Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 28

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10158815	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	33864861	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5545723	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	19885903	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g37170
SBS	Chr11	12998495	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	15959786	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	28616561	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	8637328	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	1003262	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	9946459	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14201258	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18105316	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22641974	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g40720
SBS	Chr4	15982360	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13943547	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	15455260	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g26600
SBS	Chr5	189923	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	16089461	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17785150	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	28543139	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7209870	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7804923	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16808461	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	18628366	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	2442659	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	14451925	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	16785531	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	8691954	C-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1867110	1867114	4
Deletion	Chr7	2801394	2801396	2
Deletion	Chr1	7168360	7168376	16
Deletion	Chr1	7678929	7678933	4
Deletion	Chr9	10887835	10887841	6	LOC_Os09g17800
Deletion	Chr9	16699549	16699553	4
Deletion	Chr1	25293643	25293652	9
Deletion	Chr4	27976565	27976566	1
Deletion	Chr3	33099769	33099774	5

No Insertion

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	7952726	9639164	LOC_Os05g14180
Inversion	Chr2	21021420	21050734

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr11	3596447	Chr5	3820440
Translocation	Chr5	3820525	Chr4	33760180
Translocation	Chr5	9642056	Chr4	33760160

Main menu