Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4593-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4593-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 3356854 T-G HOMO
SBS Chr1 4803272 C-T HET OsKitaake01g064100
SBS Chr1 14279835 C-G HET
SBS Chr1 30040799 A-T HET
SBS Chr1 32973007 G-A HET
SBS Chr1 38495642 G-A HET
SBS Chr2 3067574 C-A HET
SBS Chr2 10770781 C-T HET
SBS Chr3 3023416 A-G HET
SBS Chr3 8015123 G-T HET
SBS Chr3 8015124 A-T HET
SBS Chr3 19148445 C-G HET
SBS Chr3 20329740 C-A HET
SBS Chr3 28144088 T-A HET
SBS Chr3 37262338 T-A HET
SBS Chr4 5658153 T-C HET
SBS Chr4 7550199 T-A HET
SBS Chr4 12656222 C-T HET
SBS Chr4 14453001 A-T HET
SBS Chr4 14549166 G-A HET
SBS Chr4 16660007 A-G HET
SBS Chr4 31182230 A-G HOMO
SBS Chr5 28586902 C-T HET
SBS Chr5 28586903 G-T HET
SBS Chr5 28586904 A-T HET
SBS Chr6 2755908 G-T HET OsKitaake06g037600
SBS Chr6 21329083 T-C HOMO
SBS Chr7 6765408 C-A HET
SBS Chr7 6765409 A-G HET
SBS Chr7 14469340 C-T HET
SBS Chr7 21176289 A-G HET
SBS Chr7 25875729 G-A HET
SBS Chr7 26009437 T-C HET
SBS Chr8 6094679 T-A HET
SBS Chr8 8118535 C-A HET
SBS Chr8 13239434 C-A HET
SBS Chr8 27290359 T-C HET
SBS Chr9 1672196 G-C HET
SBS Chr9 15898149 G-T HET
SBS Chr10 4096434 G-A HET
SBS Chr10 6876233 C-T HET
SBS Chr10 10658459 C-T HET
SBS Chr10 13119941 A-G HET
SBS Chr11 4479186 C-T HOMO
SBS Chr11 18531481 A-G HET
SBS Chr12 25448932 T-G HET
SBS Chr12 26991763 T-A HET

Deletions: 13

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr5 1673758 1673759 2
Deletion Chr8 2599036 2599036 1
Deletion Chr5 6338898 6338898 1
Deletion Chr2 10603885 10603889 5
Deletion Chr12 10840001 10873000 33000 5
Deletion Chr6 12460886 12460886 1
Deletion Chr5 16987625 16987626 2
Deletion Chr9 18554605 18554605 1
Deletion Chr11 22482922 22482926 5
Deletion Chr10 23092526 23092529 4
Deletion Chr3 26269410 26269410 1
Deletion Chr5 29834447 29834448 2
Deletion Chr3 37069001 37101000 32000 4

Insertions: 7

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 34311821 34311823 1
Insertion Chr4 36960509 36960551 41
Insertion Chr5 27009237 27009239 1
Insertion Chr6 7628625 7628628 2
Insertion Chr7 19003494 19003496 1
Insertion Chr12 19223380 19223382 1
Insertion Chr1 2665709 2665711 1

Inversions: 7

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr9 20412908 20780424
Inversion Chr9 20783007 20824304 OsKitaake09g176900
Inversion Chr8 21607705 21608121
Inversion Chr3 28144494 28389311 OsKitaake03g291200
Inversion Chr3 28144504 28389320 OsKitaake03g291200
Inversion Chr1 32426690 32426855
Inversion Chr3 36605256 37068884

Translocations: 2

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr9 20780426 Chr4 30550427
Translocation Chr9 20782997 Chr4 30550426 OsKitaake09g176900

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3356854	T-G	HOMO
SBS	Chr1	4803272	C-T	HET		OsKitaake01g064100
SBS	Chr1	14279835	C-G	HET
SBS	Chr1	30040799	A-T	HET
SBS	Chr1	32973007	G-A	HET
SBS	Chr1	38495642	G-A	HET
SBS	Chr2	3067574	C-A	HET
SBS	Chr2	10770781	C-T	HET
SBS	Chr3	3023416	A-G	HET
SBS	Chr3	8015123	G-T	HET
SBS	Chr3	8015124	A-T	HET
SBS	Chr3	19148445	C-G	HET
SBS	Chr3	20329740	C-A	HET
SBS	Chr3	28144088	T-A	HET
SBS	Chr3	37262338	T-A	HET
SBS	Chr4	5658153	T-C	HET
SBS	Chr4	7550199	T-A	HET
SBS	Chr4	12656222	C-T	HET
SBS	Chr4	14453001	A-T	HET
SBS	Chr4	14549166	G-A	HET
SBS	Chr4	16660007	A-G	HET
SBS	Chr4	31182230	A-G	HOMO
SBS	Chr5	28586902	C-T	HET
SBS	Chr5	28586903	G-T	HET
SBS	Chr5	28586904	A-T	HET
SBS	Chr6	2755908	G-T	HET		OsKitaake06g037600
SBS	Chr6	21329083	T-C	HOMO
SBS	Chr7	6765408	C-A	HET
SBS	Chr7	6765409	A-G	HET
SBS	Chr7	14469340	C-T	HET
SBS	Chr7	21176289	A-G	HET
SBS	Chr7	25875729	G-A	HET
SBS	Chr7	26009437	T-C	HET
SBS	Chr8	6094679	T-A	HET
SBS	Chr8	8118535	C-A	HET
SBS	Chr8	13239434	C-A	HET
SBS	Chr8	27290359	T-C	HET
SBS	Chr9	1672196	G-C	HET
SBS	Chr9	15898149	G-T	HET
SBS	Chr10	4096434	G-A	HET
SBS	Chr10	6876233	C-T	HET
SBS	Chr10	10658459	C-T	HET
SBS	Chr10	13119941	A-G	HET
SBS	Chr11	4479186	C-T	HOMO
SBS	Chr11	18531481	A-G	HET
SBS	Chr12	25448932	T-G	HET
SBS	Chr12	26991763	T-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	1673758	1673759	2
Deletion	Chr8	2599036	2599036	1
Deletion	Chr5	6338898	6338898	1
Deletion	Chr2	10603885	10603889	5
Deletion	Chr12	10840001	10873000	33000	5
Deletion	Chr6	12460886	12460886	1
Deletion	Chr5	16987625	16987626	2
Deletion	Chr9	18554605	18554605	1
Deletion	Chr11	22482922	22482926	5
Deletion	Chr10	23092526	23092529	4
Deletion	Chr3	26269410	26269410	1
Deletion	Chr5	29834447	29834448	2
Deletion	Chr3	37069001	37101000	32000	4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	20412908	20780424
Inversion	Chr9	20783007	20824304	OsKitaake09g176900
Inversion	Chr8	21607705	21608121
Inversion	Chr3	28144494	28389311	OsKitaake03g291200
Inversion	Chr3	28144504	28389320	OsKitaake03g291200
Inversion	Chr1	32426690	32426855
Inversion	Chr3	36605256	37068884

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes