Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4595-2-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4595-2-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5729426 C-T HET
SBS Chr1 10045297 C-T HET
SBS Chr1 13446203 T-C HET
SBS Chr1 24213073 G-A HET
SBS Chr1 26601774 G-A HET
SBS Chr1 26842331 G-A HET
SBS Chr2 5962963 G-T HET
SBS Chr2 5962964 A-T HET
SBS Chr2 34004344 G-A HOMO
SBS Chr2 35122080 A-G HET
SBS Chr3 8900803 A-G HET
SBS Chr3 9494854 G-A HET
SBS Chr3 17536422 T-C HET
SBS Chr3 20292746 G-A HOMO
SBS Chr3 32582176 T-C HET OsKitaake03g345000
SBS Chr4 5541172 G-A HET
SBS Chr4 9389570 T-A HET
SBS Chr4 13411232 G-A HET
SBS Chr4 21308708 A-G HET
SBS Chr4 29642110 A-T HET
SBS Chr5 12797002 T-C HET
SBS Chr5 21461106 C-T HOMO
SBS Chr5 21461109 C-T HOMO
SBS Chr5 21461110 C-T HOMO
SBS Chr5 28968704 G-A HET
SBS Chr5 29373378 C-G HET
SBS Chr6 118043 T-C HET
SBS Chr6 1655348 C-T HOMO
SBS Chr6 6105267 A-G HET
SBS Chr7 22868425 C-T HET
SBS Chr8 3336970 A-G HET
SBS Chr8 13355876 T-A HET
SBS Chr8 25125591 T-C HET
SBS Chr9 6250862 C-T HET
SBS Chr9 9921541 C-T HET
SBS Chr10 870912 A-C HET
SBS Chr10 5754910 C-T HET
SBS Chr10 15904340 T-A HOMO
SBS Chr12 2894288 C-T HOMO
SBS Chr12 3877924 C-T HOMO
SBS Chr12 3877925 T-C HOMO
SBS Chr12 21111321 A-G HET
SBS Chr12 23663999 A-T HET
SBS Chr12 24212045 C-T HET

Deletions: 25

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr7 167322 167323 2
Deletion Chr11 1881864 1881867 4
Deletion Chr5 2325684 2325684 1
Deletion Chr3 6096861 6096867 7 OsKitaake03g087400
Deletion Chr3 10266529 10266530 2
Deletion Chr2 12345943 12345943 1
Deletion Chr10 12769447 12769454 8
Deletion Chr5 12811413 12811414 2
Deletion Chr6 14562903 14562908 6
Deletion Chr7 14818838 14818882 45
Deletion Chr5 15709347 15709350 4
Deletion Chr4 17345855 17345855 1 2
Deletion Chr10 17572121 17572125 5
Deletion Chr10 18776837 18776837 1
Deletion Chr9 20389791 20389791 1
Deletion Chr5 21031511 21031518 8
Deletion Chr5 21219001 21443000 224000 25
Deletion Chr12 21421703 21421703 1
Deletion Chr12 22362590 22362591 2 2
Deletion Chr4 22479019 22479020 2
Deletion Chr7 28283842 28283843 2
Deletion Chr6 28683616 28683616 1 OsKitaake06g263900
Deletion Chr2 32999418 32999426 9 OsKitaake02g339300
Deletion Chr3 34720669 34720669 1
Deletion Chr1 41233407 41233412 6

Insertions: 8

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 9321939 9321941 1
Insertion Chr4 607122 607125 2
Insertion Chr6 8031991 8032004 12
Insertion Chr8 13983035 13983038 2 OsKitaake08g111000
Insertion Chr1 26781669 26781671 1
Insertion Chr4 25159766 25159768 1
Insertion Chr6 23884531 23884533 1
Insertion Chr11 1793001 1793003 1

Inversions: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr8 3058783 3199266
Inversion Chr8 3058794 3199273
Inversion Chr12 4663195 4825355
Inversion Chr12 4666330 4825361
Inversion Chr7 10737247 10737603

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr5 4260544 Chr2 33511481
Translocation Chr5 4260730 Chr2 33511486
Translocation Chr6 5494947 Chr5 3565699 OsKitaake06g073400
Translocation Chr6 5494957 Chr5 3573572 OsKitaake06g073400

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5729426	C-T	HET
SBS	Chr1	10045297	C-T	HET
SBS	Chr1	13446203	T-C	HET
SBS	Chr1	24213073	G-A	HET
SBS	Chr1	26601774	G-A	HET
SBS	Chr1	26842331	G-A	HET
SBS	Chr2	5962963	G-T	HET
SBS	Chr2	5962964	A-T	HET
SBS	Chr2	34004344	G-A	HOMO
SBS	Chr2	35122080	A-G	HET
SBS	Chr3	8900803	A-G	HET
SBS	Chr3	9494854	G-A	HET
SBS	Chr3	17536422	T-C	HET
SBS	Chr3	20292746	G-A	HOMO
SBS	Chr3	32582176	T-C	HET		OsKitaake03g345000
SBS	Chr4	5541172	G-A	HET
SBS	Chr4	9389570	T-A	HET
SBS	Chr4	13411232	G-A	HET
SBS	Chr4	21308708	A-G	HET
SBS	Chr4	29642110	A-T	HET
SBS	Chr5	12797002	T-C	HET
SBS	Chr5	21461106	C-T	HOMO
SBS	Chr5	21461109	C-T	HOMO
SBS	Chr5	21461110	C-T	HOMO
SBS	Chr5	28968704	G-A	HET
SBS	Chr5	29373378	C-G	HET
SBS	Chr6	118043	T-C	HET
SBS	Chr6	1655348	C-T	HOMO
SBS	Chr6	6105267	A-G	HET
SBS	Chr7	22868425	C-T	HET
SBS	Chr8	3336970	A-G	HET
SBS	Chr8	13355876	T-A	HET
SBS	Chr8	25125591	T-C	HET
SBS	Chr9	6250862	C-T	HET
SBS	Chr9	9921541	C-T	HET
SBS	Chr10	870912	A-C	HET
SBS	Chr10	5754910	C-T	HET
SBS	Chr10	15904340	T-A	HOMO
SBS	Chr12	2894288	C-T	HOMO
SBS	Chr12	3877924	C-T	HOMO
SBS	Chr12	3877925	T-C	HOMO
SBS	Chr12	21111321	A-G	HET
SBS	Chr12	23663999	A-T	HET
SBS	Chr12	24212045	C-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	167322	167323	2
Deletion	Chr11	1881864	1881867	4
Deletion	Chr5	2325684	2325684	1
Deletion	Chr3	6096861	6096867	7	OsKitaake03g087400
Deletion	Chr3	10266529	10266530	2
Deletion	Chr2	12345943	12345943	1
Deletion	Chr10	12769447	12769454	8
Deletion	Chr5	12811413	12811414	2
Deletion	Chr6	14562903	14562908	6
Deletion	Chr7	14818838	14818882	45
Deletion	Chr5	15709347	15709350	4
Deletion	Chr4	17345855	17345855	1	2
Deletion	Chr10	17572121	17572125	5
Deletion	Chr10	18776837	18776837	1
Deletion	Chr9	20389791	20389791	1
Deletion	Chr5	21031511	21031518	8
Deletion	Chr5	21219001	21443000	224000	25
Deletion	Chr12	21421703	21421703	1
Deletion	Chr12	22362590	22362591	2	2
Deletion	Chr4	22479019	22479020	2
Deletion	Chr7	28283842	28283843	2
Deletion	Chr6	28683616	28683616	1	OsKitaake06g263900
Deletion	Chr2	32999418	32999426	9	OsKitaake02g339300
Deletion	Chr3	34720669	34720669	1
Deletion	Chr1	41233407	41233412	6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	3058783	3199266
Inversion	Chr8	3058794	3199273
Inversion	Chr12	4663195	4825355
Inversion	Chr12	4666330	4825361
Inversion	Chr7	10737247	10737603

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes