Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 32

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20904472	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	35057283	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40453882	C-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr1	9494487	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	12958641	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	19546145	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g36530
SBS	Chr10	6627430	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	8349602	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	9343921	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	24895142	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11157391	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	12308651	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	6814288	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	13611509	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	16654213	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20798423	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	29252133	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30556889	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	5228466	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	17379999	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	25207536	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8098866	T-A	HOMO	STOP_GAINED	LOC_Os04g14470
SBS	Chr4	8908813	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	10072670	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	13833012	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	19564792	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr5	29306681	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8295489	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g14560
SBS	Chr6	27172694	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	26931232	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24073568	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr8	24073570	T-A	HET	UTR_5_PRIME

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1240684	1240685	1	LOC_Os06g03250
Deletion	Chr2	20633254	20633258	4
Deletion	Chr3	23992168	23992172	4
Deletion	Chr11	25636001	25659000	23000	4
Deletion	Chr6	31113516	31113520	4

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	28963808	28963808	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	20193622	20277236
Inversion	Chr6	25948672	26809852	2

No Translocation

Main menu