Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19919961	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27210989	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	28324141	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	28683684	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36758465	A-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	657438	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	9660682	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	4476912	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	21429059	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8400577	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	21047078	A-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	4116906	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14687195	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	1558171	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	1558182	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	26477655	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	3035882	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	33952370	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6460970	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	12376012	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g21680
SBS	Chr3	12376015	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g21680
SBS	Chr3	13420460	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23584750	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	32255461	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16328001	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	17412042	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22012616	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	25498392	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28054179	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g47240
SBS	Chr4	31493976	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	15913369	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	29131616	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	19132932	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	3463646	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7615284	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	1203543	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	657079	657082	3
Deletion	Chr8	682610	682624	14	LOC_Os08g02080
Deletion	Chr10	6094067	6094069	2
Deletion	Chr3	6716355	6716378	23	LOC_Os03g12630
Deletion	Chr12	7408481	7408492	11
Deletion	Chr2	7578780	7578794	14	LOC_Os02g13920
Deletion	Chr3	17718204	17718212	8
Deletion	Chr6	17912952	17912954	2
Deletion	Chr9	19151456	19151457	1
Deletion	Chr4	20465692	20465693	1
Deletion	Chr11	20754767	20758789	4022	2
Deletion	Chr4	24069882	24069896	14	LOC_Os04g40520
Deletion	Chr5	27019346	27019350	4

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	40542753	40542756	4

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	7528061	7904202
Inversion	Chr9	9298602	10090675
Inversion	Chr9	9886153	10090676	LOC_Os09g16200

No Translocation

Main menu