Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 29

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15365538	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	1689761	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	26635633	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	3676987	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	3676988	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	40996561	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	9781919	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15096452	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	18482803	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	13078553	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	3704140	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7263028	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19025277	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23673410	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g42540
SBS	Chr3	28187453	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	35625054	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	25792907	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42920
SBS	Chr6	30212479	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30212481	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	5056263	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	11591106	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	13555668	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2586170	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	4589330	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	14670926	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	11942864	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15335012	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	1646558	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21751422	A-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1653475	1653492	17
Deletion	Chr3	3420382	3420387	5
Deletion	Chr8	3587637	3587644	7
Deletion	Chr12	12194088	12194089	1
Deletion	Chr8	13867289	13867292	3
Deletion	Chr6	15730445	15730484	39
Deletion	Chr10	17731741	17731742	1
Deletion	Chr8	20704436	20704443	7
Deletion	Chr1	23767265	23767278	13
Deletion	Chr12	24351001	24369000	18000	4
Deletion	Chr1	25390654	25390661	7
Deletion	Chr3	28522349	28522373	24
Deletion	Chr1	40616075	40616076	1	LOC_Os01g70180

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	3132288	3132304	17

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	27056824	27236544	LOC_Os04g45970
Inversion	Chr4	27059479	27237102	2
Inversion	Chr3	29593592	29866049	LOC_Os03g51680
Inversion	Chr3	29593619	29866075	LOC_Os03g51680

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	17572680	Chr7	12494498	LOC_Os10g33390
Translocation	Chr10	17572708	Chr7	12494720	LOC_Os10g33390
Translocation	Chr9	20151313	Chr4	31373388	LOC_Os09g34130
Translocation	Chr4	27056834	Chr2	35057394	LOC_Os02g57220
Translocation	Chr4	27059477	Chr2	35057407	2

Main menu