Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4688-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4688-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 68

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 2708941 T-A HOMO
SBS Chr1 3134294 T-A HOMO OsKitaake01g040900
SBS Chr1 5271034 C-T HET
SBS Chr1 9941070 T-C HET
SBS Chr1 11596766 C-A HET
SBS Chr1 11676642 T-G HET
SBS Chr1 17300549 C-A HET
SBS Chr1 22918148 A-G HET OsKitaake01g218100
SBS Chr1 23522893 C-T HET
SBS Chr1 34219689 G-T HET
SBS Chr1 41810886 T-A HOMO
SBS Chr2 11047654 T-A HET
SBS Chr2 11729340 C-T HET
SBS Chr2 12005933 G-A HET
SBS Chr2 14683536 C-T HET
SBS Chr2 15460316 A-T HOMO
SBS Chr2 19222494 T-C HET
SBS Chr2 24692607 T-G HET
SBS Chr2 34416508 G-A HET
SBS Chr3 8581511 T-C HOMO
SBS Chr3 11815648 G-A HOMO
SBS Chr3 17749204 G-T HET
SBS Chr3 18115463 C-T HET
SBS Chr3 23511447 G-A HET
SBS Chr3 25322573 A-G HET
SBS Chr3 25341490 G-A HET
SBS Chr4 7143456 G-A HET
SBS Chr4 7289108 G-T HET
SBS Chr4 8406309 A-G HOMO
SBS Chr4 12919215 G-A HET
SBS Chr4 18016027 G-T HET
SBS Chr4 18856449 C-T HET
SBS Chr4 21532435 G-T HET
SBS Chr5 8348595 T-C HET
SBS Chr5 9819380 G-A HET
SBS Chr5 11853593 C-G HET
SBS Chr5 13638991 C-T HET
SBS Chr5 14093258 A-C HET
SBS Chr5 22682724 G-T HET
SBS Chr6 4916015 C-A HET
SBS Chr6 8074605 G-A HET
SBS Chr6 17814292 G-A HET
SBS Chr6 27075517 C-T HET
SBS Chr6 27893244 A-T HET
SBS Chr6 29381929 T-C HET
SBS Chr7 4037972 G-A HET
SBS Chr7 4686953 G-A HET
SBS Chr7 10788388 T-A HET
SBS Chr7 21539958 C-T HET
SBS Chr7 28822344 C-A HET OsKitaake07g274900
SBS Chr8 7403644 T-A HET
SBS Chr8 12530004 A-T HET
SBS Chr8 16896533 G-A HET
SBS Chr8 17715838 T-C HET
SBS Chr8 21220045 T-A HET
SBS Chr9 5802826 G-A HET
SBS Chr9 16155610 A-G HET
SBS Chr9 19117192 T-C HET
SBS Chr10 5255599 C-A HET
SBS Chr10 12116691 G-T HET
SBS Chr10 18662837 G-A HET OsKitaake10g132600
SBS Chr10 18662838 T-A HET
SBS Chr11 21136230 A-C HET
SBS Chr11 26764439 C-T HET
SBS Chr12 2408871 G-T HET
SBS Chr12 14092773 T-A HET
SBS Chr12 14092774 A-G HET
SBS Chr12 15054862 G-T HET

Deletions: 27

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr12 2548936 2548936 1
Deletion Chr2 2743158 2743212 55
Deletion Chr1 3117101 3117104 4
Deletion Chr10 3250041 3250042 2
Deletion Chr3 3362554 3362559 6
Deletion Chr8 6812369 6812370 2
Deletion Chr8 7466968 7466968 1
Deletion Chr8 9535978 9535978 1
Deletion Chr12 11002264 11002266 3 OsKitaake12g101800
Deletion Chr12 11467001 11476000 9000
Deletion Chr12 12479004 12479004 1
Deletion Chr11 14138816 14138820 5
Deletion Chr4 14628766 14628766 1 2
Deletion Chr9 15032614 15032622 9
Deletion Chr6 15133023 15133023 1 2
Deletion Chr6 15949702 15949708 7 OsKitaake06g153800
Deletion Chr5 16637726 16637726 1
Deletion Chr9 17892001 17913000 21000 4
Deletion Chr5 17899860 17899867 8
Deletion Chr4 19370239 19370239 1
Deletion Chr3 20028786 20028786 1
Deletion Chr4 21668299 21668299 1
Deletion Chr2 22376065 22376065 1
Deletion Chr7 23668257 23668257 1 OsKitaake07g208001
Deletion Chr7 23687385 23687392 8
Deletion Chr6 26043579 26043579 1
Deletion Chr2 30339236 30339237 2

Insertions: 10

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr1 24686448 24686450 1
Insertion Chr2 29444900 29444902 1
Insertion Chr3 29181563 29181566 2
Insertion Chr4 9934056 9934058 1
Insertion Chr11 2514813 2514815 1
Insertion Chr11 16467250 16467252 1
Insertion Chr11 29598358 29598361 2
Insertion Chr1 7380793 7380795 1
Insertion Chr5 29415728 29415731 2
Insertion Chr6 3993090 3993092 1

Inversions: 4

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr10 16408750 16606574
Inversion Chr10 16417111 16606581
Inversion Chr7 21264138 21290299 OsKitaake07g176200
Inversion Chr7 21264140 21290297 OsKitaake07g176200

Translocations: 3

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr11 19121965 Chr9 6104825
Translocation Chr8 27208549 Chr7 17344208
Translocation Chr8 27210828 Chr7 17344215 OsKitaake08g223400

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2708941	T-A	HOMO
SBS	Chr1	3134294	T-A	HOMO		OsKitaake01g040900
SBS	Chr1	5271034	C-T	HET
SBS	Chr1	9941070	T-C	HET
SBS	Chr1	11596766	C-A	HET
SBS	Chr1	11676642	T-G	HET
SBS	Chr1	17300549	C-A	HET
SBS	Chr1	22918148	A-G	HET		OsKitaake01g218100
SBS	Chr1	23522893	C-T	HET
SBS	Chr1	34219689	G-T	HET
SBS	Chr1	41810886	T-A	HOMO
SBS	Chr2	11047654	T-A	HET
SBS	Chr2	11729340	C-T	HET
SBS	Chr2	12005933	G-A	HET
SBS	Chr2	14683536	C-T	HET
SBS	Chr2	15460316	A-T	HOMO
SBS	Chr2	19222494	T-C	HET
SBS	Chr2	24692607	T-G	HET
SBS	Chr2	34416508	G-A	HET
SBS	Chr3	8581511	T-C	HOMO
SBS	Chr3	11815648	G-A	HOMO
SBS	Chr3	17749204	G-T	HET
SBS	Chr3	18115463	C-T	HET
SBS	Chr3	23511447	G-A	HET
SBS	Chr3	25322573	A-G	HET
SBS	Chr3	25341490	G-A	HET
SBS	Chr4	7143456	G-A	HET
SBS	Chr4	7289108	G-T	HET
SBS	Chr4	8406309	A-G	HOMO
SBS	Chr4	12919215	G-A	HET
SBS	Chr4	18016027	G-T	HET
SBS	Chr4	18856449	C-T	HET
SBS	Chr4	21532435	G-T	HET
SBS	Chr5	8348595	T-C	HET
SBS	Chr5	9819380	G-A	HET
SBS	Chr5	11853593	C-G	HET
SBS	Chr5	13638991	C-T	HET
SBS	Chr5	14093258	A-C	HET
SBS	Chr5	22682724	G-T	HET
SBS	Chr6	4916015	C-A	HET
SBS	Chr6	8074605	G-A	HET
SBS	Chr6	17814292	G-A	HET
SBS	Chr6	27075517	C-T	HET
SBS	Chr6	27893244	A-T	HET
SBS	Chr6	29381929	T-C	HET
SBS	Chr7	4037972	G-A	HET
SBS	Chr7	4686953	G-A	HET
SBS	Chr7	10788388	T-A	HET
SBS	Chr7	21539958	C-T	HET
SBS	Chr7	28822344	C-A	HET		OsKitaake07g274900
SBS	Chr8	7403644	T-A	HET
SBS	Chr8	12530004	A-T	HET
SBS	Chr8	16896533	G-A	HET
SBS	Chr8	17715838	T-C	HET
SBS	Chr8	21220045	T-A	HET
SBS	Chr9	5802826	G-A	HET
SBS	Chr9	16155610	A-G	HET
SBS	Chr9	19117192	T-C	HET
SBS	Chr10	5255599	C-A	HET
SBS	Chr10	12116691	G-T	HET
SBS	Chr10	18662837	G-A	HET		OsKitaake10g132600
SBS	Chr10	18662838	T-A	HET
SBS	Chr11	21136230	A-C	HET
SBS	Chr11	26764439	C-T	HET
SBS	Chr12	2408871	G-T	HET
SBS	Chr12	14092773	T-A	HET
SBS	Chr12	14092774	A-G	HET
SBS	Chr12	15054862	G-T	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	2548936	2548936	1
Deletion	Chr2	2743158	2743212	55
Deletion	Chr1	3117101	3117104	4
Deletion	Chr10	3250041	3250042	2
Deletion	Chr3	3362554	3362559	6
Deletion	Chr8	6812369	6812370	2
Deletion	Chr8	7466968	7466968	1
Deletion	Chr8	9535978	9535978	1
Deletion	Chr12	11002264	11002266	3	OsKitaake12g101800
Deletion	Chr12	11467001	11476000	9000
Deletion	Chr12	12479004	12479004	1
Deletion	Chr11	14138816	14138820	5
Deletion	Chr4	14628766	14628766	1	2
Deletion	Chr9	15032614	15032622	9
Deletion	Chr6	15133023	15133023	1	2
Deletion	Chr6	15949702	15949708	7	OsKitaake06g153800
Deletion	Chr5	16637726	16637726	1
Deletion	Chr9	17892001	17913000	21000	4
Deletion	Chr5	17899860	17899867	8
Deletion	Chr4	19370239	19370239	1
Deletion	Chr3	20028786	20028786	1
Deletion	Chr4	21668299	21668299	1
Deletion	Chr2	22376065	22376065	1
Deletion	Chr7	23668257	23668257	1	OsKitaake07g208001
Deletion	Chr7	23687385	23687392	8
Deletion	Chr6	26043579	26043579	1
Deletion	Chr2	30339236	30339237	2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	16408750	16606574
Inversion	Chr10	16417111	16606581
Inversion	Chr7	21264138	21290299	OsKitaake07g176200
Inversion	Chr7	21264140	21290297	OsKitaake07g176200

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes