Search Kitaake

Mutant Information

Mutant Name	FN4856-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4856-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]

Variant Information

Single base substitutions: 86

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

SBS Chr1 6304094 G-T HET
SBS Chr1 14721584 C-T HET
SBS Chr1 16351563 T-C HET
SBS Chr1 16553837 C-T HET
SBS Chr1 19587519 A-G HET
SBS Chr1 19595227 A-G HET
SBS Chr1 40365508 C-T HET
SBS Chr1 42593504 C-G HET
SBS Chr1 42948362 G-T HOMO
SBS Chr2 253694 C-A HET
SBS Chr2 1826188 C-A HET
SBS Chr2 5349666 G-A HET
SBS Chr2 6609076 C-T HET
SBS Chr2 19542258 G-T HET
SBS Chr2 28257235 G-T HET
SBS Chr2 34316593 A-G HET
SBS Chr2 36491498 A-C HET
SBS Chr3 461474 A-T HET
SBS Chr3 6778872 C-T HET
SBS Chr3 16908770 C-T HET
SBS Chr3 26199290 C-T HET
SBS Chr3 28740865 G-A HET
SBS Chr4 1740086 C-A HET OsKitaake04g011500
SBS Chr4 1748989 T-A HET
SBS Chr4 3185487 C-T HOMO
SBS Chr4 6605892 C-T HET
SBS Chr4 7149882 C-T HET
SBS Chr4 9288979 T-C HET
SBS Chr4 18372088 G-T HET
SBS Chr4 19028788 C-A HET
SBS Chr4 23457911 G-A HET
SBS Chr4 27957421 G-T HET OsKitaake04g207600
SBS Chr4 27957422 G-T HET
SBS Chr4 28109123 C-T HET
SBS Chr4 28295975 T-C HET
SBS Chr5 925219 G-A HET
SBS Chr5 1979396 C-T HOMO OsKitaake05g022500
SBS Chr5 5701281 C-T HOMO
SBS Chr5 16290409 C-T HOMO
SBS Chr5 16290432 G-T HOMO
SBS Chr5 17510918 C-T HET
SBS Chr5 20266293 C-T HOMO
SBS Chr5 20266294 G-T HOMO
SBS Chr5 20614815 C-T HET
SBS Chr5 24569638 C-A HOMO
SBS Chr6 8345077 C-A HET OsKitaake06g104600
SBS Chr6 12050919 G-T HET
SBS Chr6 12050920 G-T HET
SBS Chr6 13896907 T-A HET
SBS Chr6 15865506 C-T HET
SBS Chr6 25520532 G-A HET
SBS Chr7 9122510 C-T HET
SBS Chr7 20951893 G-A HET
SBS Chr7 25027508 C-T HOMO
SBS Chr7 25351882 C-T HET
SBS Chr7 25909988 G-A HET
SBS Chr7 25909989 G-A HET OsKitaake07g236700
SBS Chr8 222038 G-A HET
SBS Chr8 1523321 C-T HET OsKitaake08g019000
SBS Chr8 7824869 A-G HET
SBS Chr8 9091093 C-T HET OsKitaake08g082900
SBS Chr8 12971396 C-A HET
SBS Chr8 14641584 G-C HOMO
SBS Chr8 21651073 T-A HET
SBS Chr8 21791650 G-A HET
SBS Chr8 28729994 C-T HOMO
SBS Chr9 174456 C-T HET
SBS Chr9 8582446 T-G HET
SBS Chr9 15000320 C-G HOMO
SBS Chr9 16609422 G-T HET
SBS Chr9 20530980 A-T HET
SBS Chr9 20617991 T-C HET
SBS Chr9 21059676 T-C HET
SBS Chr10 2251178 G-A HET
SBS Chr10 4029431 G-A HET
SBS Chr10 6105255 G-A HET
SBS Chr10 14553484 G-A HET
SBS Chr11 2780288 C-A HET
SBS Chr11 16465154 G-A HOMO
SBS Chr11 23276922 C-T HET
SBS Chr12 4168260 C-T HET
SBS Chr12 11430827 T-A HET
SBS Chr12 11430831 T-A HET
SBS Chr12 14438245 T-C HET
SBS Chr12 25082147 T-A HOMO
SBS Chr12 25490040 G-A HET

Deletions: 20

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Deletion Chr7 1737678 1737678 1
Deletion Chr5 1738001 1994000 256000 25
Deletion Chr1 2862874 2862874 1 OsKitaake01g036600
Deletion Chr7 3571594 3571595 2
Deletion Chr3 4949646 4949646 1
Deletion Chr5 6384040 6384040 1
Deletion Chr5 6662021 6662021 1
Deletion Chr5 6794909 6794926 18
Deletion Chr10 16240633 16240633 1
Deletion Chr2 17675680 17675681 2
Deletion Chr9 18039503 18039503 1
Deletion Chr7 21294012 21294012 1
Deletion Chr11 21939169 21939171 3
Deletion Chr5 22265190 22265190 1
Deletion Chr10 22762975 22762975 1
Deletion Chr6 26745055 26745055 1
Deletion Chr3 27367798 27367799 2 OsKitaake03g282300
Deletion Chr11 28143648 28143648 1 2
Deletion Chr4 35824001 35888000 64000 10
Deletion Chr1 43195224 43195224 1

Insertions: 6

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Insertion Chr4 22229054 22229056 1
Insertion Chr2 35509979 35509984 4
Insertion Chr3 33884663 33884665 1
Insertion Chr4 19862002 19862004 1
Insertion Chr9 16308367 16308370 2
Insertion Chr11 11217444 11217446 1

Inversions: 6

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Inversion Chr5 1737311 2538170 OsKitaake05g020266
Inversion Chr5 1994175 2538173
Inversion Chr12 10410062 10410262
Inversion Chr6 13977794 14594783 OsKitaake06g145600
Inversion Chr1 23038979 23039217
Inversion Chr1 37718088 37786263

Translocations: 5

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes

Translocation Chr6 9522743 Chr1 16184772
Translocation Chr7 12380863 Chr4 8827676
Translocation Chr7 12381277 Chr4 8835626
Translocation Chr5 29254343 Chr1 2580835
Translocation Chr5 29254359 Chr1 2580835

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6304094	G-T	HET
SBS	Chr1	14721584	C-T	HET
SBS	Chr1	16351563	T-C	HET
SBS	Chr1	16553837	C-T	HET
SBS	Chr1	19587519	A-G	HET
SBS	Chr1	19595227	A-G	HET
SBS	Chr1	40365508	C-T	HET
SBS	Chr1	42593504	C-G	HET
SBS	Chr1	42948362	G-T	HOMO
SBS	Chr2	253694	C-A	HET
SBS	Chr2	1826188	C-A	HET
SBS	Chr2	5349666	G-A	HET
SBS	Chr2	6609076	C-T	HET
SBS	Chr2	19542258	G-T	HET
SBS	Chr2	28257235	G-T	HET
SBS	Chr2	34316593	A-G	HET
SBS	Chr2	36491498	A-C	HET
SBS	Chr3	461474	A-T	HET
SBS	Chr3	6778872	C-T	HET
SBS	Chr3	16908770	C-T	HET
SBS	Chr3	26199290	C-T	HET
SBS	Chr3	28740865	G-A	HET
SBS	Chr4	1740086	C-A	HET		OsKitaake04g011500
SBS	Chr4	1748989	T-A	HET
SBS	Chr4	3185487	C-T	HOMO
SBS	Chr4	6605892	C-T	HET
SBS	Chr4	7149882	C-T	HET
SBS	Chr4	9288979	T-C	HET
SBS	Chr4	18372088	G-T	HET
SBS	Chr4	19028788	C-A	HET
SBS	Chr4	23457911	G-A	HET
SBS	Chr4	27957421	G-T	HET		OsKitaake04g207600
SBS	Chr4	27957422	G-T	HET
SBS	Chr4	28109123	C-T	HET
SBS	Chr4	28295975	T-C	HET
SBS	Chr5	925219	G-A	HET
SBS	Chr5	1979396	C-T	HOMO		OsKitaake05g022500
SBS	Chr5	5701281	C-T	HOMO
SBS	Chr5	16290409	C-T	HOMO
SBS	Chr5	16290432	G-T	HOMO
SBS	Chr5	17510918	C-T	HET
SBS	Chr5	20266293	C-T	HOMO
SBS	Chr5	20266294	G-T	HOMO
SBS	Chr5	20614815	C-T	HET
SBS	Chr5	24569638	C-A	HOMO
SBS	Chr6	8345077	C-A	HET		OsKitaake06g104600
SBS	Chr6	12050919	G-T	HET
SBS	Chr6	12050920	G-T	HET
SBS	Chr6	13896907	T-A	HET
SBS	Chr6	15865506	C-T	HET
SBS	Chr6	25520532	G-A	HET
SBS	Chr7	9122510	C-T	HET
SBS	Chr7	20951893	G-A	HET
SBS	Chr7	25027508	C-T	HOMO
SBS	Chr7	25351882	C-T	HET
SBS	Chr7	25909988	G-A	HET
SBS	Chr7	25909989	G-A	HET		OsKitaake07g236700
SBS	Chr8	222038	G-A	HET
SBS	Chr8	1523321	C-T	HET		OsKitaake08g019000
SBS	Chr8	7824869	A-G	HET
SBS	Chr8	9091093	C-T	HET		OsKitaake08g082900
SBS	Chr8	12971396	C-A	HET
SBS	Chr8	14641584	G-C	HOMO
SBS	Chr8	21651073	T-A	HET
SBS	Chr8	21791650	G-A	HET
SBS	Chr8	28729994	C-T	HOMO
SBS	Chr9	174456	C-T	HET
SBS	Chr9	8582446	T-G	HET
SBS	Chr9	15000320	C-G	HOMO
SBS	Chr9	16609422	G-T	HET
SBS	Chr9	20530980	A-T	HET
SBS	Chr9	20617991	T-C	HET
SBS	Chr9	21059676	T-C	HET
SBS	Chr10	2251178	G-A	HET
SBS	Chr10	4029431	G-A	HET
SBS	Chr10	6105255	G-A	HET
SBS	Chr10	14553484	G-A	HET
SBS	Chr11	2780288	C-A	HET
SBS	Chr11	16465154	G-A	HOMO
SBS	Chr11	23276922	C-T	HET
SBS	Chr12	4168260	C-T	HET
SBS	Chr12	11430827	T-A	HET
SBS	Chr12	11430831	T-A	HET
SBS	Chr12	14438245	T-C	HET
SBS	Chr12	25082147	T-A	HOMO
SBS	Chr12	25490040	G-A	HET

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size(bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1737678	1737678	1
Deletion	Chr5	1738001	1994000	256000	25
Deletion	Chr1	2862874	2862874	1	OsKitaake01g036600
Deletion	Chr7	3571594	3571595	2
Deletion	Chr3	4949646	4949646	1
Deletion	Chr5	6384040	6384040	1
Deletion	Chr5	6662021	6662021	1
Deletion	Chr5	6794909	6794926	18
Deletion	Chr10	16240633	16240633	1
Deletion	Chr2	17675680	17675681	2
Deletion	Chr9	18039503	18039503	1
Deletion	Chr7	21294012	21294012	1
Deletion	Chr11	21939169	21939171	3
Deletion	Chr5	22265190	22265190	1
Deletion	Chr10	22762975	22762975	1
Deletion	Chr6	26745055	26745055	1
Deletion	Chr3	27367798	27367799	2	OsKitaake03g282300
Deletion	Chr11	28143648	28143648	1	2
Deletion	Chr4	35824001	35888000	64000	10
Deletion	Chr1	43195224	43195224	1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	1737311	2538170	OsKitaake05g020266
Inversion	Chr5	1994175	2538173
Inversion	Chr12	10410062	10410262
Inversion	Chr6	13977794	14594783	OsKitaake06g145600
Inversion	Chr1	23038979	23039217
Inversion	Chr1	37718088	37786263

Main menu

You are here

Search Kitaake

Variant Type

Chromosome

Position

Change

Genotype

Effect

Gene Affected

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Start

End

Size(bp)

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Position 2

Number of Genes

Variant Type

Chromosome

Position 1

Chromosome

Position 2

Number of Genes