Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21863311	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	31202508	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36193765	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36195989	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	17242991	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	2892162	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4230043	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	4470448	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	17391820	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	26108072	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	4355524	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11868467	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g20324
SBS	Chr12	11868468	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g20324
SBS	Chr12	12610525	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	13162973	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	23804606	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15797379	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21476068	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	28219376	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31475340	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	33597538	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	7707370	T-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	15478414	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	15993566	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22970757	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22970761	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30240543	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	30848836	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	35705077	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	14478273	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15387551	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	24729127	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26221946	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28957855	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13505237	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11324359	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	20454048	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	31233957	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	31233959	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8800591	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	14129829	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	14904263	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2867005	2877608	10603	3
Deletion	Chr12	3130210	3130214	4	LOC_Os12g06490
Deletion	Chr2	3917001	3972000	55000	11
Deletion	Chr12	3918585	3918588	3	LOC_Os12g07770
Deletion	Chr6	6066345	6066346	1
Deletion	Chr7	13859116	13859124	8
Deletion	Chr1	17789883	17789884	1	LOC_Os01g32430
Deletion	Chr8	18338130	18338131	1
Deletion	Chr7	18926931	18926955	24
Deletion	Chr1	20866234	20866235	1
Deletion	Chr10	21852464	21853050	586
Deletion	Chr7	21967355	21967356	1
Deletion	Chr10	21973274	21973289	15	LOC_Os10g40890
Deletion	Chr7	23001150	23001152	2
Deletion	Chr2	25546351	25546368	17
Deletion	Chr6	28411042	28664062	253020	50

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	2542672	2542674	3
Insertion	Chr2	16611344	16611346	3
Insertion	Chr3	23880211	23880212	2
Insertion	Chr4	21011236	21011249	14
Insertion	Chr7	7220475	7220475	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	35121268	35271216	LOC_Os03g61950

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	4518250	Chr2	32369642
Translocation	Chr4	4520760	Chr2	32369652	LOC_Os04g08415

Main menu