Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14693312	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g25900
SBS	Chr10	11386897	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	18611944	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34880
SBS	Chr10	19978566	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	425098	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	11272610	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	11492248	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21602849	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	21845611	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	9990267	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	11346518	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	14833579	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14833580	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	4467224	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12629183	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12629186	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16321911	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28456056	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33932241	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	34282904	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	34843544	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	562749	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10980734	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g18910
SBS	Chr5	14004213	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24210
SBS	Chr5	26503153	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	26503154	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	11838112	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g20560
SBS	Chr6	19581695	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	2629341	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	16536956	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	22565282	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	18607040	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	22771391	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24232607	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	2939322	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	11496597	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	11496598	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	21858636	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr9	9098934	C-T	HOMO	INTRON

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1407167	1407181	14
Deletion	Chr6	5479990	5479995	5
Deletion	Chr6	5479996	5480000	4
Deletion	Chr1	11058001	11067000	9000	2
Deletion	Chr4	11658597	11658600	3	LOC_Os04g20774
Deletion	Chr12	23317272	23317289	17
Deletion	Chr7	25471157	25471165	8
Deletion	Chr12	26573076	26573077	1
Deletion	Chr12	26581286	26581320	34
Deletion	Chr6	27366149	27369608	3459	LOC_Os06g45280
Deletion	Chr2	28563789	28563796	7
Deletion	Chr1	30524589	30525952	1363	LOC_Os01g53130

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	17327222	17327222	1
Insertion	Chr6	25828449	25828450	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	15087821	15169857
Inversion	Chr8	15087839	15169972

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	16846587	Chr1	30525932	2
Translocation	Chr4	16846611	Chr1	30524589	LOC_Os04g28460

Main menu