Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 26

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15182094	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	4633858	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5987617	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	8996973	G-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	5263382	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	25971672	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21379491	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	21725611	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23211887	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23592191	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g42400
SBS	Chr4	1466497	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21386815	C-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	28475588	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	4730918	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	18836457	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	5479984	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	23107233	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	23107237	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	8890965	C-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr7	10672518	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	15632644	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4056670	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4075131	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g07290
SBS	Chr8	4321861	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	18659604	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	8832010	C-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	928001	946000	18000	2
Deletion	Chr1	4750150	4750151	1
Deletion	Chr6	4935001	4965000	30000	5
Deletion	Chr2	9637211	9637231	20
Deletion	Chr10	11963716	11963719	3
Deletion	Chr8	12811728	12811734	6
Deletion	Chr5	17682801	17682805	4
Deletion	Chr1	24412001	24467000	55000	5
Deletion	Chr2	28831392	28831416	24

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr5	22232048	22232048	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	21478192	21765342
Inversion	Chr1	22154330	22181730	LOC_Os01g39360

No Translocation

Main menu