Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 22

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16030508	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28650
SBS	Chr1	34392738	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	8515809	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g15190
SBS	Chr10	6206814	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6595876	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	22257335	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	24794160	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	5527722	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g10430
SBS	Chr2	1801938	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	1801939	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	2892188	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	33587762	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28060821	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	625551	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30201589	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	9739661	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14407751	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	18985601	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	20219423	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13663237	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17181732	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	19741221	G-A	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1177624	1177629	5
Deletion	Chr6	1483184	1483195	11
Deletion	Chr6	1954248	1954250	2
Deletion	Chr2	2174781	2174782	1
Deletion	Chr9	13618745	13618746	1
Deletion	Chr11	17753001	17765000	12000	2
Deletion	Chr4	26656164	26656171	7	LOC_Os04g45050

No Insertion

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	1697687	1798303	LOC_Os08g03780
Inversion	Chr10	6147237	6211106	2
Inversion	Chr7	26730842	27447355	LOC_Os07g45990

No Translocation

Main menu