Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 27

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15043653	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g27000
SBS	Chr1	15917076	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	15917077	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	169131	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	4177816	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	4177817	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5500233	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	6634082	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	19291226	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	14716611	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11196516	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	15719242	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7988027	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	16200313	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	23251351	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17993099	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	25676760	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	27628732	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr5	27628733	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr5	28477988	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	7943866	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14987037	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	4122572	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	4128646	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	4128649	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	7420651	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	8314819	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	2591988	2591997	9
Deletion	Chr1	25137875	25137877	2	LOC_Os01g43870
Deletion	Chr6	28357141	28357146	5

No Insertion

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	21028620	Chr6	589101	2
Translocation	Chr8	21028649	Chr6	1705051	LOC_Os08g33670
Translocation	Chr12	26133282	Chr5	22696974	LOC_Os12g42160
Translocation	Chr12	26133347	Chr5	22696639	LOC_Os12g42160

Main menu