Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 25

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1135403	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	21442377	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	21860092	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7679804	G-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	13107484	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	13142343	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr11	18129101	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	9407979	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	13693751	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21413424	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	27977835	G-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g45910
SBS	Chr4	587934	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	17648121	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	23494403	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	25861458	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	11988069	A-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g20020
SBS	Chr8	26578771	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27039665	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27699415	G-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	28323750	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	16210081	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	22443542	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	2992485	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g06360
SBS	Chr9	6878832	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	940368	A-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3621679	3621681	2
Deletion	Chr5	6867989	6868009	20
Deletion	Chr1	7249439	7249447	8
Deletion	Chr1	7628476	7628499	23
Deletion	Chr11	11008708	11008710	2
Deletion	Chr12	16748307	16748308	1
Deletion	Chr10	18369741	18369750	9
Deletion	Chr10	22997327	22997330	3	LOC_Os10g42650
Deletion	Chr8	26199561	26199567	6	LOC_Os08g41480
Deletion	Chr1	27120077	27120080	3	LOC_Os01g47450

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	24525460	24525461	2	LOC_Os12g39700

No Inversion

No Translocation

Main menu