Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 27

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect
SBS	Chr1	11706728	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14086600	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	28575831	T-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	29824040	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	9154466	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	13461100	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	15742141	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11032736	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16276007	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	26576122	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	4386611	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	4386612	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12881435	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	15435651	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	15435652	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	20891847	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	22672681	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	10041477	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	34796848	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	24518295	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	8107537	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	15917465	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	24954328	C-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr7	23378915	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	28645260	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	12564313	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	22013735	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	326495	326509	14
Deletion	Chr4	5156313	5157765	1452
Deletion	Chr7	5161037	5161041	4
Deletion	Chr3	9784284	9784285	1
Deletion	Chr4	12480476	12480477	1
Deletion	Chr1	13442727	13442730	3	LOC_Os01g23880
Deletion	Chr1	13566452	13566458	6	LOC_Os01g24060
Deletion	Chr1	19698286	19698298	12
Deletion	Chr9	21820940	21820951	11
Deletion	Chr8	25161797	25161801	4
Deletion	Chr12	26794116	26794147	31
Deletion	Chr1	27908916	27908932	16
Deletion	Chr4	28917451	28917468	17

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	1742093	1742096	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	8227306	9681327
Inversion	Chr11	15000093	16145170	LOC_Os11g28104

No Translocation

Main menu