Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 26

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect
SBS	Chr1	22511530	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	10091120	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	12684164	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	18694206	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	19621463	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	4784172	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	5683448	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	8397153	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12276343	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	19698717	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	23812659	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	14305405	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	18487749	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	11405777	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	18680319	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	1990173	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	467108	G-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	7550371	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	13104736	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	25080659	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15097722	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	720920	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	1665474	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	8985044	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	14466987	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	21362821	C-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	3778048	3778051	3
Deletion	Chr8	7729398	7729400	2
Deletion	Chr6	9384477	9384478	1
Deletion	Chr11	11290794	11290795	1
Deletion	Chr5	11732667	11732668	1
Deletion	Chr10	21664388	21664394	6
Deletion	Chr4	23604807	23604808	1
Deletion	Chr4	27274503	27274505	2
Deletion	Chr3	27703095	27703098	3
Deletion	Chr7	28745001	28754000	9000	2

No Insertion

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	33771019	33952075
Inversion	Chr3	33949034	33952063

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	9857658	Chr3	25611568	LOC_Os09g16160
Translocation	Chr8	23711996	Chr2	19344581
Translocation	Chr4	32252508	Chr3	181554	LOC_Os04g54130
Translocation	Chr4	32283387	Chr3	181552
Translocation	Chr4	33741936	Chr2	34616339	2
Translocation	Chr4	33762533	Chr2	34616331	2
Translocation	Chr4	34742490	Chr2	13137606	LOC_Os04g58390

Main menu