6093713 G-A HET
SBS Chr5 11967047 C-T HOMO
SBS Chr5 12144273 C-G HET
SBS Chr5 12445322 C-T HET
SBS Chr5 19677684 G-A HET
SBS Chr5 20883142 T-C HET
SBS Chr5 24445757 A-T HET
SBS Chr5 24866858 G-A HET
SBS Chr6 1436821 A-G HET
SBS Chr6 6890603 G-A HET OsKitaake06g089300
SBS Chr6 6890604 G-A HET
SBS Chr6 18586016 G-C HET
SBS Chr7 1695452 G-A HET
SBS Chr7 12492351 G-A HET
SBS Chr7 14396634 C-T HOMO
SBS Chr7 15806003 T-C HET
SBS Chr8 11314598 C-T HOMO
SBS Chr8 13821278 A-C HET
SBS Chr8 17483912 C-T HET
SBS Chr8 19893846 G-A HOMO
SBS Chr9 113006 G-A HOMO
SBS Chr9 6500348 T-C HET
SBS Chr9 6855258 T-C HOMO
SBS Chr10 4592807 C-T HET
SBS Chr10 5813553 T-A HET OsKitaake10g040100
SBS Chr10 6951978 G-A HET
SBS Chr10 12887382 G-A HET
SBS Chr10 16570260 G-T HET
SBS Chr10 16896032 A-G HET
SBS Chr10 19148460 T-C HOMO
SBS Chr11 16137272 C-T HET
SBS Chr11 16137285 C-T HET
SBS Chr11 16137287 A-T HET
SBS Chr11 23574436 A-T HET
SBS Chr11 27056174 C-T HOMO
SBS Chr11 27648075 G-A HET
SBS Chr12 8044671 C-T HOMO
SBS Chr12 8493162 G-T HOMO
SBS Chr12 14225185 G-A HOMO
SBS Chr12 19051634 G-T HET

Deletions: 19

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr3 1916495 1916505 11
Deletion Chr2 4352001 4406000 54000 8
Deletion Chr4 4842887 4842887 1
Deletion Chr5 5226845 5226845 1
Deletion Chr2 6224076 6224076 1
Deletion Chr1 7602597 7602597 1
Deletion Chr8 8082446 8082455 10
Deletion Chr4 11256127 11256130 4
Deletion Chr8 13439270 13439272 3
Deletion Chr9 14069804 14069804 1 2
Deletion Chr7 20074018 20074018 1
Deletion Chr10 20655948 20655948 1
Deletion Chr9 20711590 20711590 1
Deletion Chr3 21139812 21139812 1
Deletion Chr4 21662849 21662849 1
Deletion Chr2 24332900 24332901 2
Deletion Chr3 27980303 27980306 4
Deletion Chr1 27988554 27988555 2
Deletion Chr3 33339181 33339187 7

Insertions: 11

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr2 36163574 36163576 1
Insertion Chr5 8113581 8113583 1
Insertion Chr1 34062116 34062118 1
Insertion Chr3 1018675 1018677 1
Insertion Chr3 5641321 5641323 1
Insertion Chr4 9131283 9131285 1
Insertion Chr5 2837653 2837656 2
Insertion Chr5 10870511 10870513 1
Insertion Chr6 18495365 18495368 2
Insertion Chr8 25041891 25041893 1
Insertion Chr12 4733448 4733450 1

Inversions: 9

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr2 6676174 7428138
Inversion Chr9 7086729 7116659
Inversion Chr2 8680802 9008511
Inversion Chr2 8680827 9008526
Inversion Chr2 12738126 12937774
Inversion Chr2 12738133 12937790
Inversion Chr8 21127181 21127300
Inversion Chr5 21285273 21285359
Inversion Chr4 36780020 36780172

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr9 22103817 Chr6 30700046 2
Translocation Chr11 26939941 Chr9 22103784 OsKitaake09g198800
Translocation Chr11 26940132 Chr6 30700060 OsKitaake06g290000

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19089641	A-C	HET
SBS	Chr1	23694168	C-T	HET
SBS	Chr1	29369413	A-T	HET
SBS	Chr1	40194352	G-A	HET
SBS	Chr1	41728547	T-A	HOMO
SBS	Chr2	2358037	T-G	HET
SBS	Chr2	13962580	T-C	HET		OsKitaake02g150900
SBS	Chr2	19296229	C-T	HET
SBS	Chr2	22235196	A-G	HET
SBS	Chr3	25677541	G-C	HET
SBS	Chr3	26350657	G-A	HET
SBS	Chr4	4830668	T-C	HET
SBS	Chr4	4866359	C-T	HET
SBS	Chr4	11479140	C-T	HOMO
SBS	Chr4	13066209	C-T	HOMO
SBS	Chr4	13458171	G-A	HET
SBS	Chr4	18952897	T-C	HET
SBS	Chr4	28297839	T-A	HOMO
SBS	Chr5	6093713	G-A	HET
SBS	Chr5	11967047	C-T	HOMO
SBS	Chr5	12144273	C-G	HET
SBS	Chr5	12445322	C-T	HET
SBS	Chr5	19677684	G-A	HET
SBS	Chr5	20883142	T-C	HET
SBS	Chr5	24445757	A-T	HET
SBS	Chr5	24866858	G-A	HET
SBS	Chr6	1436821	A-G	HET
SBS	Chr6	6890603	G-A	HET		OsKitaake06g089300
SBS	Chr6	6890604	G-A	HET
SBS	Chr6	18586016	G-C	HET
SBS	Chr7	1695452	G-A	HET
SBS	Chr7	12492351	G-A	HET
SBS	Chr7	14396634	C-T	HOMO
SBS	Chr7	15806003	T-C	HET
SBS	Chr8	11314598	C-T	HOMO
SBS	Chr8	13821278	A-C	HET
SBS	Chr8	17483912	C-T	HET
SBS	Chr8	19893846	G-A	HOMO
SBS	Chr9	113006	G-A	HOMO
SBS	Chr9	6500348	T-C	HET
SBS	Chr9	6855258	T-C	HOMO
SBS	Chr10	4592807	C-T	HET
SBS	Chr10	5813553	T-A	HET		OsKitaake10g040100
SBS	Chr10	6951978	G-A	HET
SBS	Chr10	12887382	G-A	HET
SBS	Chr10	16570260	G-T	HET
SBS	Chr10	16896032	A-G	HET
SBS	Chr10	19148460	T-C	HOMO
SBS	Chr11	16137272	C-T	HET
SBS	Chr11	16137285	C-T	HET
SBS	Chr11	16137287	A-T	HET
SBS	Chr11	23574436	A-T	HET
SBS	Chr11	27056174	C-T	HOMO
SBS	Chr11	27648075	G-A	HET
SBS	Chr12	8044671	C-T	HOMO
SBS	Chr12	8493162	G-T	HOMO
SBS	Chr12	14225185	G-A	HOMO
SBS	Chr12	19051634	G-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1916495	1916505	11
Deletion	Chr2	4352001	4406000	54000	8
Deletion	Chr4	4842887	4842887	1
Deletion	Chr5	5226845	5226845	1
Deletion	Chr2	6224076	6224076	1
Deletion	Chr1	7602597	7602597	1
Deletion	Chr8	8082446	8082455	10
Deletion	Chr4	11256127	11256130	4
Deletion	Chr8	13439270	13439272	3
Deletion	Chr9	14069804	14069804	1	2
Deletion	Chr7	20074018	20074018	1
Deletion	Chr10	20655948	20655948	1
Deletion	Chr9	20711590	20711590	1
Deletion	Chr3	21139812	21139812	1
Deletion	Chr4	21662849	21662849	1
Deletion	Chr2	24332900	24332901	2
Deletion	Chr3	27980303	27980306	4
Deletion	Chr1	27988554	27988555	2
Deletion	Chr3	33339181	33339187	7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	6676174	7428138
Inversion	Chr9	7086729	7116659
Inversion	Chr2	8680802	9008511
Inversion	Chr2	8680827	9008526
Inversion	Chr2	12738126	12937774
Inversion	Chr2	12738133	12937790
Inversion	Chr8	21127181	21127300
Inversion	Chr5	21285273	21285359
Inversion	Chr4	36780020	36780172

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes