Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11169599	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	16069983	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	16156299	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	20494869	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	22237288	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	25049994	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	29824040	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	30711493	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	33252392	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	11061631	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	10061087	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	21335200	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23405362	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	12744275	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	26376399	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7279180	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12881435	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	13486303	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	14044138	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	8001789	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	15865877	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	15865878	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	17467589	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	18990389	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g33200
SBS	Chr3	532353	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	28485687	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	31727622	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	3448741	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	4189864	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6432062	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6432063	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	11894031	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	2004108	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	24678401	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	6356162	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	21577666	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	16290362	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	16290363	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	22701684	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	29358293	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4720422	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19868738	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	1717901	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5858391	G-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1291098	1291101	3	LOC_Os08g02970
Deletion	Chr9	7803441	7803457	16
Deletion	Chr4	11021001	11899000	878000	125
Deletion	Chr4	11911001	12261000	350000	47
Deletion	Chr4	12265001	12423000	158000	27
Deletion	Chr8	13629307	13629310	3
Deletion	Chr5	20611432	20611435	3
Deletion	Chr11	21335189	21335194	5
Deletion	Chr7	22702520	22702528	8
Deletion	Chr11	24279767	24281502	1735	LOC_Os11g40680
Deletion	Chr2	25999015	25999018	3	LOC_Os02g43150
Deletion	Chr1	38494132	38494137	5	LOC_Os01g66280

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	3644733	3644734	2
Insertion	Chr7	1525156	1525156	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	37961550	39343648

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr2	18390384	Chr1	22390723	LOC_Os02g30840
Translocation	Chr11	24279775	Chr1	27034623	2
Translocation	Chr11	24281481	Chr1	27035769
Translocation	Chr2	32046585	Chr1	20797299	LOC_Os02g52350

Tandem duplications: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Tandem Duplication	Chr1	20666943	22055702	1388759	199

Main menu