Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1604415	A-T	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	31337583	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	31337584	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	31709282	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	32743063	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	33463059	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g57870
SBS	Chr1	34311629	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	34311638	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	41788282	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	43024685	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16407846	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	20788262	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	22034211	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	25632500	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19963046	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	8985179	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10441273	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	20748897	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	27042432	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	3707259	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	24688379	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	26326096	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	27887062	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	4467224	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	5465129	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10981049	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr5	25552838	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	25552846	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	26248921	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	26376512	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	16536956	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	22089512	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	11885003	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	15318632	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	22935189	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	6711300	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13937965	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	19029062	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	6759114	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	764939	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g02080

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1622333	1622342	9
Deletion	Chr9	1782762	1782780	18
Deletion	Chr11	2432391	2432399	8
Deletion	Chr11	4082054	4082055	1	LOC_Os11g07910
Deletion	Chr2	8118816	8118822	6
Deletion	Chr5	11643581	11643585	4
Deletion	Chr1	11936796	11936802	6	LOC_Os01g21360
Deletion	Chr4	12289468	12289469	1
Deletion	Chr12	13155001	13574000	419000	55
Deletion	Chr2	18731747	18731766	19
Deletion	Chr1	19990079	19990080	1
Deletion	Chr12	26158362	26158372	10
Deletion	Chr8	26862676	26862695	19	LOC_Os08g42490
Deletion	Chr1	30056721	30056735	14	LOC_Os01g52280
Deletion	Chr4	31299831	31299876	45	LOC_Os04g52614
Deletion	Chr3	33844421	33844426	5
Deletion	Chr1	34225520	34225521	1
Deletion	Chr1	35238563	35240298	1735	LOC_Os01g60920
Deletion	Chr1	36005981	36005983	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	20317590	20317590	1
Insertion	Chr10	21857128	21857131	4
Insertion	Chr11	13209863	13209863	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr1	769711	12658774
Inversion	Chr1	770240	12658769
Inversion	Chr3	11289187	12171910
Inversion	Chr3	11291515	12171919
Inversion	Chr12	13956371	14071097

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	10368080	Chr3	11289216	LOC_Os11g18366
Translocation	Chr11	10368104	Chr3	11291416	LOC_Os11g18366
Translocation	Chr9	17192153	Chr6	6805724	LOC_Os09g28310
Translocation	Chr9	17192159	Chr6	6808456	LOC_Os09g28310
Translocation	Chr9	17209655	Chr6	5778580
Translocation	Chr9	17209670	Chr3	27808037
Translocation	Chr9	17210656	Chr3	27808026
Translocation	Chr9	17963356	Chr5	20175405
Translocation	Chr9	17992550	Chr5	20175507	LOC_Os09g29584

Main menu