Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4687-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4687-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 5220538 C-T HET
SBS Chr1 38049825 G-T HET
SBS Chr1 40391449 G-T HET
SBS Chr2 2454195 C-T HET
SBS Chr2 2707550 C-T HET
SBS Chr2 2776249 C-T HET
SBS Chr2 10377291 A-G HET
SBS Chr2 15391886 G-C HET
SBS Chr2 18971636 T-C HET
SBS Chr2 21062941 C-T HET
SBS Chr2 36627377 G-A HET
SBS Chr3 30846372 C-T HET OsKitaake03g323600
SBS Chr5 29693551 G-T HET
SBS Chr5 29693552 A-T HET
SBS Chr6 3528539 A-T HET
SBS Chr6 3528540 G-T HET
SBS Chr6 3528542 G-T HET
SBS Chr6 16075979 C-T HOMO
SBS Chr6 20097579 T-A HOMO
SBS Chr7 6154709 C-T HOMO
SBS Chr7 12776495 T-G HOMO
SBS Chr7 15020527 T-C HOMO
SBS Chr8 348053 C-T HET OsKitaake08g005100
SBS Chr8 6575306 C-T HET
SBS Chr8 14210390 C-T HET
SBS Chr8 18305562 C-T HET
SBS Chr8 23337150 T-A HET OsKitaake08g179900
SBS Chr8 27154984 A-G HET
SBS Chr9 6152680 G-A HOMO
SBS Chr9 17856680 C-T HET
SBS Chr10 10395719 G-A HET
SBS Chr10 15647400 C-T HOMO
SBS Chr11 22441959 G-A HOMO
SBS Chr11 23551366 G-A HET
SBS Chr11 29276551 T-C HET
SBS Chr12 1916848 C-T HET
SBS Chr12 5146756 C-T HET
SBS Chr12 6096194 A-G HET
SBS Chr12 15795786 T-C HOMO
SBS Chr12 26375238 A-C HET

Deletions: 24

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr9 1477137 1477137 1
Deletion Chr9 1940613 1940622 10
Deletion Chr12 4335668 4335668 1
Deletion Chr12 5577001 5588000 11000 OsKitaake12g068000
Deletion Chr9 7559462 7559462 1
Deletion Chr1 7620001 7651000 31000 4
Deletion Chr1 9529381 9529381 1 OsKitaake01g122000
Deletion Chr1 10349250 10349376 127
Deletion Chr2 11692009 11692012 4
Deletion Chr1 13508839 13508841 3
Deletion Chr1 14750849 14750850 2
Deletion Chr6 16046498 16046506 9
Deletion Chr6 18076532 18076541 10
Deletion Chr7 18729302 18729311 10
Deletion Chr8 18835767 18835774 8
Deletion Chr12 21409027 21409027 1
Deletion Chr10 23159778 23159781 4
Deletion Chr6 27099134 27099155 22
Deletion Chr5 28115001 28186000 71000 12
Deletion Chr11 28897088 28897089 2
Deletion Chr4 29866824 29866834 11
Deletion Chr5 30032001 30117000 85000 8
Deletion Chr3 30483001 30576000 93000 13
Deletion Chr1 36919578 36919579 2

Insertions: 4

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr3 17815998 17816001 2
Insertion Chr7 7271374 7271376 1
Insertion Chr1 8732713 8732715 1
Insertion Chr6 24846096 24846099 2

Inversions: 9

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr12 5576570 6093474
Inversion Chr12 5588424 6093504
Inversion Chr11 26664724 26712361
Inversion Chr11 26664728 26712368
Inversion Chr4 30188301 30295748 OsKitaake04g232300
Inversion Chr4 30188320 30295763 OsKitaake04g232300
Inversion Chr4 30296167 30297416
Inversion Chr4 30296177 30301216
Inversion Chr3 30480770 30576217

Translocations: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr7 5393716 Chr3 30467666 OsKitaake07g065700
Translocation Chr7 5397437 Chr3 30479555
Translocation Chr5 30031360 Chr3 30483445
Translocation Chr5 30117130 Chr3 30479560

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5220538	C-T	HET
SBS	Chr1	38049825	G-T	HET
SBS	Chr1	40391449	G-T	HET
SBS	Chr2	2454195	C-T	HET
SBS	Chr2	2707550	C-T	HET
SBS	Chr2	2776249	C-T	HET
SBS	Chr2	10377291	A-G	HET
SBS	Chr2	15391886	G-C	HET
SBS	Chr2	18971636	T-C	HET
SBS	Chr2	21062941	C-T	HET
SBS	Chr2	36627377	G-A	HET
SBS	Chr3	30846372	C-T	HET		OsKitaake03g323600
SBS	Chr5	29693551	G-T	HET
SBS	Chr5	29693552	A-T	HET
SBS	Chr6	3528539	A-T	HET
SBS	Chr6	3528540	G-T	HET
SBS	Chr6	3528542	G-T	HET
SBS	Chr6	16075979	C-T	HOMO
SBS	Chr6	20097579	T-A	HOMO
SBS	Chr7	6154709	C-T	HOMO
SBS	Chr7	12776495	T-G	HOMO
SBS	Chr7	15020527	T-C	HOMO
SBS	Chr8	348053	C-T	HET		OsKitaake08g005100
SBS	Chr8	6575306	C-T	HET
SBS	Chr8	14210390	C-T	HET
SBS	Chr8	18305562	C-T	HET
SBS	Chr8	23337150	T-A	HET		OsKitaake08g179900
SBS	Chr8	27154984	A-G	HET
SBS	Chr9	6152680	G-A	HOMO
SBS	Chr9	17856680	C-T	HET
SBS	Chr10	10395719	G-A	HET
SBS	Chr10	15647400	C-T	HOMO
SBS	Chr11	22441959	G-A	HOMO
SBS	Chr11	23551366	G-A	HET
SBS	Chr11	29276551	T-C	HET
SBS	Chr12	1916848	C-T	HET
SBS	Chr12	5146756	C-T	HET
SBS	Chr12	6096194	A-G	HET
SBS	Chr12	15795786	T-C	HOMO
SBS	Chr12	26375238	A-C	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1477137	1477137	1
Deletion	Chr9	1940613	1940622	10
Deletion	Chr12	4335668	4335668	1
Deletion	Chr12	5577001	5588000	11000	OsKitaake12g068000
Deletion	Chr9	7559462	7559462	1
Deletion	Chr1	7620001	7651000	31000	4
Deletion	Chr1	9529381	9529381	1	OsKitaake01g122000
Deletion	Chr1	10349250	10349376	127
Deletion	Chr2	11692009	11692012	4
Deletion	Chr1	13508839	13508841	3
Deletion	Chr1	14750849	14750850	2
Deletion	Chr6	16046498	16046506	9
Deletion	Chr6	18076532	18076541	10
Deletion	Chr7	18729302	18729311	10
Deletion	Chr8	18835767	18835774	8
Deletion	Chr12	21409027	21409027	1
Deletion	Chr10	23159778	23159781	4
Deletion	Chr6	27099134	27099155	22
Deletion	Chr5	28115001	28186000	71000	12
Deletion	Chr11	28897088	28897089	2
Deletion	Chr4	29866824	29866834	11
Deletion	Chr5	30032001	30117000	85000	8
Deletion	Chr3	30483001	30576000	93000	13
Deletion	Chr1	36919578	36919579	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	5576570	6093474
Inversion	Chr12	5588424	6093504
Inversion	Chr11	26664724	26712361
Inversion	Chr11	26664728	26712368
Inversion	Chr4	30188301	30295748	OsKitaake04g232300
Inversion	Chr4	30188320	30295763	OsKitaake04g232300
Inversion	Chr4	30296167	30297416
Inversion	Chr4	30296177	30301216
Inversion	Chr3	30480770	30576217

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes